A III. osztályú MHC a fő hisztokompatibilitási komplexek (MHC) osztályába tartozó fehérjék csoportja. Ellentétben az MHC más típusaival, mint például az I. osztályú MHC és a II. osztályú MHC, amelyek szerkezete és funkciója jól meghatározott az immunválaszban, az MHC III. osztály szerkezetileg és funkcionálisan rosszul meghatározott. Nem vesznek részt az antigénkötésben (az antigénprezentációnak nevezett folyamat, az MHC fehérjék klasszikus funkciója). Közülük csak kevesen vesznek részt ténylegesen az immunitásban, míg sokuk jelzőmolekula más sejtkommunikációban. Főleg génjeikről ismerik őket, az MHC-I és az MHC-II klaszterek között található gének alrégiója.
A génklasztert akkor fedezték fel, amikor géneket (különösen a C2, C4 komplement komponenseket és a B faktort) találtak az I. és II. osztályú gének között a 6. emberi kromoszóma rövid (p) karján. Később kiderült, hogy számos gént tartalmaz különféle jelátviteli molekulákhoz, például tumor nekrózis faktorokhoz (TNF) és hősokk-fehérjékhez. Több mint 60 MHC III. osztályú gént írtak le, amelyek az MHC gének teljes számának körülbelül 28%-át teszik ki (224). Az MHC III. osztályú génklaszter TNF géneket tartalmazó régióját MHC VI osztályú vagy gyulladásos régiónak is nevezik.
Más MHC fehérjéktől eltérően a III. osztályú MHC fehérjéket többek között a májsejtek ( hepatociták ) és a makrofágok termelik .
Az MHC III. osztályú gének emberben a 6. kromoszómán helyezkednek el (6p21.3). 700 kb-ot foglal el. és 61 gént tartalmaz. A génklaszter az emberi genom leggenetikaibb régiója. Alapvetően hasonlóak más állatokéhoz. Sok gén funkciója még mindig ismeretlen. Sok retrotranszpozon , például a humán endogén retrovírus (HERV) és az Alu elemek csoportosultak. A 142 és 214 kb közötti méretű G11/C4/Z/CYP21/X/Y géneket tartalmazó régióról ismert, hogy a legösszetettebb génklaszter az emberi genomban.
Az MHC III. osztályú gének hasonlóak az emberekben, egerekben, békákban (Xenopus tropicalis) és a szürke, rövid farkú oposszumban, de nem minden gén közös. Például a humán NCR3, MIC és MCCD1 hiányzik az egérben. A humán NCR3 és LST1 hiányzik az oposszumban. A madarak (házi csirke és fürj) azonban csak egy génnel rendelkeznek, amely a komplement komponenst (C4) kódolja. A halakban a gének különböző kromoszómákon oszlanak el.