Ribokapcsoló

A Riboswitch [1] ( angol.  riboswitch ) az mRNS 5'-nem transzlált régiójának (5'-UTR) egyik eleme . A ligandumokhoz  – különféle kis molekulákhoz , például kobamamidhoz , tiamin-pirofoszfáthoz , lizinhez , glicinhez , flavin-mononukleotidhoz , guaninhoz , adeninhez és másokhoz – kötődve végzi az mRNS cisz -szabályozását . Egy tipikus riboswitchnek két fő tartománya van : aptameregy domén, amely felismer egy ligandumot és kötődik hozzá, és egy expressziós  platform , amely kölcsönhatásba lép a transzkripciós vagy transzlációs fehérjékkel. Az aptamer domén és az expressziós platform átfedésben van az úgynevezett switching szekvencia régiójában, amely az RNS két, egymást kizáró másodlagos struktúrára való feltekeredéséért felelős, amelyeknek köszönhetően a szabályozás megvalósul.

Riboswitcheket azonosítottak mindhárom élettartomány képviselőiben , valamint néhány vírusban [2] [3] .

Tanulmánytörténet

Sok baktérium vagy el tudja szállítani a szükséges kis molekulákat a környezetből, vagy saját maga szintetizálja azokat egyszerű prekurzorokból. Ezen folyamatok mindegyike más-más fehérjekészletet igényel , és a baktériumok gyakran visszacsatolási mechanizmust használnak az előző enzimatikus lépések termékeinek szabályozására: a kívánt termék feleslege vagy gátolja saját szintézisét, vagy aktiválja a következő enzimatikus lépéseket. Általában a celluláris metabolitok szintjét speciális fehérjék figyelik, amelyek kölcsönhatásba lépnek a DNS -sel vagy RNS -sel , szabályozva a megfelelő enzimek szintézisét. Emiatt, amikor felfedezték, hogy a B 1 , B 2 és B 12 vitaminok bioszintézisét végző géneket olyan vegyületek gátolják, mint a tiamin , riboflavin és kobalamin , a fő erőfeszítések a megfelelő represszor fehérjék felkutatására irányultak. nyomon követni ezeknek a vegyületeknek a szintjét. Ilyen hipotetikus modulátorokat azonban nem találtak. Ezek az eredmények felhívták a figyelmet a konzervált mRNS-szekvenciák ("dobozok") lehetséges szabályozó szerepére, és merészen felvetették, hogy lehetséges, hogy ezeknek a vitaminszármazékoknak a szintjét az RNS közvetlenül monitorozza. Ezenkívül 1998-ban Grundy és Henkin [4] kimutatta, hogy a Salmonella typhimurium cob mRNS vezető régiója szignifikánsan eltérő konformációkkal rendelkezik adenozilkobalamin (AdoCbl) jelenlétében és hiányában . A kobalamin mRNS-hez való kötődésének közvetlen tesztelésére tett kísérletek azonban nem jártak sikerrel. Hasonló eredményeket kaptunk az Escherichia coli btuB mRNS-sel is: az AdoCbl hozzáadása a reverz transzkriptáz leállását okozta az mRNS vezető régió 3'-végének közelében az in vitro primer kiterjesztése során , ami nyilvánvalóan azt jelzi, hogy ez a régió stabilizálódik a metabolithoz való kötődéskor. [5] .

Végül három vitaminszármazékról, a tiamin-pirofoszfátról (TPP), a flavin-mononukleotidról (FMN) és az AdoCbl -ről kimutatták, hogy közvetlenül kölcsönhatásba lépnek a megfelelő mRNS-eikkel, és szabályozzák a B1-, B2- és B12 - vitamin operonokat . Ezek a jelentések kimutatták, hogy a metabolitkötés stabilizálja egy evolúciósan konzervált RNS-szenzor (természetes aptamer) konformációját, és indukálja a nem konzervált downstream RNS-régiók olyan szerkezetté való összetekeredését, amely befolyásolja a transzkripciós terminációt vagy a transzlációs iniciációt . Így a metabolit RNS-hez való közvetlen kötődése mRNS "riboswitchet" okoz az alternatív konformációk között, ami befolyásolja a génexpressziót [5] . A "riboswitch" kifejezést 2002-ben Breaker és munkatársai javasolták [ 4] .  

Szabályozási mechanizmusok

Az első vitaminspecifikus ribokapcsolók felfedezése óta sok más típusú ribokapcsolót is felfedeztek. Eddig megállapították, hogy a ribokapcsolók reagálhatnak purinokra és származékaikra, fehérje koenzimekre és rokon vegyületekre, aminosavakra és foszforilált cukrokra . Egyes ribokapcsolók specifikusan reagálnak szervetlen ligandumokra, köztük fémekre ( Mg 2+ ionok ) , amelyek vonzódnak az RNS negatív töltésű cukor-foszfát gerincéhez és a negatív töltésű fluor anionokhoz [5] .

Funkcionálisan és szerkezetileg két domén különböztethető meg a riboswitchekben. Ezek közül az első, az aptamer domén felelős a ligandumkötésért, és egy adott ligandum számára megfelelő ligandumkötő zsebet képez. A második domén, az expressziós platform, egy másodlagos szerkezetváltó elemet tartalmaz , amely kölcsönhatásba lép a transzkripciós és transzlációs szabályozó fehérjékkel. Az aptamer domén és az expressziós platform átfedésben van a szabályozó funkciót ellátó kapcsolási szekvencia területén. A kapcsolási szekvencia az expressziós platform két, egymást kizáró struktúrájának változását irányítja, amelyek megfelelnek az mRNS "on" és "off" állapotának [2] .

A riboswitch ligandumok hatalmas változatossága ellenére a bakteriális riboswitchek túlnyomó többségének szabályozó tevékenysége az e metabolit szállításáért és szintéziséért felelős gének transzkripciójának vagy transzlációjának megváltoztatását célozza. Ez a szabályozó aktivitás azon a tényen alapul, hogy egy ligandum jelenlététől függően az RNS két egymást kizáró konformációt tud felvenni. Transzkripció esetén az ilyen struktúrák Rho -független terminátorként vagy anti-terminátor hajtűként működnek . A transzláció esetében a ligandumfüggő átrendeződések közé tartozik a riboszómakötő helyek ( riosoma  kötőhely, RBS ) vagy a Shine -Dalgarno szekvencia ( SD ) kifelé vagy befelé történő összepakolása .  A legújabb tanulmányok kimutatták, hogy a riboswitchek közvetíthetik a Rho-függő transzkripciós terminációt. Ez a szabályozó mechanizmus széles körben elterjedtnek tűnik, mivel számos ribokapcsolóból hiányoznak a Rho-független terminátorok vagy hajtűk, amelyek eltávolítják az RBS-t vagy az SD-t a molekulán belül [5] .

Egy szokatlan szabályozási mód a glmS ribozim ribozimet használja , amely biztosítja, hogy az mRNS a metabolithoz való kötődése után hasadjon. Ez a nem kódoló RNS általában megtalálható a Gram-pozitív baktériumokban , és kölcsönhatásba lép a glükózamin -6-foszfáttal (GlcN6P), amely a glmS mRNS -hez való kötődése után a riboswitchnél elvágja azt. Az RNáz J ezután lebontja a hasítást az 5'-OH végtől kezdve, ezáltal megakadályozza a glmS mRNS transzlációját . A riboswitch-ribozim glmS megtöri azt a hagyományos elképzelést, miszerint a riboswitch csak egy vegyületet ismer fel: ez a riboswitch számos rokon vegyülethez tud kötődni, és ezért alkalmas a sejt általános metabolikus állapotának felmérésére [5] [4] .

Egyes ribokapcsolók különféle szabályozási folyamatokban vehetnek részt. A ciklikus diguanozil-5'-monofoszfát (c-di-GMP), egy második hírvivő , számos fiziológiai változást vált ki, és a megfelelő ribokapcsolói a sejtmotilitásban, virulenciában és más folyamatokban részt vevő gének mellett helyezkednek el. Egyes c-di-GMP-vel működő ribokapcsolók az önillesztő I. csoportú intronok közelében találhatók . Ezek az RNS-szabályozók az események komplex kaszkádján keresztül működnek, amelyekhez az RNS mindkét szabályozó régiójának részvétele szükséges. A c-di-GMP kötődik aptameréhez, és olyan hajtásváltozást indukál, amely lehetővé teszi a GTP számára, hogy megtámadja az intron 5' végét . Ennek eredményeként az intron kivágásra kerül, és az egymástól távol eső RBS régiók közelednek egymáshoz, transzlációra képes mRNS-t képezve. A két RNS-régió kombinált alloszterikus kölcsönhatása egy kétpontos vezérlőrendszert eredményez, amely felismeri mind a c-di-GMP, mind a GTP koncentrációját, és kiváltja az összeillesztést. Ez a hipotézis kísérleti megerősítést igényel [5] .

A ribokapcsolók felfedezése után felmerült, hogy ezek a tipikus cisz - szabályozó elemek transzregulációs elemekként is működhetnek . Ez igaznak tűnik legalább az S-adenozil-metionin (SAM) SreA és SreB Listeria monocytogenes ribokapcsolókra . A transzkripció SAM-függő befejeződése után ezek a riboswitchek komplementeren kötődnek a PrfA virulenciafaktort kódoló mRNS 5'-nem transzlált régiójához (5'-UTR), és elnyomják annak expresszióját transzlációs szinten [5] .

Eukariótákban a transzkripció és a transzláció szétcsatolása, valamint az intronok jelenléte a génexpresszió szabályozásának különböző mechanizmusainak részvételét igényli. Az eukarióta tiamin-pirofoszfát (TPP) ribokapcsolók nem befolyásolják a transzkripciót és/vagy a transzlációt, hanem az alternatív splicinget . "Normál" splicing akkor következik be, amikor egy intergénikus helyen vagy 3'-UTR- ben található hely egy riboswitchen belül komplementeren párosul egy olyan hellyel, amely átíveli az egyik illesztési helyet. Ez TRR hiányában történik. A splicing után kapott termék teljes fehérjévé alakul. Ha a TPP küszöbkoncentrációban van jelen egy sejtben, akkor a riboswitchhez kötődik, így egy eddig rejtett illesztési hely felszínre kerül, és elérhetővé válik a splicing apparátus számára. A fajtól függően az alternatív módon összeillesztett mRNS belső stopkodonokat tartalmaz , amelyek vagy nem megfelelő peptid transzlációjához (fonalas gombák ) vagy a transzláció idő előtti megszakításához ( zöld algák ) vezetnek. Magasabb növényekben az alternatív splicing túl hosszú 3'-UTR-ekkel rendelkező átiratokat eredményez, amelyek destabilizálják őket [5] . Néha a riboswitchek szabályozhatják a transzkripciót és a transzlációt is. A SAM-I riboswitch a kénkoncentráció változásaira antiszensz RNS képződésével reagál , de a szabályozási folyamat részletei még nem ismertek [4] .

Bár a jól leírt eukarióta ribokapcsolók csak a TPP-függő rendszerekre vonatkoznak, egy közelmúltbeli tanulmány kimutatta az adenozin-kötő RNS-aptamerek jelenlétét a gerinces genomokban . Ezeknek az RNS-eknek a biológiai szerepét még mindig tanulmányozzák. Egyes eukarióta mRNS-ek úgy reagálhatnak a környezeti változásokra, hogy az egyik alternatív konformációról a másikra váltanak, hasonlóan a riboswitchekhez. Például a γ-interferonból és a hipoxiából származó jelekre válaszul egy RNS-váltás történik a vaszkuláris endoteliális növekedési faktor -A (VEGF) 3'-UTR mRNS-ében , ami befolyásolja a VEGF transzlációját a mieloid sejtekben . A konformáció változása azonban ebben az esetben nem a metabolittal, hanem a külső ingerre adott fehérjekötődéssel függ össze [5] .

A Riboswitchek nem mindig működnek egyetlen szabályozó egységként. Két szenzoros domén vagy teljes ribokapcsoló (az úgynevezett tandem ribokapcsolók esetében) néha szomszédos. Például sok glicin ribokapcsoló két glicin érzékelőből áll, amelyeket egy rövid linker inszert választ el, és nagyon összetett harmadlagos szerkezetet vehet fel. Annak ellenére, hogy a két szenzoros domén segítheti egymást a feltekeredésben és egy ligandumhoz való kötődésben, az ilyen duplikáció biológiai célja még nem tisztázott egyértelműen. A különböző specifitású tandem ribokapcsolók biológiai szerepe egyértelműbb. Csak akkor módosítják a génexpressziót, ha az összes szükséges metabolit jelen van a sejtben. A riboswitchek által közvetített szabályozási útvonalak a génexpresszió más, még bonyolultabb szabályozási rendszereibe is beépíthetők. Például az L. monocytogenes SAM riboswitchek csak a fertőzést megengedő hőmérsékleten működnek, amikor a szomszédos RNS hőmérő megváltoztatja a konformációját és megolvad. Egy másik példa az Enteroccus faecalis etanolamin alkalmazása , amelyben az AdoCbl riboswitch egy szabályozó fehérjével együtt működik, amely befolyásolja a transzkripciós terminátorok stabilitását [5] .

Építészet

A riboswitchek kivételes szelektivitása teljes mértékben az érzékelő tartományaik konzervativizmusának köszönhető. A ligandumfelismerő helyek nagymértékben eltérőek a másodlagos és harmadlagos struktúrák méretében és összetettségében . A riboswitchek összes fő osztályához, valamint egyes alosztályokhoz szenzoros domének szerkezetét a megfelelő ligandumokkal kombinálva kaptuk meg, nagy felbontású struktúrákat kaptunk. Bár a ribokapcsolók nagyon eltérő konformációkkal rendelkeznek (csak a közeli purin ribokapcsolók mutatnak némi hasonlóságot), a legtöbb ribokapcsoló szerkezete több hélix csomópontot és ribozimszerű pszeudoknotokat tartalmaz . Emiatt a legtöbb riboswitch két típusra osztható a felépítéstől függően: az első típusba a ribokapcsolók tartoznak, amelyek szerkezetét több hélix kapcsolata ("összekötő" ribokapcsoló) képviseli, a második típusba pedig pszeudoknotokkal rendelkező ribokapcsolók tartoznak. a szerkezet [5] .

A "csatlakozó" ribokapcsolók két altípusra oszthatók, attól függően, hogy hol található a kulcscsomópont, amelyben a P1 szabályozó hélix részt vesz. Lefedi az érzékelő tartományt, és általában tartalmaz egy olyan régiót, amely lehetővé teszi a különféle szerkezeti elemekhez való csatlakozást. Az Ia típusú ribokapcsolókban a multihelikális csomópont központi helyet foglal el, és a fennmaradó hélixeket a P1 hélixhez köti, amely rendszerint számos olyan kölcsönhatásban vesz részt, amelyek stabilizálják a molekula harmadlagos szerkezetét. Ez történik a purin és a TPP ribokapcsolókban. Az egyik hélix sokkal hosszabb lehet, mint a többi, és képes a multihelikális kapcsolatra hajolni, ahol harmadlagos kölcsönhatásokat alakít ki; így van elrendezve a lizin ribokapcsoló - az egyik legnagyobb leírt ribokapcsoló [2] . A multicoil junction belsejében vagy annak közelében metabolitkötő zsebek képződnek, így a ligandumhoz kötődő RNS közvetlenül befolyásolja a teljes multicoil junction és a P1 hélix stabilitását [5] .

A második típusú (Ib) riboswitcheket a kapcsolatok "fordított" architektúrája jellemzi, amelyben a kulcsfontosságú multihelikális kapcsolat a molekula perifériájára szorul, és távol helyezkedik el a P1 hélixtől. A csomópontból kiinduló hélix a P1 felé hajlik, és hosszú távú tercier kölcsönhatások révén stabilizálja azt. A metabolitok a csomópontban és/vagy a P1 közelében kötődnek az RNS-hez, befolyásolva annak kialakulását az általános konformáció stabilizálása és a tercier kölcsönhatások révén. Az Ib osztály tipikus képviselői a tetrahidrofolát (THF) és a magnézium riboswitchek [5] .

A II. altípusba olyan ribokapcsolók tartoznak, mint a SAM-II- és a fluorid ribokapcsolók, amelyek szerkezetét teljes egészében kis pszeudokcsomók képviselik. Érdemes hangsúlyozni, hogy a pszeudoknotok egyes „összekötő” ribokapcsolók fontos részei, részt vehetnek a metabolitkötő zsebek kialakításában, mint a glmS riboswitch -ribozim esetében, valamint nagy hatótávolságú tercier kapcsolók kialakításában. kötések, mint a SAM-I riboswitchben [5] .

Világossá válik, hogy a riboswitch és a ligandum szerkezete nincs összefüggésben egymással. Sőt, a SAM-ot felismerő ribokapcsolók három osztályában különféle szerkezeti elemek és pszeudo-csomók találhatók. A spirálokon és pszeudoknotokon kívül  a ribokapcsolókban gyakran megtalálható szerkezeti elemek közé tartoznak a K-turns ( kink turn, K turn ), a csókhurok kölcsönhatások, a szarcin-ricin hurkok és a T-hurkok [2] . Ez mutatja az RNS elképesztő képességét, hogy különböző konfigurációkat vegyen fel, hogy felismerje ugyanazt a ligandumot. Érdemes megjegyezni, hogy sok riboswitch ismétlődő szerkezeti motívumokat tartalmaz , amelyek jelen vannak más természetes és mesterséges RNS-ekben. Más funkcionális RNS-ekhez hasonlóan a riboswitchek is ezeket a motívumokat használják alapvető építőelemként összetett térszerkezetek felépítéséhez [5] .

Ligandum felismerés

A ribokapcsolók a legkülönfélébb kémiai természetű ligandumokat képesek felismerni, és nem rendelkeznek olyan közös jellemzőkkel, amelyek lehetővé tennék, hogy metabolitokhoz kötődjenek. A ligandumok riboswitchek általi megkötésében azonban számos közös jellemző van. A legtöbb ribokapcsoló merev kötőzsebeket képez, amelyek ideálisak a felismerhető ligandumstruktúrák egyes részeinek megkötésére, és a kis ligandumok teljesen elférnek az ilyen zsebekben. A ligandumkötés szerkezeti változásokat okoz a riboswitchekben [2] . A zsebeket általában konzervált nukleotidok és nem kanonikus bázispárok veszik körül, amelyek kiterjesztett szabálytalan hélixben vagy konvergáló hélixben helyezkednek el. Néhány kivételtől eltekintve a legtöbb ligandum heteroatomokat használ specifikus hidrogénkötések és elektrosztatikus kölcsönhatások kialakítására az RNS-sel. Gyakran specifikus hidrogénkötések jönnek létre a ligandumok végei és a konzervált, nem illeszkedő RNS-nukleotidok között (pl. G40 aminopurin szenzorban). A ligandumok síkbeli csoportjai rendszerint részt vesznek a halmozási kölcsönhatásokban, és az RNS-purinok közé helyezkednek el. A fémionok, mint például a Mg2 + és a K + képesek kompenzálni a ligandum vagy funkciós csoportjainak, például a fluorid- , karboxil- és foszfátmaradékok negatív töltését . A fémionok a ligand-RNS kölcsönhatásokban is részt vesznek közvetlen vagy víz által közvetített koordináció révén. Mindezeket a tulajdonságokat kimutatták a ribokapcsolók és a megfelelő ligandumaik komplexeiben a ligandumokhoz nem kapcsolódó ribokapcsolók röntgendiffrakciós elemzésével, valamint a megfelelő ligandumokhoz kapcsolódó vagy a megfelelő ligandumokhoz nagyon hasonló ribokapcsolók esetében. Ezek a vizsgálatok arra a következtetésre jutottak, hogy a riboswitchek a megfelelő ligandumaikhoz kötődnek a "konformációs szelekció" és az indukált alakmechanizmusok kombinációjával. A riboswitchek hasonló kapcsolatokat különböztetnek meg elsősorban a térbeli inkonzisztenciák, valamint a specifikus kölcsönhatások kialakulása miatt. A legtöbb ribokapcsoló nagyon specifikus. Például a purin ribokapcsoló adeninhez és guaninhoz való kötődésének különbsége eléri a 10 000-szeresét, és a lizin ribokapcsoló 5000-szeres különbséggel ismeri fel a lizint és az ornitint , amelyek szerkezetükben nagyon hasonlóak [2] . Érdekes módon az azonos osztályba tartozó riboswitchek megcélozhatók ugyanannak a metabolitnak a különböző koncentrációinak felismerésére. Termodinamikai és kinetikai paramétereikben is eltérhetnek, vagyis különbözhetnek az RNS és a természetes ligandum közötti egyensúly meglétében [5] .

Eredet

A ribokapcsolók eredete és fejlődése az egyik legérdekesebb probléma az RNS tanulmányozásában. In vitro kísérletek kimutatták , hogy az RNS viszonylag könnyen tud alkalmazkodni a ligandumkötéshez, így viszonylag kevés időbe telik, mire a természetes szelekció az RNS-szekvenciákat metabolitkötő doménekké alakítja. A kevésbé gyakori ribokapcsolók az evolúció késői szakaszában jelenhettek meg. Ezen események közül több független ribokapcsoló-osztályokat eredményezhet, amelyek ugyanarra a kapcsolatra jellemzőek, mint például a SAM. Ugyanakkor a TPP riboswitchek jelenléte az élet mindhárom területén bizonyítja az ilyen típusú ribokapcsolók ősi eredetét és az evolúciós nyomással szembeni ellenállásukat. Az RNS-világ hipotézise szerint az RNS egy bizonyos ponton a genetikai információ hordozójaként és a kémiai reakciók katalizátoraként is működött. A glmS riboswitch ribozim katalitikus képessége, valamint a riboswitchek azon képessége, hogy kölcsönhatásba lépjenek olyan „ősi” koenzimekkel, mint az FMN, TPP és SAM, amelyek valószínűleg a legkorábbi biokémiai reakciókban elterjedtek, arra utalnak, hogy a ribokapcsolókhoz hasonló molekulák eszközök voltak. amelyek biztosítják az RNS elsődleges világának létezését és fejlődését. Valószínűleg a riboswitchek voltak az RNS-világ szabályozó elemei. A riboswitchek a mai napig fennmaradtak, talán azért, mert kivájtak egy olyan rést az anyagcsere szabályozásból, amely jobban megfelel az RNS-nek, mint a fehérjéknek. A riboswitchek segítségével történő szabályozás ugyanakkor energiaigényesebb, mivel megvalósításához a szabályozott gén mRNS-ének szintézisére van szükség. Ugyanakkor a ribokapcsolók segítségével történő szabályozás kevesebb köztes lépést igényel, mint a speciális fehérjék segítségével [5] [2] .

Alkalmazás

A ribokapcsolók működési elvei alapján új, mesterséges genetikai kapcsolók fejlesztése folyik. Lehetőség van például az aptamer módosítására és egy új vezérlőelem beszerzésére, amely felismeri azokat az anyagokat, amelyekre a kutatónak szüksége van. Mesterséges riboswitchet fejlesztettek ki, amely nemcsak felismeri a szükséges elemet, hanem meg is vágja magát, vagyis ribozimaktivitása van. Ezt a konstrukciót "aptazim"-nak nevezték el, a gyógyászatban a vírus mRNS-ének önvágására a sejtben, és ennek megfelelően a vírusgének expressziójának elnyomására használható [6] . A ribokapcsolókat a génterápiában is alkalmazhatják [7] . Emellett a riboswitchek nagyon hasznosak lehetnek a bakteriális biológia tanulmányozásában, például a génexpresszió mesterséges mechanizmusainak létrehozására szolgáló eszközként [8] [9] . A mesterséges ribozimek fejlesztésének másik iránya a bioszenzorok létrehozása, amelyek a ligandumokhoz való kötődés hatására valamilyen kimutatható eredményt bocsátanak ki, például elektrokémiai jelet vagy fluoreszcenciát [4] [10] . Fluoreszcens riboswitcheket fejlesztettek ki, amelyek lehetővé teszik a baktériumsejtek metabolitkoncentrációiban bekövetkező változások megjelenítését [11] .

2016-ban "hőkapcsolók" létrehozásáról számoltak be - a hőmérséklet-érzékeny RNS-hőmérők és a riboswitch aptamerek egyetlen szerkezetbe történő integrálásáról. A hőkapcsolók alacsony hőmérsékleten ribokapcsolóként működnek, és szerkezetváltással reagálnak a ligandummal való kötésre , magas hőmérsékleten pedig tartósan „be” állapotba kerülnek. Az ilyen mesterséges RNS-szabályozók széles körben alkalmazhatók a génexpresszió szabályozására [4] .

A ribokapcsolókat ígéretes célpontnak tekintik új antibiotikumok kifejlesztésében . Például a roseoflavin közvetlenül kötődik az FMN riboswitch aptamerhez, elnyomva a megfelelő gén expresszióját a Bacillus subtilisben . Hasonlóképpen, az aminoetil-cisztein gátolja egyes Gram-pozitív baktériumok növekedését a lizin ribokapcsolóhoz való kötődésével. A fenti vegyületek antimikrobiális aktivitását azonban a megfelelő ribokapcsolók mutációi a semmibe csökkentik [4] . Vannak ribokapcsolók, amelyek antibiotikum-rezisztenciát biztosítanak . Így az aminoglikozid riboswitch az aminoglikozid-acetil-transzferáz és aminoglikozid-nukleotid-transzferáz enzimek mRNS-én található, amelyek rezisztenciát biztosítanak az aminoglikozid antibiotikumokkal szemben. Amikor egy aminoglikozidhoz kötődik, a riboswitch bekapcsolja ezen enzimek transzkripcióját, rezisztenciát biztosítva az aminoglikozid antibiotikumokkal szemben [12] .

Jegyzetek

  1. Spirin, 2011 , p. 386.
  2. 1 2 3 4 5 6 7 Garst AD , Edwards AL , Batey RT Riboswitchek: szerkezetek és mechanizmusok.  (angol)  // Cold Spring Harbor perspektívák a biológiában. - 2011. - 20. évf. 3, sz. 6 . - doi : 10.1101/cshperspect.a003533 . — PMID 20943759 .
  3. Vieweger M. , Holmstrom ED , Nesbitt DJ Single-Molecule FRET A FRET három konformációt tár fel a Brome Mosaic Virus Genom TLS tartományára vonatkozóan.  (angol)  // Biofizikai folyóirat. - 2015. - Kt. 109. sz. 12 . - P. 2625-2636. - doi : 10.1016/j.bpj.2015.10.006 . — PMID 26682819 .
  4. 1 2 3 4 5 6 7 Mehdizadeh Aghdam E. , Hejazi MS , Barzegar A. Riboswitches: Élő bioszenzoroktól az antibiotikumok új célpontjáig.  (angol)  // Gene. - 2016. - Kt. 592. sz. 2 . - P. 244-259. - doi : 10.1016/j.gene.2016.07.035 . — PMID 27432066 .
  5. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Serganov A. , Nudler E. A riboswitchek egy évtizede.  (angol)  // Cell. - 2013. - Kt. 152. sz. 1-2 . - P. 17-24. - doi : 10.1016/j.cell.2012.12.024 . — PMID 23332744 .
  6. Ketzer P. , Kaufmann JK , Engelhardt S. , Bossow S. , von Kalle C. , Hartig JS , Ungerechts G. , Nettelbeck DM Mesterséges ribokapcsolók DNS- és RNS-vírusok génexpressziójának és replikációjának szabályozására.  (angol)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014. - Kt. 111. sz. 5 . - P. 554-562. - doi : 10.1073/pnas.1318563111 . — PMID 24449891 .
  7. Strobel B. , Klauser B. , Hartig JS , Lamla T. , Gantner F. , Kreuz S. Riboswitch-mediált attenuation of Transgene Cytotoxicity Increases Adeno-asssociated Virus Vector Yields in HEK-293 Cells.  (angol)  // Molekuláris terápia : az American Society of Gene Therapy folyóirata. - 2015. - Kt. 23. sz. 10 . - P. 1582-1591. - doi : 10.1038/mt.2015.123 . — PMID 26137851 .
  8. Robinson CJ , Medina-Stacey D. , Wu MC , Vincent HA , Micklefield J. Riboswitchek újrahuzalozása új genetikai áramkörök létrehozása érdekében a baktériumokban.  (angol)  // Enzimológiai módszerek. - 2016. - Kt. 575.-P. 319-348. - doi : 10.1016/bs.mie.2016.02.022 . — PMID 27417935 .
  9. Ohbayashi R. , Akai H. , Yoshikawa H. , Hess WR , Watanabe S. Egy szorosan indukálható riboswitch rendszer a Synechocystis sp. PCC 6803.  (angol)  // The Journal of general and alkalmazott mikrobiologia. - 2016. - Kt. 62. sz. 3 . - P. 154-159. - doi : 10.2323/jgam.2016.02.002 . — PMID 27250662 .
  10. Ketterer S. , Gladis L. , Kozica A. , Meier M. A fluorogén glicin riboswitchek tervezése és jellemzése.  (angol)  // Nukleinsavak kutatása. - 2016. - Kt. 44, sz. 12 . - P. 5983-5992. - doi : 10.1093/nar/gkw465 . — PMID 27220466 .
  11. Litke JL , You M. , Jaffrey SR Developing Fluorogenic Riboswitches for Imaging Metabolite Concentration Dynamics in Bacterial Cells.  (angol)  // Enzimológiai módszerek. - 2016. - Kt. 572.-P. 315-333. - doi : 10.1016/bs.mie.2016.03.021 . — PMID 27241761 .
  12. Chen D. , Murchie AI Egy aminoglikozid érzékelő riboswitch szabályozza az aminoglikozid rezisztencia acetiltranszferáz és adeniltranszferázok expresszióját.  (angol)  // Biochimica et biophysica acta. - 2014. - Kt. 1839. sz. 10 . - P. 951-958. - doi : 10.1016/j.bbagrm.2014.02.019 . — PMID 24631585 .

Irodalom

Linkek

Lásd még