SECIS elem

A SECIS-elem (az angol  se leno c ysteine ​​i nsertion s equence - szelenocisztein beillesztési szekvencia szóból ) egy körülbelül 60 nukleotid hosszúságú RNS -régió , amely hajtűszerű szerkezetet alkot [1] . Ez az szerkezeti motívum (nukleotidkészlet) arra készteti az UGA stopkodont, hogy a szelenociszteint kódolja. Ezért a SECIS elem lényeges eleme a szelenoproteineket kódoló mRNS- eknek ( a szeléntartalmú szelenocisztein aminosav egy vagy több csoportját tartalmazó fehérjék ).

A baktériumokban a SECIS elem szinte közvetlenül az általa érintett UGA kodon után található . Az archaeákban és az eukariótákban az mRNS 3 ' nem transzlált régiójában ( 3' UTR ) található, és egy SECIS elem több UGA kodont is képes szelenociszteint kódolni. Az egyik archaeai nemzetségben, a Methanococcusban a SECIS elem az 5 ' nem lefordított régióban ( 5' UTR ) található .  

A SECIS elemet jellegzetes nukleotidszekvenciájáról lehet megkülönböztetni, azaz bizonyos nukleotidok szigorúan meghatározott helyeket foglalnak el benne, valamint jellegzetes másodlagos szerkezetükkel. A másodlagos szerkezet a komplementer nitrogénbázisok közötti hidrogénkötések kialakulásának köszönhető , ami hajtűszerű szerkezetet eredményez. Az eukarióta SECIS nem kanonikus AG párokat tartalmaz, amelyek a természetben ritkák, de rendkívül fontosak a SECIS normál működéséhez. Bár az eukariótákban, archaeákban és baktériumokban a SECIS jellegzetes hajtű alakú, nem kompatibilisek egymással, vagyis az eukarióta SECIS-re jellemző nukleotid elrendezés nem az archaeális SECIS-re jellemző.

A genomban található SECIS elem keresésére több számítógépes program készült, munkájuk konkrét szekvenciák és másodlagos szerkezeti elemek keresésén alapul. Ezeket a programokat új szelenoproteinek keresésére használták [2] .

A SECIS elemet az élet mindhárom tartományából származó organizmusok széles választékában , valamint azok vírusaiban találták meg [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] .

Jegyzetek

1. ↑ Walczak, R; Westhof E., Carbon P., Krol A. Egy új RNS szerkezeti motívum az eukarióta szelenoprotein mRNS-ek szelenocisztein beillesztési elemében  //  RNS : Journal. - 1996. - 1. évf. 2 , sz. 4 . - 367-379 . — PMID 8634917 .
2. ↑ 1 2 Lambert, A; Lescure A., Gautheret D. A metazoan szelenocisztein beillesztési szekvenciáinak felmérése  (angol)  // Biochimie : folyóirat. - 2002. - 20. évf. 84 , sz. 9 . - P. 953-959 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 . — PMID 12458087 .
3. ↑ Mix H., Lobanov AV, Gladyshev VN SECIS elemek a szelenoprotein transzkriptumok kódoló régióiban funkcionálisak magasabb rendű eukariótákban  // Nucleic Acids Res  . : folyóirat. - 2007. - Vol. 35 , sz. 2 . - P. 414-423 . doi : 10.1093 / nar/gkl1060 . — PMID 17169995 .
4. ↑ Cassago A., Rodrigues EM, Prieto EL, et al. A Leishmania szelenoproteinek és a SECIS elem azonosítása  (angol)  // Mol. Biochem. parazita. : folyóirat. - 2006. - Vol. 149. sz . 2 . - 128-134 . o . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 . — PMID 16766053 .
5. ↑ Mourier T., Pain A., Barrell B., Griffiths-Jones S. Egy szelenocisztein-tRNS és SECIS elem a Plasmodium falciparumban  (neopr.)  // RNS. - 2005. - T. 11 , 2. sz . - S. 119-122 . - doi : 10.1261/rna.7185605 . — PMID 15659354 .
6. ↑ G. V. Krjukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó és V. N. Gladysev. Emlősszelenoproteomák jellemzése  (angol)  // Tudomány. - 2003. - 1. évf. 300 , nem. 5624 . - P. 1439-1443 . - doi : 10.1126/tudomány.1083516 . — PMID 12775843 .
7. ↑ Gregory V. Krjukov és Vadim N. Gladysev.  A prokarióta szelenoproteom  // EMBO Rep : folyóirat. - 2004. - 20. évf. 5 , sz. 5 . - P. 538-543 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400126 . — PMID 15105824 .
8. ↑ Alain Krol. Evolúciósan eltérő RNS-motívumok és RNS-fehérje komplexek a szelenoprotein- szintézis eléréséhez  //  Biochimie : folyóirat. - 2002. - 20. évf. 84 , sz. 8 . - P. 765-774 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01405-0 . — PMID 12457564 .