A kromoszóma konformáció meghatározása

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2020. október 28-án felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 2 szerkesztést igényelnek .

A kromoszóma konformáció rögzítése ,  amelyet gyakran 3C-ként is szoktak rövidíteni ( kromoszóma konformáció rögzítése , 3C ) [1] a sejtmagban lévő kromatin térbeli szerveződésének tanulmányozására használt molekuláris biológiai módszerek  összessége . Ezeket a háromdimenziós térben egymás mellett elhelyezkedő genomiális lókuszok közötti kölcsönhatások számszerűsítésére használják [2] .

Az ilyen kölcsönhatások létrejöhetnek biológiai funkciók következményeként, például egy promoter és egy enhanszer között, vagy véletlenszerű polimer hurkok eredményeként , amikor a kromatin fizikai mozgása lókuszok „ütközését” okozza [3] . Ugyanakkor a szabályozó elemek több millió bázispár távolságra is elhelyezkedhetnek az általuk irányított génektől [4] . Annak ellenére, hogy a lókusz-kontroll régió több tíz kilobázisnyi távolságra helyezkedik el a génektől, a közöttük lévő DNS- régió összetett konformációja lehetővé teszi, hogy közvetlenül kölcsönhatásba léphessenek egymással, ezáltal szabályozva a génexpressziót [5 ] .

Az interakciós frekvenciák közvetlenül elemezhetők [6] vagy távolságokká alakíthatók, és felhasználhatók háromdimenziós struktúrák rekonstruálására [7] .

A 3C-alapú módszerek közötti fő különbségek a képességeik és a hatókörük [8] . A 3C-eredetű anyagok mély szekvenálása lehetővé teszi a kölcsönhatások genomszintű feltérképezését is.

Történelem

Történelmileg a mikroszkópia volt a nukleáris szerveződés tanulmányozásának fő módszere [9] .

1984-ben John T. Lees kifejlesztette a kromatin immunprecipitációs módszert , amelynek alapelveit számos 3C módszerben alkalmazzák. 2002-ben Job Dekker azt az ötletet javasolta, hogy a lókuszok közötti interakciók frekvencia-sűrűségi mátrixát használják a genomok térbeli szerveződésének meghatározására. Ez az ötlet volt az alapja a 3C-módszer kidolgozásának, amelyről 2002-ben Job Dekker és Nancy Klöckner professzor publikálta az első írást a Harvard Egyetemen [10] [11] . Majd 2006-ban Marike Simonis kifejlesztette a 4C [12] módszert , Josie Dosti pedig az 5C [13] módszert . Továbbfejlesztett módszerek, mint a ChIP-seq [14] , a Hi-C [15] és a ChIA-pet [16] .

Kísérleti módszerek

A kromoszóma konformáció rögzítésének minden módszere a kezdeti szakaszban hasonló manipulációkkal kezdődik, amelyeket sejtmintán hajtanak végre. Az alábbiakban a klasszikus 3C módszer fő lépései találhatók.

  1. Feldolgozás formaldehiddel [17] , amely térben térhálósítja a szomszédos genomiális régiókat és fehérjéket, így lefagyasztja a lókuszok közötti kölcsönhatásokat. Leggyakrabban 1-3%-os formaldehidet használnak szobahőmérsékleten 10-30 perces rögzítéshez [18] . A reakcióidő és a koncentráció korlátozott, mert a túlzott térhálósodás megzavarhatja a korlátozást a következő lépésben.
  2. Fragmentálás restrikciós endonukleázok ( restrikciós enzimek ) által. A végső felbontást a töredékek mérete határozza meg. Erre a célra közepes hasító restrisztázokat használnak, amelyek felismerik és levágják a 6 bp-t. Például EcoR1 vagy HindIII : 4000 bp-nként egyszer levágják a genomot. Így egy közepesen vágó restrikciós enzim alkalmazásával körülbelül 1 millió különböző fragmens nyerhető ki az emberi genomból [18] [19] .
  3. Véletlenszerű ligálás , amelyet alacsony DNS-koncentráció mellett végeznek T4 DNS-ligáz segítségével [20] . Ennek eredményeként a formaldehiddel térhálósított DNS-szakaszok végei összekapcsolódnak. Alacsony koncentrációk biztosítják a ligálási specifitást (csak a térhálós, kölcsönhatásba lépő fragmentumok között). Ezt követően a kölcsönható lókuszokat a ligált fragmensek PCR -rel történő amplifikálásával számszerűsítik [18] [20] .
  4. Páros 3C könyvtár létrehozása . A hőkezelés a kötések felszakadásához és lineáris kiméra DNS-fragmensek kialakulásához vezet. Ennek eredményeként létrejön egy kölcsönható DNS-fragmensek könyvtára (3C-könyvtár) [21] .
  5. A valós idejű PCR lehetővé teszi a genom két specifikus régiója közötti kölcsönhatás valószínűségének értékelését. A primereketválasztjukki, hogy mindegyik primer komplementer legyen a megfelelő lókuszával. Kölcsönhatás esetén mindkét primert összekapcsolják, és a fragmentumot amplifikálják [8] .

Alapvető módszerek

3C

A kromoszóma konformáció rögzítése ( 3C ) szükséges a kiválasztott genomi lókuszpár közötti kölcsönhatás számszerűsítéséhez .  Például a 3C felhasználható potenciális promoter-fokozó kölcsönhatások feltárására. A ligált fragmenseket PCR-rel detektáljuk ismert szekvenciákhoz tartozó primerek alkalmazásával [10] [2] .

4C

A zárt kromoszóma konformáció befogásának módszere ( angolul  circularized chromosome conformation capture , 4С ) egy kiválasztott lókusz és más genomi lókuszok közötti kölcsönhatásokat fedi le. Arra használják, hogy megtalálják a genom azon régióját, amely kölcsönhatásba lép egy adott DNS-szekvenciával [22] , és a standard 3C módszer és az inverz PCR kombinációja .

Az első 4 lépés egybeesik a kromoszóma konformáció rögzítési módszer lépéseivel. Ezután a kapott 3C könyvtár restrikciós enzimekkel történő fragmentálását egymás után végezzük; ligálás a DNS-fragmensek ciklizálására, ami egy "kör alakú" kiméra DNS-könyvtárat eredményez (4C könyvtár) [23] . Az invertált PCR lehetővé teszi egy ismeretlen szekvencia amplifikálását egy ismert szekvenciával, amelyhez ligált [12] . A 4C-könyvtár elemzését DNS-microarray-k segítségével végezzük .

Ellentétben a 3C-vel és az 5C-vel, a 4C módszerekhez nincs szükség mindkét kölcsönható kromoszómarégió nukleotidszekvenciájának előzetes ismeretére [8] . A 4C-vel kapott eredmények nagymértékben reprodukálhatók a proximális régiók közötti legtöbb interakció esetében. Körülbelül millió kölcsönhatás elemezhető egyetlen mikrochipen [1] .

5C

Az 5C egy adott régióban lévő összes fragmentum közötti kölcsönhatásokat észleli, és ennek a régiónak a mérete általában nem haladja meg a megabázist. Lehetővé teszi olyan DNS-régiók keresését, amelyek kölcsönhatásba lépnek a genom több kiválasztott régiójával, és a 3C módszer és a multiplex PCR kombinációja [13] .

Az első 4 lépés egybeesik a kromoszóma konformáció rögzítési módszer lépéseivel. Ezután az adaptereket szekvenciálisan ligáljuk az összes fragmenshez Taq ligáz segítségével; az 5C-könyvtár elemzését DNS-microarray-ek és szekvenálás segítségével végezzük [21] . Az 5C hasznos komplex kölcsönhatások tanulmányozására, azonban viszonylag alacsony lefedettséggel rendelkezik. A módszer nem alkalmas komplex kölcsönhatások vizsgálatára az egész genomban, mivel ehhez több millió 5C primerre lenne szükség [8] .

Hi-C

A Hi-C módszer további lépéseket tartalmaz, amelyek célja a kapott könyvtár olyan fragmentumokkal való gazdagítása, amelyek információt hordoznak a sejtben lévő DNS-kapcsolatokról, azaz kiméra fragmentumokkal. A restrikciót követően a DNS-végek biotinilezését , majd ligálását végezzük, majd a DNS-molekulák végéről eltávolítjuk a biotinilált nukleotidokat. Ennek eredményeként a biotin csak azokat a DNS-fragmenseket tartalmazza, amelyek minden korábbi reakción átestek. Ezután az ilyen molekulákat elválasztják azoktól, amelyek statisztikailag nem vettek részt az egyik reakcióban, a biotin sztreptavidin általi specifikus megkötésével.. A kapott fragmensek könyvtárának elkészítése utánnagy áteresztőképességű szekvenálásta kiméra fragmentumok nukleotidszekvenciájának meghatározására[15]. Az ezeket a molekulákat alkotó szekvenciák egymástól függetlenül vannak feltérképezve a genomba, ami lehetővé teszi annak meghatározását, hogy a genom mely részei fordulnak elő, és ennek megfelelően a genom mely részei léptek kölcsönhatásba a sejtben. Így a genomrégiók közötti összes lehetséges páronkénti kölcsönhatást ellenőrizzük[24].

A tudósok egy primer agydaganatok szűréséről szóló tanulmány példáján próbálják megállapítani a Hi-C módszer alkalmazhatóságának határait [25] . A rákszűrés előtt a Hi-C-t főként sejtvonalakon végzett munkához használták [26] .

Speciális módszerek

A specifikus módszerek közé tartoznak a szekvencia befogáson alapuló módszerek, az egysejtű módszerek és az immunprecipitáción alapuló módszerek. Például az egysejtű Hi-C használható az egysejtű kölcsönhatások tanulmányozására [24] .

A szekvencia befogáson alapuló módszerek oligonukleotid fixálást alkalmaznak a kérdéses 3C és Hi-C lókuszok könyvtárainak gazdagításához [27] . Ezek a következők: Capture-C [28] , NG Capture-C [29] , Capture-3C [30] és Capture Hi-C [31] . Ezek a módszerek nagyobb felbontást és érzékenységet érnek el, mint a 4C-alapú módszerek [8] .

Az immunprecipitáción alapuló módszerek lehetővé teszik olyan lókuszok izolálását, amelyek specifikus fehérjék, például transzkripciós faktorok vagy szigetelő fehérjék segítségével kölcsönhatásba lépnek [32] . Ezek között vannak olyan módszerek, mint a ChIP-hurok és a ChIA-PET. A ChIP-hurok a 3C-t a ChIP-seq-vel kombinálja, hogy kimutathassa a kérdéses fehérje által közvetített két érdekes lókusz közötti kölcsönhatást [33] . A ChIA-PET kombinálja a Hi-C-t és a ChIP-seq-et, hogy detektáljon minden interakciót, amelyet a kérdéses fehérje közvetít [16] [2] .

Biológiai jelentősége

A 3C módszerek nagyszámú fontos biológiai felfedezéshez járultak hozzá, többek között új adatokhoz a kromoszómák szerkezeti jellemzőiről, a kromatin hurkok osztályozásáról, és segítettek elmélyíteni a transzkripciós szabályozás mechanizmusairól szóló ismereteket (amelyek megsértése számos betegséghez vezethet ) [9] .

A kromoszóma konformáció rögzítési módszerei bebizonyították a génszabályozó elemek térbeli közelségének fontosságát. Például a globin géneket expresszáló szövetekben a β-globin lókusz kontroll régiója hurkot képez ezekkel a génekkel együtt. Ugyanakkor a hurok hiányzik azokban a szövetekben, ahol ez a gén nem expresszálódik [34] .

A kromoszóma konformáció rögzítése lehetővé tette szerveződésük nagy szintjének, az úgynevezett TAD-oknak ( topológiailag asszociált doméneknek ) kimutatását, amelyek korrelálnak az epigenetikai markerek változásaival. Egyes TAD-ok nem mutatnak transzkripciós aktivitást, míg mások aktivitása elnyomott [35] . Nagyszámú TAD-t találtak D. melanogasterben , egerekben és emberekben [36] . A CTCF transzkripciós faktor és a fehérjekomplex kohézin játssza a fő szerepet a TAD-ok, fokozók és promóterek közötti kölcsönhatások meghatározásában . A 3C kísérletek eredményei rámutatnak a CTCF-kötő motívumok és az enhanszer-promoter hurok szemtől-szembe való orientációjának fontosságára. Erre azért van szükség, hogy az enhanszert a célponthoz képest helyesen pozícionáljuk [37] .

Emberi betegségek

Számos olyan betegség létezik, amelyet a promoter-enhancer kölcsönhatás hibái okoznak [38] . Ezek közé tartozik egy olyan vérbetegség, mint a béta-thalassemia , amely az LKO fokozó elemének törlése következtében jelentkezik [39] [40] . Az SBE2 enhanszer mutációja, amely viszont gyengíti az SHH gén expresszióját [41] , holoprosencephalia kialakulásához vezet . Ugyanakkor a félgömbökre osztott telencephalon kialakulása megszakad. Egy másik példa a megváltozott SHH-expresszióval összefüggő betegségre a 2-es típusú polydactyly PPD2 (triphalangealis hüvelykujj). A ZRS szabályozó elem mutációjából adódik, ami befolyásolja az SHH fokozott termelését [42] . A promoter és az enhanszer közötti kölcsönhatás zavara nemcsak a fejlődési rendellenességeket érinti, hanem onkológiai betegségeket is okozhat. Így a tüdő adenokarcinóma a MYC gén enhanszer elemének megkettőződése miatt alakulhat ki [43] . A T-sejtes akut limfoblasztos leukémiát az intronszekvencia mutációja miatt új enhanszer megjelenése okozhatja [44] .

Adatelemzés

A különböző 3C kísérletekből származó adatokat eltérő szerkezeti és statisztikai tulajdonságok jellemzik. Ezért minden kísérlettípus feldolgozásához létezik egy szoftvercsomag [27] .

A Hi-C adatokat gyakran használják a genomszintű kromatin szerveződési szintek elemzéséhez. A meglévő algoritmusokkal végzett feldolgozás eredményeként megkülönböztethetők a TAD-ok, amelyek a genom kiterjesztett lineáris régiói, amelyek térbeli kapcsolatban állnak [45] [35] [6] .

A Hi-C-t és származékait folyamatosan fejlesztik. A Fit-Hi-C [3]  a diszkrét adatbinning elvén alapuló módszer. Módosításai az interakciós távolság (a kezdeti spline vagy spline-1 finomítása) és a nulla modell finomítása (spline-2) figyelembevételével lehetségesek. A Fit-Hi-C eredménye a páronkénti intrakromoszómális kölcsönhatások listája a megfelelő p- és q- értékekkel [46] .

A genom 3D-s szerveződése a kontaktmátrix spektrális dekompozíciójával állapítható meg . Mindegyik sajátvektor egy közös szerkezeti tulajdonságokkal rendelkező lókuszok halmazának felel meg (ezeket a lókuszokat nem kell egymás után lineárisan elrendezni) [47] .

A 3C technológia egyik zavaró tényezője a lókuszok közötti gyakori nem specifikus kölcsönhatások, amelyek a polimer véletlenszerű viselkedéséből adódnak. A két lókusz közötti kölcsönhatás specifitását szükségszerűen a statisztikai szignifikancia megfelelő szintjén kell megerősíteni [3] .

A Hi-C kapcsolati térkép normalizálása

Két fő módja van a nyers Hi-C érintkezési hőtérkép adatok normalizálásának. Az első az egyenlő rendelkezésre állás feltételezése, ami azt jelenti, hogy a kromoszóma minden pozíciójának azonos esélye van az interakcióban való részvételre. Ennek megfelelően a Hi-C kapcsolati térkép valódi jelének kiegyensúlyozott mátrixnak kell lennie ( egy kiegyensúlyozott mátrix az, amelynél a sorokban és oszlopokban lévő értékek összege egyenlő). Ilyen algoritmus például a Sinhorn-Knopp algoritmus , amely az előzetes kontaktustérképet kiegyensúlyozott mátrixra redukálja [48] .

Egy másik módszer azt a feltételezést használja, hogy bizonyos kromoszómapozíciókhoz valamilyen torzítás társul. Az egyes koordináták érintkezési térképének értéke egyenlő lesz az adott pozíció valódi jelével, megszorozva a két szomszédos pozíció eltolásaival. Az elfogult modellt használó algoritmusok közé tartozik az iteratív korrekciós algoritmus. Végrehajtása során a sor és oszlop torzítás iteratív módon kikerül az elsődleges kapcsolati térképről [47] .

DNS-motívumok elemzése

A DNS- motívumok  specifikus rövid, gyakran 8-20 nukleotid hosszúságú szekvenciák [49] , amelyek statisztikailag felülreprezentáltak egy közös biológiai funkcióval rendelkező szekvenciák halmazában. Jelenleg a kromatin hosszú távú kölcsönhatásainak szabályozó motívumait még nem vizsgálták kellőképpen [50] .

A rák genomjainak elemzése

A 3C módszereken alapuló technikák rávilágíthatnak a rákgenomokban bekövetkező kromoszóma-átrendeződésekre [25] . Sőt, képesek kimutatni a szabályozó elemek és célgénjeik térbeli közelségében bekövetkező változásokat, lehetővé téve a genom egészének szerkezeti és funkcionális szerveződésének mélyebb megértését [51] .

Lásd még

Jegyzetek

  1. ↑ 1 2 de Wit E. , de Laat W. A 3C technológiák évtizede: betekintés a nukleáris szervezetbe  //  Gének és fejlesztés. - 2012. - január 1. ( 26. évf. , 1. sz.). - P. 11-24 . — ISSN 0890-9369 . - doi : 10.1101/gad.179804.111 .
  2. ↑ 1 2 3 Hakim Ofir , Misteli Tom. Pillanatkép: Chromosome Conformation Capture   // Cell . - 2012. - március ( 148. évf. , 5. sz.). - P. 1068-1068.e2 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2012.02.019 .
  3. ↑ 1 2 3 Ay F. , Bailey TL , Noble WS A Hi-C adatok statisztikai megbízhatósági becslése regulatory chromatin contacts  //  Genome Research. - 2014. - február 5. ( 24. évf. , 6. sz.). - P. 999-1011 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.160374.113 .
  4. ↑ Dekker Job. A kromoszómakonformáció rögzítésének három C-je: kontrollok, vezérlők, kontrollok  //  Természeti módszerek. - 2005. - december 20. ( 3. köt. , 1. sz.). - P. 17-21 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth823 .
  5. ↑ Dekker Job. A hosszú távú kromoszómális kölcsönhatások közelebbi pillantása  //  Trends in Biochemical Sciences. - 2003. - június ( 28. évf. , 6. sz.). - 277-280 . — ISSN 0968-0004 . - doi : 10.1016/S0968-0004(03)00089-6 .
  6. ↑ 1 2 Rao Suhas SP , Huntley Miriam H. , Durand Neva C. , Stamenova Elena K. , Bochkov Ivan D. , Robinson James T. , Sanborn Adrian L. , Machol Ido , Omer Arina D. , Lander Eric S. , Aiden Erez Lieberman. Az emberi genom 3D-s térképe Kilobázis felbontással feltárja a kromatinhurkok alapelveit   // Sejt . - 2014. - December ( 159. évf. , 7. sz.). - P. 1665-1680 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2014.11.021 .
  7. ↑ Varoquaux N. , Ay F. , Noble W.S. , Vert J.-P. Statisztikai megközelítés a genom 3D szerkezetére   // Bioinformatika . - 2014. - június 15. ( 30. évf. , 12. sz.). - P. i26-i33 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu268 .
  8. ↑ 1 2 3 4 5 Davies James OJ , Oudelaar A Marieke , Higgs Douglas R , Hughes Jim R. Hogyan lehet legjobban azonosítani a kromoszómális interakciókat: a megközelítések összehasonlítása  //  Nature Methods. - 2017. - február ( 14. évf . 2. sz .). - 125-134 . o . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.4146 .
  9. ↑ 1 2 Denker Annette , de Laat Wouter. A 3C technológiák második évtizede: részletes betekintés a nukleáris szervezetbe  //  Gének és fejlesztés. - 2016. - június 15. ( 30. évf. , 12. sz.). - P. 1357-1382 . — ISSN 0890-9369 . - doi : 10.1101/gad.281964.116 .
  10. ↑ 1 2 Dekker J. A kromoszómakonformáció rögzítése   // Tudomány . - 2002. - február 15. ( 295. évf. , 5558. sz.). - P. 1306-1311 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1067799 .
  11. ↑ Osborne CS , Ewels PA , Young ANC Ismerje meg a szomszédokat: eszközök a nukleáris szerkezet és működés boncolásához  //  Briefings in Functional Genomics. - 2011. - január 1. ( 10. évf . 1. sz .). - P. 11-17 . — ISSN 2041-2649 . - doi : 10.1093/bfgp/elq034 .
  12. ↑ 1 2 Simonis Marieke , Klous Petra , Splinter Erik , Moshkin Yuri , Willemsen Rob , de Wit Elzo , van Steensel Bas , de Laat Wouter . Aktív és inaktív kromatin domének nukleáris szerveződése, amelyet kromoszóma konformáció rögzítése chipen (4C  ) fedez fel  // Nature Genetics. - 2006. - október 8. ( 38. évf. , 11. sz.). - P. 1348-1354 . — ISSN 1061-4036 . doi : 10.1038 / ng1896 .
  13. ↑ 1 2 Dostie J. , Richmond TA , Arnaout RA , Selzer RR , Lee WL , Honan TA , Rubio ED , Krumm A. , Lamb J. , Nusbaum C. , Green RD , Dekker J. Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C ): Masszívan párhuzamos megoldás a genomiális elemek közötti interakciók feltérképezésére  (angol)  // Genome Research. - 2006. - október 1. ( 16. évf. , 10. sz.). - P. 1299-1309 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.5571506 .
  14. ↑ Albert Istvan , Mavrich Travis N. , Tomsho Lynn P. , Qi Ji , Zanton Sara J. , Schuster Stephan C. , Pugh B. Franklin. A H2A.Z nukleoszómák transzlációs és rotációs beállításai a Saccharomyces cerevisiae genomban   // Természet . - 2007. - március ( 446. évf. , 7135. sz.). - P. 572-576 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature05632 .
  15. ↑ 1 2 Lieberman-Aiden E. , van Berkum NL , Williams L. , Imakaev M. , Ragoczy T. , Telling A. , Amit I. , Lajoie BR , Sabo PJ , Dorschner MO , Sandstrom R. , Bernstein B. , Bender MA , Groudine M. , Gnirke A. , Stamatoyannopoulos J. , Mirny LA , Lander ES , Dekker J. Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome   // Science . - 2009. - október 8. ( 326. évf. , 5950. sz.). - P. 289-293 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1181369 .
  16. ↑ 1 2 Fullwood Melissa J. , Liu Mei Hui , Pan You Fu , Liu Jun , Xu Han , Mohamed Yusoff Bin , Orlov Yuriy L. , Velkov Stoyan , Ho Andrea , Mei Poh Huay , Chew Elaine GY , Huang Hui Phillips Yao Welboren Willem-Jan , Han Yuyuan , Ooi Hong Sain , Ariyaratne Pramila N. , Vega Vinsensius B. , Luo Yanquan , Tan Peck Yean , Choy Pei Ye , Wansa KD Senali Abayratna , Zhao Bing , Leow Kar Sian , Y. Jit Sin , Joseph Roy , Li Haixia , Desai Kartiki V. , Thomsen Jane S. , Lee Yew Kok , Karuturi R. Krishna Murthy , Herve Thoreau , Bourque Guillaume , Stunnenberg Hendrik G. , Ruan Xiaoan , W. Cacheux - Ratab -Kin , Liu Edison T. , Wei Chia-Lin , Cheung Edwin , Ruan Yijun. Ösztrogén-receptor-α-kötött humán kromatin interaktóm  (angol)  // Természet. - 2009. - november ( 462. évf. , 7269. sz.). - P. 58-64 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08497 .
  17. ↑ Gavrilov Alexey , Eivazova Elvira , Pirozhkova Iryna , Lipinski Marc , Razin Sergey , Vassetzky Jegor. A kromoszóma konformáció rögzítése (3C-tól 5C-ig) és ChIP-alapú módosítása  //  Kromatin immunprecipitációs vizsgálatok. - 2009. - P. 171-188 . — ISBN 9781603274135 . — ISSN 1064-3745 . - doi : 10.1007/978-1-60327-414-2_12 .
  18. ↑ 1 2 3 Naumova Natalia , Smith Emily M. , Zhan Ye , Dekker Job. A hosszú távú kromatin kölcsönhatások elemzése a kromoszóma konformáció rögzítésével   // Módszerek . - 2012. - november ( 58. évf. , 3. sz.). - P. 192-203 . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2012.07.022 .
  19. ↑ Belton Jon-Matthew , Dekker Job. Kromoszóma konformáció rögzítése (3C ) bimbózó élesztőben   // Cold Spring Harbor Protocols. - 2015. - június ( 2015. évf. , 6. sz.). — P.pdb.prot085175 . — ISSN 1940-3402 . - doi : 10.1101/pdb.prot085175 .
  20. ↑ 1 2 Gavrilov Alexey A. , Golov Arkadiy K. , Razin Sergey V. Aktuális ligációs frekvenciák a kromoszómakonformáció rögzítési eljárásában  (angol)  // PLoS ONE. - 2013. - március 26. ( 8. köt . 3. sz .). — P.e60403 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0060403 .
  21. ↑ 1 2 Stadhouders Ralph , Kolovos Petros , Brouwer Rutger , Zuin Jessica , van den Heuvel Anita , Kockx Christel , Palstra Robert-Jan , Wendt Kerstin S , Grosveld Frank , van Ijcken Wilfred , Soler Eric. Multiplex kromoszómakonformáció-rögzítési szekvenálás a hosszú távú kromatin kölcsönhatások gyors genomléptékű, nagy felbontású detektálásához  //  Nature Protocols. - 2013. - február 14. ( 8. köt . 3. sz .). - P. 509-524 . — ISSN 1754-2189 . - doi : 10.1038/nprot.2013.018 .
  22. ↑ Zhao Zhihu , Tavoosidana Gholamreza , Sjölinder Mikael , Göndör Anita , Mariano Piero , Wang Sha , Kanduri Chandrasekhar , Lezcano Magda , Singh Sandhu Kuljeet , Singh Umashankar , Pant Viod , Sjölini Kurvasujay , Tiwarrei Ohkuuti . A körkörös kromoszóma konformáció rögzítése (4C) feltárja az epigenetikusan szabályozott intra- és interkromoszómális kölcsönhatások kiterjedt hálózatait  //  Nature Genetics. - 2006. - október 8. ( 38. évf. , 11. sz.). - P. 1341-1347 . — ISSN 1061-4036 . doi : 10.1038 / ng1891 .
  23. ↑ van de Werken Harmen JG , Landan Gilad , Holwerda Sjoerd JB , Hoichman Michael , Klous Petra , Chachik Ran , Splinter Erik , Valdes-Quezada Christian , Öz Yuva , Bouwman Britta AM , Verstegen Marjon JAM , de Wit Elzomos Laat Wouter. Robusztus 4C-seq adatelemzés a szabályozó DNS-kölcsönhatások szűrésére  //  Nature Methods. - 2012. - szeptember 9. ( 9. köt. , 10. sz.). - P. 969-972 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.2173 .
  24. ↑ 1 2 Nagano Takashi , Lubling Yaniv , Stevens Tim J. , Schoenfelder Stefan , Yaffe Eitan , Dean Wendy , Laue Ernest D. , Tanay Amos , Fraser Peter. Az egysejtű Hi-C sejt-sejt variabilitást tár fel a kromoszómaszerkezetben   // Természet . - 2013. - szeptember 25. ( 502. évf. , 7469. sz.). - 59-64 . o . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature12593 .
  25. ↑ 1 2 Harewood Louise , Kishore Kamal , Eldridge Matthew D. , Wingett Steven , Pearson Danita , Schoenfelder Stefan , Collins V. Peter , Fraser Peter. Hi-C, mint eszköz a kromoszóma-átrendeződések és a kópiaszám változásának pontos kimutatására és jellemzésére emberi daganatokban  //  Genome Biology. - 2017. - június 27. ( 18. évf . 1. sz .). — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-017-1253-8 .
  26. ↑ Burton Joshua N , Adey Andrew , Patwardhan Rupali P , Qiu Ruolan , Kitzman Jacob O , Shendure Jay. A de novo genom-összeállítások kromoszóma léptékű állványozása kromatin kölcsönhatások alapján  //  Nature Biotechnology. - 2013. - november 3. ( 31. évf. , 12. sz.). - P. 1119-1125 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.2727 .
  27. ↑ 1 2 Schmitt Anthony D. , Hu Ming , Ren Bing. A kromoszóma-architektúra genomszintű feltérképezése és elemzése  //  Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2016. - szeptember 1. ( 17. évf. , 12. sz.). - P. 743-755 . — ISSN 1471-0072 . - doi : 10.1038/nrm.2016.104 .
  28. ↑ Hughes Jim R , Roberts Nigel , McGowan Simon , Hay Deborah , Giannoulatou Eleni , Lynch Magnus , De Gobbi Marco , Taylor Stephen , Gibbons Richard , Higgs Douglas R. Több száz cisz-szabályozó táj elemzése egyetlen nagy felbontásban -throughput experiment  (angol)  // Nature Genetics. - 2014. - január 12. ( 46. évf. , 2. sz.). - P. 205-212 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.2871 .
  29. ↑ Davies James OJ , Telenius Jelena M , McGowan Simon J , Roberts Nigel A , Taylor Stephen , Higgs Douglas R , Hughes Jim R. A kromoszóma konformációjának multiplex elemzése jelentősen javított érzékenységnél  //  Nature Methods. - 2015. - november 23. ( 13. évf. , 1. sz.). - 74-80 . o . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.3664 .
  30. ↑ az ÓRIÁS Konzorcium. A testtömeg-indexhez kapcsolódó hat új lókusz rávilágít a testtömeg-szabályozásra gyakorolt ​​neuronális hatásra  //  Nature Genetics. - 2008. - december 14. ( 41. évf. , 1. sz.). - P. 25-34 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.287 .
  31. ↑ Jäger Roland , Migliorini Gabriele , Henrion Marc , Kandaswamy Radhika , Speedy Helen E. , Heindl Andreas , Whiffin Nicola , Carnicer Maria J. , Broome Laura , Dryden Nicola , Nagano Takashi , Schoenfelder Stefan , Jua Enge Martinsi , Yu Enge Martinsi Fraser Peter , Fletcher Olivia , Houlston Richard S. A Capture Hi-C azonosítja a kolorektális rák kockázati lókuszok kromatin interakcióját  //  Nature Communications. - 2015. - február 19. ( 6. évf. , 1. sz.). — ISSN 2041-1723 . - doi : 10.1038/ncomms7178 .
  32. ↑ Tiwari VK , Baylin SB Kombinált 3C-ChIP-klónozás (6C) Assay: A Protein-Mediated Genome Architecture feltárásának eszköze  //  Cold Spring Harbor Protocols. - 2009. - március 1. ( 2009. évf. , 3. sz.). —P.pdb.prot5168 — pdb.prot5168 . — ISSN 1559-6095 . - doi : 10.1101/pdb.prot5168 .
  33. ↑ Horike Shin-ichi , Cai Shutao , Miyano Masaru , Cheng Jan-Fang , Kohwi-Shigematsu Terumi. A csendes kromatin hurok elvesztése és a DLX5 károsodott lenyomata Rett-szindrómában  //  Nature Genetics. - 2004. - december 19. ( 37. évf. , 1. sz.). - P. 31-40 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng1491 .
  34. ↑ Tolhuis Bas , Palstra Robert-Jan , Splinter Erik , Grosveld Frank , de Laat Wouter. Hurok és kölcsönhatás a túlérzékeny helyek között az aktív β-globin lokuszban  //  Molekuláris sejt. - 2002. - December ( 10. évf. , 6. sz.). - P. 1453-1465 . — ISSN 1097-2765 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00781-5 .
  35. ↑ 1 2 Cavalli Giacomo , Misteli Tom. A genom topológia funkcionális hatásai  //  Nature Structural & Molecular Biology. - 2013. - március ( 20. évf. , 3. sz.). - 290-299 . o . — ISSN 1545-9993 . - doi : 10.1038/nsmb.2474 .
  36. ↑ Dekker Job , Marti-Renom Marc A. , Mirny Leonid A. A genomok háromdimenziós szerveződésének feltárása: kromatin interakciós adatok értelmezése  //  Nature Reviews Genetics. - 2013. - május 9. ( 14. évf. , 6. sz.). - P. 390-403 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg3454 .
  37. ↑ Guo Ya , Xu Quan , Canzio Daniele , Shou Jia , Li Jinhuan , Gorkin David U. , Jung Inkyung , Wu Haiyang , Zhai Yanan , Tang Yuanxiao , Lu Yichao , Wu Yonghu , Jia Zhilian , Zhang Michael Li Wei . Ren Bing , Krainer Adrian R. , Maniatis Tom , Wu Qiang. A CTCF helyek CRISPR inverziója megváltoztatja a genom topológiát és a javító/promoter funkciót   // Cell . - 2015. - augusztus ( 162. évf. , 4. sz.). - P. 900-910 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2015.07.038 .
  38. ↑ Krijger Peter Hugo Lodewijk , Laat Wouter. A betegséggel összefüggő génexpresszió szabályozása a 3D genomban  //  Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2016. - november 9. ( 17. évf. , 12. sz.). - P. 771-782 . — ISSN 1471-0072 . - doi : 10.1038/nrm.2016.138 .
  39. ↑ Fritsch EF , Lawn RM , Maniatis T. A magzati globin gének expresszióját befolyásoló deléciók jellemzése emberben.  (angol)  // Természet. - 1979. - június 14. ( 279. köt. , 5714. sz.). - P. 598-603 . — PMID 450109 .
  40. ↑ Van der Ploeg LH , Konings A. , Oort M. , Roos D. , Bernini L. , Flavell RA gamma-béta-Thalassaemia vizsgálatok azt mutatják, hogy a gamma- és delta-gének deléciója befolyásolja a béta-globin génexpresszióját emberben.  (angol)  // Természet. - 1980. - február 14. ( 283. köt. , 5748. sz.). - P. 637-642 . — PMID 6153459 .
  41. ↑ Jeong Y. A sonic hedgehog szabályozó elemek funkcionális képernyője 1 Mb-os intervallumon keresztül azonosítja a hosszú távú ventrális előagy fokozókat   // Fejlesztés . - 2006. - február 15. ( 133. évf. , 4. sz.). - P. 761-772 . — ISSN 0950-1991 . - doi : 10.1242/dev.02239 .
  42. ↑ Wieczorek Dagmar , Pawlik Barbara , Li Yun , Akarsu Nurten A. , Caliebe Almuth , May Klaus JW , Schweiger Bernd , Vargas Fernando R. , Balci Sevim , Gillessen-Kaesbach Gabriele , Wollnik Bernd . A távoli szonikus sündisznó (SHH) cisz-szabályozó (ZRS) egy specifikus mutációja Werner-mezoméliás szindrómát (WMS) okoz, míg a teljes ZRS duplikáció áll a Haas-típusú poliszindaktilia és a preaxiális polidaktilia (PPD) hátterében háromfalanguális hüvelykujjjal vagy anélkül  //  Humán mutáció. - 2010. - január ( 31. évf. , 1. sz.). - 81-89 . o . — ISSN 1059-7794 . - doi : 10.1002/humu.21142 .
  43. ↑ Zhang Xiaoyang , Choi Peter S , Francis Joshua M , Imielinski Marcin , Watanabe Hideo , Cherniack Andrew D , Meyerson Matthew. Fokálisan amplifikált vonal-specifikus szuperfokozók azonosítása humán epiteliális rákban   // Nature Genetics . - 2015. - december 14. ( 48. évf. , 2. sz.). - 176-182 . o . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.3470 .
  44. ↑ Mansour MR , Abraham BJ , Anders L. , Berezovskaya A. , Gutierrez A. , Durbin AD , Etchin J. , Lawton L. , Sallan SE , Silverman LB , Loh ML , Hunger SP , Sanda T. , Young RA , Look AT Egy nem kódoló intergenikus elem szomatikus mutációjával létrejövő onkogén szuperfokozó   // Tudomány . - 2014. - november 13. ( 346. évf. , 6215. sz.). - P. 1373-1377 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1259037 .
  45. ↑ Dixon Jesse R. , Selvaraj Siddarth , Yue Feng , Kim Audrey , Li Yan , Shen Yin , Hu Ming , Liu Jun S. , Ren Bing. Kromatinkölcsönhatások elemzésével azonosított topológiai domének az emlős genomokban   // Nature . - 2012. - április 11. ( 485. évf. , 7398. sz.). - P. 376-380 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature11082 .
  46. ↑ Yardımcı Galip Gürkan , Noble William Stafford. Szoftvereszközök a Hi-C adatok megjelenítéséhez  //  Genome Biology. - 2017. - február 3. ( 18. évf. , 1. sz.). — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-017-1161-y .
  47. ↑ 1 2 Imakaev Maxim , Fudenberg Geoffrey , McCord Rachel Patton , Naumova Natalia , Goloborodko Anton , Lajoie Bryan R , Dekker Job , Mirny Leonid A. A Hi-C adatok iteratív korrekciója felfedi a kromoszóma szerveződésének jellegzetességeit   // English . - 2012. - szeptember 2. ( 9. köt. , 10. sz.). - P. 999-1003 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.2148 .
  48. ↑ Lajoie Bryan R. , Dekker Job , Kaplan Noam. A stoppos útmutató a Hi-C elemzéshez: Gyakorlati útmutató   // Módszerek . - 2015. - január ( 72. köt. ). - 65-75 . o . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2014.10.031 .
  49. ↑ Zambelli Federico , Pesole Graziano , Pavesi Giulio. Motívumfelfedezés és transzkripciós faktor kötőhelyek a következő generációs szekvenálási korszak előtt és után  //  Tájékoztatás a bioinformatikában. - 2012. - április 19. ( 14. évf. , 2. sz.). - 225-237 . o . — ISSN 1477-4054 . - doi : 10.1093/bib/bbs016 .
  50. ↑ Wong Ka-Chun , Li Yue , Peng Chengbin. DNS-csatoló motívumpárok azonosítása hosszú távú kromatin kölcsönhatásokon humán K562 sejtekben   // Bioinformatika . - 2015. - szeptember 26. ( 32. évf. , 3. sz.). - P. 321-324 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatika/btv555 .
  51. ↑ Taberlay Phillippa C. , Achinger-Kawecka Joanna , Lun Aaron TL , Buske Fabian A. , Sabir Kenneth , Gould Cathryn M. , Zotenko Elena , Bert Saul A. , Giles Katherine A. , Bauer Denis C. , Smyth Gordon K. , Stirzaker Clare , O'Donoghue Sean I. , Clark Susan J. A rákos genom háromdimenziós dezorganizációja a hosszú távú genetikai és epigenetikai elváltozásokkal egy időben történik  //  Genome Research. - 2016. - április 6. ( 26. évf. , 6. sz.). - P. 719-731 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.201517.115 .