RNS szekvenálás

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2019. október 22-én felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 8 szerkesztést igényelnek .

Az RNS-szekvenálás ( RNA-szekvenálás ,  RNA-seq ) az RNS - molekulák elsődleges szerkezetének meghatározására szolgáló módszer , amely rendkívül érzékeny és pontos eszköz a transzkriptom tanulmányozására . Ez magában foglalhatja az mRNS - szekvenálást és a nem kódoló RNS- szekvenálást is . A modern teljes genom szekvenálás a cDNS -fragmensek közvetlen szekvenálásán alapul [1] .

Ellentétben egy másik nagyszabású transzkriptomelemző módszerrel, az expressziós mikrotömbökkel , az RNS-szekvenálás lehetővé teszi az allél - specifikus génexpresszióról , a transzkriptum- splicing variánsokról, a poszt- és kotranszlációs RNS-szerkesztésről , az egynukleotidos polimorfizmusokról és a kiméra génekről szóló adatokat . Ezen túlmenően az RNS szekvenálás lehetővé teszi, hogy abszolút kvantitatív információt szerezzünk a különböző transzkriptumok mintában való reprezentációjáról, ellentétben a microarray-k relatív mennyiségi adataival [2] [3] .

Az RNS-szekvenálási technológiák fejlesztése az egysejtű RNS-szekvenálás ( single-cell RNA-seq ) fejlődésével együtt lehetővé teszi a  különböző betegségek etiológiájának és patogenezisének részletesebb tanulmányozását [4] [5] .

Történelem

A 454 Life Sciences [6] és az Illumina (korábban Solexa) [7] 2005-ben létrehozott egy technológiai platformot a gyors, nagy léptékű szekvenáláshoz, és először genomszekvenálásra használták . A transzkriptom szekvenálásáról szóló első munka 2008-ban jelent meg. Az élesztő [8] , az Arabidopsis [9] és az egér [10] átiratait az elsők között szekvenálták .

Jelenleg az RNS-szekvenálást főként három, nagyszabású szekvenáláshoz szükséges műszeres platform segítségével végzik: Illumina, 454 Life Sciences és SOLiD [11] .

2019-ben sikerült RNS -t szekvenálni egy 14 300 éves Tumat kölyökkutya (farkas vagy kutya) bőréből, porcából, májából és vázizomzatából [12] .

Módszerek

Az RNS szekvenálás alapelvei

A legtöbb RNS-szekvenálási kísérletet DNS-szekvenálásra tervezett berendezéseken végzik. Ebben a tekintetben az RNS-szekvenálás szükséges lépése a teljes vizsgált RNS-ből nyert cDNS -könyvtár létrehozása. Az ilyen könyvtárból származó minden cDNS egy különböző méretű DNS-fragmens, amelyet mindkét szélén speciális adapterek szegélyeznek . Adapterekre van szükség a későbbi mintaamplifikációhoz és szekvenáláshoz. A cDNS-könyvtárak létrehozásának módszerei a vizsgálat végcéljától és a vizsgált RNS típusától függően változnak (az RNS mérete, szekvenciája , szerkezeti jellemzői és koncentrációja változhat). Egy adott kísérlethez megfelelő cDNS-könyvtár létrehozása előtt meg kell válaszolni a következő kérdéseket: 1) mely RNS-molekulák érdekesek; 2) hogyan lehet a kívánt méretű cDNS-t előállítani; 3) mi a legjobb módja annak, hogy adapterszekvenciákat csatoljunk a cDNS széleihez amplifikáció és szekvenálás céljából [13] .

A poli(A)-átiratok könyvtárának létrehozása

A poliadenilált RNS szekvenálása széles körben alkalmazható az RNS szekvenálásában . Az eukariótákban a legtöbb fehérjét kódoló RNS ( mRNS ) és hosszú, nem kódoló RNS (200 bázispárnál (bp) hosszabb RNS ) poli-(A)-farkat tartalmaz. A poli-(A)-farok jelenléte technikailag egyszerűvé teszi a teljes RNS előállítását poli-(A)-tartalmú RNS-sel (a teljes sejt-RNS 1-5%-a). A poli-A-t tartalmazó RNS-ek szelekciója történhet oligo-dT régiókat tartalmazó primerekkel bevont mágneses vagy cellulózgyöngyökkel [13] . A "The Protocol Online" [14] weboldalon számos, az mRNS izolálással kapcsolatos protokoll található.

A riboszómális RNS eltávolítása

A nem poliadenilált RNS-eket, például a prokarióta mRNS-t, a formalinhoz rögzített mRNS-fragmenseket és az eukarióta poli(A)-farokmentes transzkriptumokat gyakran tanulmányozzák. Az ilyen RNS-ek szekvenálásának legnagyobb nehézségét az jelenti, hogy a teljes RNS-t meg kell tisztítani a mintában túlsúlyban lévő riboszomális RNS -től (rRNS) (például aktívan osztódó emlőssejtekben a teljes RNS-ből származó rRNS mennyisége elérheti a 80%-ot is) . 15] ) [13] . Számos módja van az rRNS eltávolításának:

  1. Az első megközelítés szekvencia-specifikus próbákon alapul, amelyek rRNS -hez hibridizálhatók . A nem kívánt rRNS-eket vagy cDNS-eiket biotinilált DNS -sel vagy „zárt” nukleinsavakat tartalmazó próbákkal ( pl.  zárt nukleinsav, LNA ) hibridizálják, majd sztreptavidin gyöngyökön tisztítják. Egy másik módszerben ( próba irányított degradáció (PDD )  [16] ) az rRNS-eket antiszensz oligo-DNS primerekkel jelölik , és RNáz H -val dolgozzák fel. A harmadik módszerben az rRNS-ből és más RNS-ekből is nyert összes cDNS cirkuláris molekula, és majd rRNS-t tartalmazó mintákkal hibridizáljuk.A hibridizált szekvenciákat egy duplex-specifikus nukleázzal ( angol duplex-specific nuclease, DSN ) végzett utólagos kezeléssel hasítják , amely a kétszálú DNS-re specifikus.Az utóbbi módszernek vannak korlátai, mivel szükséges nagy mennyiségű RNS [17] . 
  2. Az rRNS-től való megszabadulás egy másik megközelítése specifikus NSR primerek (pl . non  -so-random (NSR) primerek ) használatán alapul, amelyek csak a kérdéses RNS-molekulákhoz kötődnek a reverz transzkripció során , hogy cDNS-t kapjanak. Ez a NuGEN Ovation néven forgalmazott módszer olyan hexamer vagy heptamer primereket használ, amelyek szekvenciája nincs jelen az rRNS-ben. Ennek a módszernek az egyik legszembetűnőbb előnye az NSR primerek jó teljesítménye részben degradált RNS-en, valamint mennyiségileg kis mintákon. Nagyon gyakran ezt a megközelítést alkalmazzák a prokarióta transzkriptomok vizsgálatában, mivel a poli-(A)-tartalmú RNS-könyvtár létrehozása ebben az esetben lehetetlen az RNS-poliadeniláció hiánya miatt a prokariótákban [13] .
  3. A harmadik csoportba azok a módszerek tartoznak, amelyek az rRNS bizonyos jellemzőit használják fel annak későbbi eltávolítására. Így az első módszer, amelyet CoT hibridizációként ismernek, termikus denaturáción, annealizáción és szelektív lebontáson alapul, duplex-specifikus nukleáz segítségével. A mintában elterjedt RNS-sel előállított kettős szálú cDNS-ek szelektíven lebomlanak a gyorsabb annealing kinetika miatt, mint más RNS-ekhez képest, ami sokkal kevesebb a mintában. A második módszer a TEX enzim [18] (terminátor 5'-foszfát exonukleáz) alkalmazásán alapul , amely felismeri az 5' - végén foszfátot tartalmazó RNS-molekulákat , mint az rRNS-ét és a tRNS -ét [19] . 
Töredezettség

A poli-(A)-transzkriptumok könyvtárának létrehozására vagy az rRNS eltávolítására szolgáló eljárás után az RNS-mintákat fragmentálják (általában minden RNS-mintát azonos méretűre készítenek a reverz transzkripció előtt). Ez részben a szekvenáló platformok korlátozott képességeinek köszönhető. Például az Illumina lehetővé teszi akár 1500 bp méretű minták sorrendjét. Alternatív megoldásként nem fragmentálhatja az RNS-t, hanem először cDNS-t készít belőle, majd fragmentálja a már kapott cDNS-t [13] .

Adapterek és áramkör-útválasztás

Az RNS-szekvenáláshoz szükséges könyvtárak létrehozására szolgáló standard protokollokban a DNS-adaptereket a kívánt méretű cDNS -hez ligálják az amplifikáció és a szekvenálás előtt. Egyszerűsége ellenére ez a megközelítés elveszíti az információt arról, hogy a DNS-szálak közül melyik felel meg az RNS szenzorszálának. Ez különösen kritikus az antiszensz és új típusú RNS felkutatására és azonosítására irányuló kutatásokban. Ezzel kapcsolatban számos módszert fejlesztettek ki, amelyek lehetővé teszik az RNS-molekulák láncának irányának feltárását a megfelelő cDNS-könyvtárban [13] .

  1. Az első megközelítés abból áll, hogy különböző adaptereket közvetlenül az RNS 5'-végéhez és 3'-végéhez kapcsolunk. Ezt a módszert eredetileg miRNS szekvenálásra hozták létre . Először a foszfátcsoportot eltávolítják a fragmentált RNS-ből a 3'-végről, és éppen ellenkezőleg, hozzáadják az 5'-véghez. Ezt az eljárást követi az 5'-adenilált 3'-adapter szekvenciális ligálása T4 RNS-ligáz-II-vel és az 5'-adapter csatlakoztatása T4 RNS-ligáz-I-vel. A reverz transzkripciós eljárás végrehajtása során az információ arról, hogy melyik cDNS-lánc felel meg az eredeti RNS-szekvencia megmarad) [20] .
  2. A második megközelítés a dUTP beépítésén alapul a második cDNS-szálba. A jelölt szál közvetlenül az amplifikáció előtt lebontható uracil-DNS glikozilázzal  , amely enzim hasítja le az uracilt a dUTP-t tartalmazó DNS-ről. Úgy gondolják, hogy ez a módszer a leghatékonyabb az összes közül [13] .
  3. A harmadik megközelítés több módszert tartalmaz. Az egyikben a templátot egy címkét tartalmazó random hexamer primer (rövid, legfeljebb 20 bp, egyedi szekvencia) annealizálása után pótolják [21] . Egy másik módszerben ( légzésadapter irányított szekvencia, BrAD-seq ) a DNS -  szálak ideiglenes elválasztásakor egy címkével ellátott szekvenciát vezetnek be [22] .
Amplifikáció és molekuláris jelölés

A cDNS szekvenálása előtt PCR -rel amplifikálni kell . A molekuláris markerek közvetlenül a PCR előtt injektálhatók. Ez az eljárás különösen akkor releváns, ha kezdetben kevés RNS van a mintában, mint például az egysejtű RNS szekvenálásnál [13] .

RNS szekvenálás speciális célokra

Génexpressziós profilozás mérése címke alapú módszerekkel

A DGE szekvenálás (az angol  digitális génexpresszióból ), vagy a Tag-seq egy mély szekvenálási módszer, amely a SAGE -ből származik (az angol  Serial Analysis of Gene Expression szóból ). Akárcsak a SAGE esetében, az eljárás magában foglalja a poli-A farok mögötti mRNS-t oligo-dT primerekkel bevont gyöngyökhöz kapcsolva; az első és második cDNS-szál szintézise gyöngyökön; a kettős szálú cDNS hasítása gyakran hasadó restrikciós endonukleázzal . A fennmaradó 3'-vég, amely a gyöngyökhöz van rögzítve, az 5'-végen található adapteréhez van kötve. Az adapternek van egy felismerési helye egy specifikus restrikciós endonukleáz TE számára (az angol  tagging enzimből ). A TE hasítja a cDNS-t, hogy egy 21 bp-os rövid címkét képezzen, amelyet azután a 3' végén lévő következő adapterhez ligálnak. A cDNS-t PCR-rel amplifikáljuk és szekvenáljuk. Mivel a teljes transzkriptumnak csak a rövid címkéjét szekvenálják, a DGE szekvenálás gazdaságosabb megoldás, mint a standard RNS szekvenálás. A DGE szekvenálás megőrzi az információt arról, hogy a cDNS szálak közül melyik felel meg az eredeti RNS-nek. Szintén ezt a módszert széles körben alkalmazzák, ha egy organizmus teljes hosszúságú genomja vagy transzkriptomája nem áll rendelkezésre a szekvenálás során kapott leolvasásokkal való teljes hosszúságú igazításhoz [13] [23] .

A 3'-végi szekvenálás számos módszert foglal magában, amelyek többségét kifejezetten az alternatív splicing és poliadenilációs helyek keresésére tervezték eukariótákban [13] .

Közvetlen RNS szekvenálás

Mivel az RNS reverz transzkriptázzal történő reverz transzkripciója nagyszámú hibát és műterméket ad, amelyek megzavarhatják a transzkriptumok megfelelő kvalitatív és kvantitatív elemzését [24] , a Helicos megkezdte a monomolekuláris közvetlen RNS-szekvenálás ( DRSTM ) technológiájának fejlesztését .  Ez a módszer magában foglalja az RNS szekvenálását masszívan párhuzamos módon, cDNS generálás, ligálás, amplifikáció és egyéb eljárások nélkül, amelyek megváltoztathatják a mintát [25] .

Problémák

Az RNA-seq technológia fő problémája, hogy kezdetben nem ismert, hogy melyik transzkriptum felel meg az olvasott fragmentumnak. Különösen nehéz ezt a problémát megoldani magasabb rendű eukarióták transzkriptumának tanulmányozása esetén, gyakori alternatív splicinggel és nagyszámú paralóg jelenlétével a genomban . Kétféle megközelítés létezik a leolvasott fragmentumok transzkriptumainak rekonstruálására: az egyes leolvasott fragmentumok genom - térképezése [26] vagy a de novo transzkriptumszerkezet-rekonstrukció , amelyet a teljes hosszúságú transzkriptum-leképezés követ a genomra [27] .

Alkalmazás

Génexpressziós profilozás

Az RNS-szekvenálás válik a fő módszerré annak meghatározására, hogy mely gének és milyen szinten expresszálódnak egy sejtben. Az RNS-szekvenálás segítségével meghatározható a génexpresszió különbsége egy szervezet különböző fejlődési szakaszaiban [28] vagy különböző szövetekben [29] . Kidolgoztak például egy módszert RNS-transzkript szekvenciák in situ lokalizálására fluoreszcens szekvenálás segítségével ( Fluorescent in  situ Sequencing, FISSEQ ), amely lehetővé teszi a sejt fenotípusának tanulmányozását és a génaktivitás szabályozását közvetlenül egy biológiai mintában (on szövetmetszetek) [30] [30] . Meghatározható az is, hogy a betegségek és a rák kialakulása során mely gének transzkripciója változik [31] . Az új generációs szekvenálási módszerek költségének csökkenésével összefüggésben lehetővé vált a génexpresszió bármely személyben történő meghatározása a betegségek diagnosztizálására. Az RNS-szekvenálás mellett a génexpresszió cap-analízisét is széles körben használják a génexpressziós profil mérésére [32] .

Alternatív splicing helyek meghatározása és egyetlen nukleotid polimorfizmusok azonosítása

Az RNS-szekvenálás a legkényelmesebb módja az alternatív splicing helyeinek , valamint a transzkriptum különböző alternatív formáinak mennyiségi arányának meghatározására [33] [34] . Más módszerek nem teszik lehetővé az alternatív splicing helyek feltérképezését a genomban. A génexpresszió meghatározása mellett a transzkriptumok alternatív formáinak arányának meghatározása is elvégezhető a szervezet különböző fejlődési szakaszaiban vagy különböző szövetekben.

Az RNS-szekvenálás lehetővé teszi az egy nukleotidban eltérő transzkriptumok megkülönböztetését, így mind a génekben kifejeződő egynukleotidos polimorfizmusok azonosítására, mind az RNS-szerkesztési folyamat tanulmányozására használható [35] [36] .

Az RNS-szerkesztés tanulmányozása

Az RNS-szerkesztés egy RNS-molekulában lévő ribonukleotidok poszt- vagy ko-transzkripciós módosításának folyamata . A legtöbb esetben az RNS-szerkesztés az adenozin inozinnal való helyettesítését eredményezi [36] ; Ezeket a változásokat az ADAR család fehérjéi katalizálják . Ezt követően az inozint a sejtrendszer (például a riboszóma) guanozinként ismeri fel , ami különbségekhez vezet a genomban kódolt információ és annak értelmezése között [37] .

Az elvégzett változások kimutatásának fő módszere a genomiális DNS és a megfelelő RNS-régiók nukleotidszekvenciájának összehasonlítása [38] .

Az RNS-szerkesztő helyek kimutatásának fontos előrejelzője az evolúciósan konzervált nukleotidszekvenciák jelenléte a szerkesztőhely környezetében [39] .

A tömeges párhuzamos szekvenálási módszerek fejlesztésében elért jelentős előrelépés miatt technikailag lehetővé vált a vizsgált szervezet teljes transzkriptumának szekvenálása az RNS-szerkesztéssel kapcsolatos események azonosítása érdekében. A genetikai diverzitás miatt azonban az RNS-szekvencia és a referenciagenom közötti bizonyos pozíciókban lévő különbségek jelenléte nem jelenti egy szerkesztőhely jelenlétét ezen a helyen, mivel az RNS-szerkesztő helyek azonosítása magában foglalja mindkét genomiális szekvenálást. Ugyanabból a szervezetből izolált DNS és cDNS. Figyelembe kell venni azt is, hogy az RNS-szerkesztés szintjei eltérőek a különböző testszövetekben [40] .

Az RNS-szerkesztő helyek azonosítási eljárásának egyszerűsítése érdekében olyan szoftvercsomagok fejlesztésére tesznek kísérletet, amelyek csak transzkriptomikus adatokat használnak, és nem igényelnek genomikus DNS-szekvenálást. Egy lehetséges megoldás a GIREMI [41] ( Genome-independent Identification of RNA Editing by Mutual Information ) szoftver ,  amely képes az RNS-szerkesztő helyek kimutatására csak transzkript szekvenciák felhasználásával [42] .

A rákos transzkriptomok RNS-szekvenálása

Az RNS-szekvenálást jelenleg széles körben használják a rákos sejt transzkriptom jellemzőinek tanulmányozására , beleértve a kiméra transzkriptumok [43] és a rákos sejtekre specifikus alternatív splicing termékek [44] megjelenését .

Hibrid gének kimutatása

A génhibridizáció a genom különböző szerkezeti módosulásainak köszönhető, és összefüggésbe hozható a rákkal [45] . Az a képesség, hogy egy minta teljes transzkriptumát RNS-szekvenálás segítségével elemezhetjük, vonzóvá teszi ezt a módszert a rákos sejt transzformáció során bekövetkező ilyen gyakori transzformációk keresésére [43] .

ENCODE és modENCODE

Az RNS-szekvenálás az egyik fő kutatási módszer az ENCODE és modENCODE projektek keretében, amelyek célja az emberi genom elemeinek [46] és a molekuláris biológia fő modellobjektumainak [47] [48] adatbázisának létrehozása .

Jegyzetek

  1. ↑ Haas Brian J , Zody Michael C. Advancing RNA-Seq analysis  //  Nature Biotechnology. - 2010. - május ( 28. évf. , 5. sz.). - P. 421-423 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt0510-421 .
  2. ↑ Marioni JC , Mason CE , Mane SM , Stephens M. , Gilad Y. RNA-seq: Technikai reprodukálhatóság értékelése és összehasonlítása génexpressziós tömbökkel  //  Genome Research. - 2008. - július 30. ( 18. évf. , 9. sz.). - P. 1509-1517 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.079558.108 .
  3. ↑ Nookaew Intawat , Papini Marta , Pornputtapong Natapol , Scalcinati Gionata , Fagerberg Linn , Uhlén Matthias , Nielsen Jens. Az RNS-Seq-alapú transzkriptomaanalízis átfogó összehasonlítása a leolvasástól a differenciális génexpresszióig és a mikromátrixokkal való kereszt-összehasonlításig: esettanulmány a Saccharomyces cerevisiae-ben  //  Nucleic Acids Research. - 2012. - szeptember 8. ( 40. évf. , 20. sz.). - P. 10084-10097 . — ISSN 1362-4962 . - doi : 10.1093/nar/gks804 .
  4. ↑ Li Dong , Tian Lifeng , Hakonarson Hakon. Diagnosztikai eredmény növelése RNS-szekvenálás segítségével ritka betegségekben – az intronikus vagy splice-módosító variánsok értelmezésének akadályainak megkerülése  //  Annals of Translational Medicine. - 2018. - április ( 6. évf . 7. sz .). - 126-126 . o . — ISSN 2305-5839 . - doi : 10.21037/atm.2018.01.14 .
  5. ↑ Shalek Alex K. , Benson Mikael. Egysejtű elemzések a kezelések testreszabásához  (angol)  // Science Translational Medicine. - 2017. - szeptember 20. ( 9. évf. , 408. sz.). -P.eaan4730 . _ — ISSN 1946-6234 . - doi : 10.1126/scitranslmed.aan4730 .
  6. ↑ Margulies Marcel , Egholm Michael , Altman William E. , Attiya Said , Bader Joel S. , Bemben Lisa A. , Berka Jan , Braverman Michael S. , Chen Yi-Ju , Chen Zhoutao , Dewell Scott B. , Du Lei , Fierro Joseph M. , Gomes Xavier V. , Godwin Brian C. , He Wen , Helgesen Scott , Ho Chun He , Irzyk Gerard P. , Jando Szilveszter C. , Alenquer Maria LI , Jarvie Thomas P. , Jirage Kshama B. , Kim Jong - Bum , Knight James R. , Lanza Janna R. , Leamon John H. , Lefkowitz Steven M. , Lei Ming , Li Jing , Lohman Kenton L. , Lu Hong , Makhijani Vinod B. , McDade Keith E. , McKenna Michael P. . , Myers Eugene W. , Nickerson Elizabeth , Nobile John R. , Plant Ramona , Puc Bernard P. , Ronan Michael T. , Roth George T. , Sarkis Gary J. , Simons Jan Fredrik , Simpson John W. , Srinivasan Maithreyan , Tartaro Karrie R. , Tomasz Alexander , Vogt Kari A. , Volkmer Greg A. , Wang Shally H. , Wang Yong , Weiner Michael P. , Yu Pengguang , Begley Richard F. , Rothberg Jonathan M. Genomszekvenálás mikroszövetben nagy sűrűségű pikoliteres reaktorok   // Nature . - 2005. - július 31. ( 437. köt. , 7057. sz.). - P. 376-380 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature03959 .
  7. ↑ Bennett Simon T , Barnes Colin , Cox Anthony , Davies Lisa , Brown Clive. Az 1000 dolláros emberi genom felé   // Farmakogenomika . - 2005. - július ( 6. köt. , 4. sz.). - P. 373-382 . — ISSN 1462-2416 . - doi : 10.1517/14622416.6.4.373 .
  8. ↑ Nagalakshmi U. , Wang Z. , Waern K. , Shou C. , Raha D. , Gerstein M. , Snyder M. The Transcriptional Landscape of the Yeast Genome Defined by RNA Sequencing   // Science . - 2008. - június 6. ( 320. köt. , 5881. sz.). - P. 1344-1349 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1158441 .
  9. ↑ Lister Ryan , O'Malley Ronan C. , Tonti-Filippini Julian , Gregory Brian D. , Berry Charles C. , Millar A. Harvey , Ecker Joseph R. Az Arabidopsis epigenomjának magasan integrált egybázisú felbontású térképei  .)  / / Sejt. - 2008. - május ( 133. évf. , 3. sz.). - P. 523-536 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2008.03.029 .
  10. ↑ Mortazavi Ali , Williams Brian A , McCue Kenneth , Schaeffer Lorian , Wold Barbara. Emlős transzkriptomok feltérképezése és mennyiségi meghatározása RNA-Seq segítségével  //  Nature Methods. - 2008. - május 30. ( 5. köt. , 7. sz.). - P. 621-628 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.1226 .
  11. ↑ Metzker Michael L. Szekvenálási technológiák – a következő generáció  //  Nature Reviews Genetics. - 2009. - december 8. ( 11. évf. , 1. sz.). - P. 31-46 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg2626 .
  12. ↑ Oliver Smith, Glenn Dunshea, Mikkel-Holger S. Sinding, Sergey Fedorov, Mietje Germonpre, Hervé Bocherens, MTP Gilbert . A késő pleisztocén permafrostból és a történelmi canidokból származó ősi RNS szövetspecifikus transzkriptom túlélést mutat. Archiválva : 2019. augusztus 3., a Wayback Machine , 2019. július 30.
  13. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Hrdlickova Radmila , Toloue Masoud , Tian Bin. RNA-Seq módszerek transzkriptomanalízishez  //  Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. - 2016. - május 19. ( 8. évf . 1. sz .). —P.e1364 . _ — ISSN 1757-7004 . - doi : 10.1002/wrna.1364 .
  14. ↑ Kivonás/mRNS izolálási protokollok . www.protocol-online.org . Letöltve: 2019. május 6. Az eredetiből archiválva : 2015. szeptember 24.
  15. ↑ Uzman A. Molecular Cell Biology (4. kiadás) Harvey Lodish, Arnold Berk, S. Lawrence Zipursky, Paul Matsudaira, David Baltimore és James Darnell; Freeman & Co., New York, NY, 2000, 1084 oldal, listaár 102,25 USD, ISBN 0-7167-3136-3  //  Biokémia és molekuláris biológia oktatás. - 2001. - Vol. 29 , sz. 3 . - 126-128 . o . — ISSN 1470-8175 . - doi : 10.1016/S1470-8175(01)00023-6 .
  16. ↑ Íjász Stuart K. , Shirokikh Nikolay E. , Preiss Thomas. Probe-Directed Degradation (PDD) a nem kívánt cDNS-szekvenciák rugalmas eltávolítására az RNS-Seq könyvtárakból  //  Current Protocols in Human Genetics. - 2015. - április 1. - P. 11.15.1-11.15.36 . — ISBN 9780471142904 . - doi : 10.1002/0471142905.hg1115s85 .
  17. ↑ Íjász Stuart K , Shirokikh Nikolay E , Preiss Thomas. Problémás szekvenciák szelektív és rugalmas kiürítése az RNS-seq könyvtárakból a cDNS szakaszban  //  BMC Genomics. - 2014. - Kt. 15 , sz. 1 . — 401. o . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-401 .
  18. ↑ TEX enzim . Letöltve: 2019. május 3. Az eredetiből archiválva : 2019. május 3.
  19. ↑ Sharma Cynthia M. , Hoffmann Steve , Darfeuille Fabien , Reignier Jérémy , Findeiß Sven , Sittka Alexandra , Chabas Sandrine , Reiche Kristin , Hackermüller Jörg , Reinhardt Richard , Stadler Peter F. , Vogel Jörg . A fő humán kórokozó, a Helicobacter pylori elsődleges transzkriptuma   // Természet . - 2010. - február 17. ( 464. évf. , 7286. sz.). - P. 250-255 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08756 .
  20. ↑ Hafner Markus , Landgraf Pablo , Ludwig Janos , Rice Amanda , Ojo Tolulope , Lin Carolina , Holoch Daniel , Lim Cindy , Tuschl Thomas. MikroRNS-ek és más kis szabályozó RNS-ek azonosítása cDNS-könyvtár szekvenálás segítségével   // Módszerek . - 2008. - január ( 44. évf. , 1. sz.). - P. 3-12 . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2007.09.009 .
  21. ↑ Langevin Stanley A. , Bent Zachary W. , Solberg Owen D. , Curtis Deanna J. , Lane Pamela D. , Williams Kelly P. , Schoeniger Joseph S. , Sinha Anupama , Lane Todd W. , Branda Steven S. Peregrine  angol)  // RNA Biology. - 2013. - április ( 10. évf. , 4. sz.). - P. 502-515 . — ISSN 1547-6286 . - doi : 10.4161/rna.24284 .
  22. ↑ Townsley Brad T. , Covington Michael F. , Ichihashi Yasunori , Zumstein Kristina , Sinha Neelima R. BrAD-seq: Breath Adapter Directional szekvenálás: áramvonalas , ultra-egyszerű és gyors könyvtár-előkészítési protokoll szálspecifikus mRNS-könyvtár felépítéséhez   // A növénytudomány határai. - 2015. - május 22. ( 6. köt. ). — ISSN 1664-462X . - doi : 10.3389/fpls.2015.00366 .
  23. ↑ Chen En-Qiang , Bai Lang , Gong Dao-Yin , Tang Hong. Digitális génexpressziós profilalkotás alkalmazása a fulmináns májelégtelenség lehetséges patogén és terápiás célpontjainak azonosítására  //  Journal of Translational Medicine. - 2015. - Kt. 13 , sz. 1 . — 22. o . — ISSN 1479-5876 . - doi : 10.1186/s12967-015-0380-9 .
  24. ↑ Liu Donglin , Graber JoelH. [1]  (angol)  // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 7 , sz. 1 . - 77. o . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-7-77 .
  25. ↑ Ozsolak Fatih , Platt Adam R. , Jones Dan R. , Reifenberger Jeffrey G. , Sass Lauryn E. , McInerney Peter , Thompson John F. , Bowers Jayson , Jarosz Mirna , Milos Patrice M.  Közvetlen szekvenálásRNS  - 2009. - szeptember 23. ( 461. évf. , 7265. sz.). - P. 814-818 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08390 .
  26. ↑ Trapnell Cole , Williams Brian A , Pertea Geo , Mortazavi Ali , Kwan Gordon , van Baren Marijke J , Salzberg Steven L , Wold Barbara J , Pachter Lior. Az RNA-Seq transzkriptum-összeállítása és mennyiségi meghatározása annotált transzkriptumokat és izoformaváltást tár fel a sejtdifferenciálódás során  //  Nature Biotechnology. - 2010. - május ( 28. évf. , 5. sz.). - P. 511-515 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.1621 .
  27. ↑ Birol I. , Jackman SD , Nielsen CB , Qian JQ , Varhol R. , Stazyk G. , Morin RD , Zhao Y. , Hirst M. , Schein JE , Horsman DE , Connors JM , Gascoyne RD , Marra MA Jones SJM De novo transzkriptom összeállítás ABySS-szel  //  Bioinformatika. - 2009. - június 15. ( 25. évf. , 21. sz.). - P. 2872-2877 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatika/btp367 .
  28. ↑ Graveley Brenton R. , Brooks Angela N. , Carlson Joseph W. , Duff Michael O. , Landolin Jane M. , Yang Li , Artieri Carlo G. , van Baren Marijke J. , Boley Nathan , Booth Benjamin W. , Brown James B. , Cherbas Lucy , Davis Carrie A. , Dobin Alex , Li Renhua , Lin Wei , Malone John H. , Mattiuzzo Nicolas R. , Miller David , Sturgill David , Tuch Brian B. , Zaleski Chris , Zhang Dayu , Blanchette Marco , Dudoit Sandrine , Eads Brian , Green Richard E. , Hammonds Ann , Jiang Lichun , Kapranov Phil , Langton Laura , Perrimon Norbert , Sandler Jeremy E. , Wan Kenneth H. , Willingham Aarron , Zhang Yu , Zou Yi , Andrews Justen J. , Brenner Steven E. , Brent Michael R. , Cherbas Peter , Gingeras Thomas R. , Hoskins Roger A. , ​​Kaufman Thomas C. , Oliver Brian , Celniker Susan E.  A //Drosophila melanogaster fejlődési átirata  - 2010. - december 22. ( 471. évf. , 7339. sz.). - P. 473-479 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature09715 .
  29. ↑ Xie Linglin , Weichel Brent , Ohm Joyce , Zhang Ke. A DNS-metiláció és az RNS-Seq adatok integráló elemzése az emberi szívre, vesére és májra  //  BMC Systems Biology. - 2011. - 20. évf. 5 , sz. Suppli 3 . – P.S4 . — ISSN 1752-0509 . - doi : 10.1186/1752-0509-5-S3-S4 .
  30. ↑ 1 2 Lee JH , Daugharthy ER , Scheiman J. , Kalhor R. , Yang JL , Ferrante TC , Terry R. , Jeanty SSF , Li C. , Amamoto R. , Peters DT , Turczyk BM , Marblestone AH , Inverso SA , Bernard A. , Mali P. , Rios X. , Aach J. , Church GM Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ   // Science . - 2014. - február 27. ( 343. évf. , 6177. sz.). - P. 1360-1363 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1250212 .
  31. ↑ Jakhesara Subhash J. , Koringa Prakash G. , Bhatt Vaibhav D. , Shah Tejas M. , Vangipuram Shankar , Shah Siddharth , Joshi Chaitanya G. Az RNA-Seq differenciálisan kifejezett izoformákat és új splice variánsokat tár fel a bukkális nyálkahártyarákban   . - 2013. - március ( 516. évf . , 1. sz.). - P. 24-32 . — ISSN 0378-1119 . - doi : 10.1016/j.gene.2012.11.079 .
  32. ↑ Adiconis Xian , Haber Adam L. , Simmons Sean K. , Levy Moonshine Ami , Ji Zhe , Busby Michele A. , Shi Xi , Jacques Justin , Lancaster Madeline A. , Pan Jen Q. , Regev Aviv , Levin Joshua Z. Átfogó 5'-végi RNS-szekvenálási módszerek összehasonlító elemzése  //  Nature Methods. - 2018. - június 4. ( 15. évf. , 7. sz.). - P. 505-511 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/s41592-018-0014-2 .
  33. ↑ Wang Weichen , Qin Zhiyi , Feng Zhixing , Wang Xi , Zhang Xuegong. A differenciálisan összeillesztett gének azonosítása RNS-seq minták két csoportjából   // Gene . - 2013. - április ( 518. évf . , 1. sz.). - 164-170 . o . — ISSN 0378-1119 . - doi : 10.1016/j.gene.2012.11.045 .
  34. ↑ Liu Qi , Chen Chong , Shen Enjian , Zhao Fangqing , Sun Zhongsheng , Wu Jinyu. Alternatív splicing észlelése, megjegyzése és megjelenítése RNA-Seq adatokból a SplicingViewer segítségével   // Genomics . - 2012. - március ( 99. évf. , 3. sz.). - P. 178-182 . — ISSN 0888-7543 . - doi : 10.1016/j.ygeno.2011.12.003 .
  35. ↑ Park E. , Williams B. , Wold BJ , Mortazavi A. RNA editing in the human ENCODE RNA-seq data  //  Genome Research. - 2012. - szeptember 1. ( 22. évf. , 9. sz.). - P. 1626-1633 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.134957.111 .
  36. ↑ 1 2 Peng Zhiyu , Cheng Yanbing , Tan Bertrand Chin-Ming , Kang Lin , Tian Zhijian , Zhu Yuankun , Zhang Wenwei , Liang Yu , Hu Xueda , Tan Wuemei , Guo Jing , Dong Zirui , Baang Lian . Az RNA-Seq adatok átfogó elemzése kiterjedt RNS-szerkesztést tár fel egy emberi transzkriptomban  //  Nature Biotechnology. - 2012. - február 12. ( 30. évf. , 3. sz.). - P. 253-260 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.2122 .
  37. ↑ Pullirsch Dieter , Jantsch Michael F. Proteomdiverzifikáció adenozinból inozin RNS-szerkesztéssel  //  RNA Biology. - 2010. - március ( 7. évf . 2. sz .). - P. 205-212 . — ISSN 1547-6286 . doi : 10.4161 / rna.7.2.11286 .
  38. ↑ Bahn JH , Lee J.-H. , Li G. , Greer C. , Peng G. , Xiao X. Az A-to-I RNS szerkesztés pontos azonosítása emberben transzkriptom szekvenálás segítségével  //  Genome Research. - 2011. - szeptember 29. ( 22. évf. , 1. sz.). - P. 142-150 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.124107.111 .
  39. ↑ Clutterbuck DR , Leroy A. , O'Connell MA , Semple CAM Egy bioinformatikai képernyő új mesterséges intelligencia RNS-szerkesztő oldalakhoz a BC10 újrakódolási szerkesztését mutatja be   // Bioinformatics . - 2005. - március 29. ( 21. évf. , 11. sz.). - P. 2590-2595 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatika/bti411 .
  40. ↑ Eisenberg Eli , Li Jin Billy , Levanon Erez Y. RNA editing sites szekvencia alapú azonosítása  //  RNA Biology. - 2010. - március ( 7. évf . 2. sz .). - P. 248-252 . — ISSN 1547-6286 . doi : 10.4161 / rna.7.2.11565 .
  41. ↑ GIREMI program . Letöltve: 2015. április 30. Az eredetiből archiválva : 2016. március 4..
  42. ↑ Zhang Qing , Xiao Xinshu. Az RNS-szerkesztő helyek genomszekvencia-független azonosítása  //  Nature Methods. - 2015. - március 2. ( 12. évf. , 4. sz.). - P. 347-350 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.3314 .
  43. A _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _  // Természet. - 2009. - január 11. ( 458. köt. , 7234. sz.). - 97-101 . o . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature07638 .
  44. ↑ Feng Huijuan , Qin Zhiyi , Zhang Xuegong. Lehetőségek és módszerek a rák alternatív splicingjének tanulmányozására RNA-Seq-vel  //  Cancer Letters. - 2013. - november ( 340. évf. , 2. sz.). - P. 179-191 . — ISSN 0304-3835 . - doi : 10.1016/j.canlet.2012.11.010 .
  45. ↑ Teixeira Manuel R. Ismétlődő fúziós onkogének a karcinómákban  //  Critical Reviews™ in Oncogenesis. - 2006. - Vol. 12 , sz. 3-4 . - P. 257-271 . — ISSN 0893-9675 . - doi : 10.1615/CritRevOncog.v12.i3-4.40 .
  46. ↑ Az ENCODE Projekt Konzorcium. Az emberi genom DNS-elemeinek integrált enciklopédiája   // Természet . - 2012. - szeptember ( 489. évf. , 7414. sz.). - 57-74 . o . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/természet11247 .
  47. ↑ Gerstein MB , Lu ZJ , Van Nostrand EL , Cheng C. , Arshinoff BI , Liu T. , Yip KY , Robilotto R. , Rechtsteiner A. , ​​Ikegami K. , Alves P. , Chateigner A. , ​​Perry M. , Morris M. , Auerbach RK , Feng X. , Leng J. , Vielle A. , Niu W. , Rhrissorrakrai K. , Agarwal A. , Alexander RP , Barber G. , Brdlik CM , Brennan J. , Brouillet JJ , Carr A. , Cheung M.-S. , Clawson H. , Contrino S. , Dannenberg LO , Dernburg AF , Desai A. , Dick L. , Dose AC , Du J. , Egelhofer T. , Ercan S. , Euskirchen G. , Ewing B. , Feingold EA , Gassmann R. , Good PJ , Green P. , Gullier F. , Gutwein M. , Guyer MS , Habegger L. , Han T. , Henikoff JG , Henz SR , Hinrichs A. , Holster H. , Hyman T. , Iniguez AL , Janette J. , Jensen M. , Kato M. , Kent WJ , Kephart E. , Khivansara V. , Khurana E. , Kim JK , Kolasinska-Zwierz P. , Lai EC , Latorre I. , Leahey A. , Lewis S. , Lloyd P. , Lochovsky L. , Lowdon RF , Lubling Y. , Lyne R. , MacCoss M. , Mackowiak SD , Mangone M. , McKay S. , Mecenas D. , Merrihew G. , Miller DM , Muroyama A. . , Murray JI , Ooi S.-L. , Pham H. , Phippen T. , Preston EA , Rajewsky N. , Ratsch G. , Rosenbaum H. , Rozowsky J. , Rutherford K. , Ruzanov P. , Sarov M. , Sasidharan R. , Sboner A. , ​​Scheid P. . , Segal E. , Shin H. , Shou C. , Slack FJ , Slightam C. , Smith R. , Spencer WC , Stinson EO , Taing S. , Takasaki T. , Vafeados D. , Voronina K. , Wang G. , Washington NL , Whittle CM , Wu B. , Yan K.-K. , Zeller G. , Zha Z. , Zhong M. , Zhou X. , Ahringer J. , Strome S. , Gunsalus KC , Micklem G. , Liu XS , Reinke V. , Kim SK , Hillier LW , Henikoff S. , Piano F. , Snyder M. , Stein L. , Lieb JD , Waterston RH , modeENCODE konzorcium. A Caenorhabditis elegans genom integrált elemzése a modENCODE projekt által   // Tudomány . - 2010. - december 22. ( 330. évf. , 6012. sz.). - P. 1775-1787 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1196914 .
  48. ↑ The modeENCODE Consortium , Roy S. , Ernst J. , Kharchenko PV , Kheradpour P. , Negre N. , Eaton ML , Landolin JM , Bristow CA , Ma L. , Lin MF , Washietl S. , Arshinoff F. BI , Ay , Meyer PE , Robine N. , Washington NL , Di Stefano L. , Berezikov E. , Brown CD , Candeias R. , Carlson JW , Carr A. , Jungreis I. , Marbach D. , Sealfon R. , Tolstorokov MY , Will S. , Alekseyenko AA , Artieri C. , Booth BW , Brooks AN , Dai Q. , ​​Davis CA , Duff MO , Feng X. , Gorchakov AA , Gu T. , Henikoff JG , Kapranov P. , Li R. , MacAlpine HK , Malone J. , Minoda A. , Nordman J. , Okamura K. , Perry M. , Powell SK , Riddle NC , Sakai A. , Samsonova A. , Sandler JE , Schwartz YB , Sher N. , Spokony R. , Sturgill D. , van Baren M. , Wan KH , Yang L. , Yu C. , Feingold E. , Good P. , Guyer M. , Lowdon R. , Ahmad K. , Andrews J. , Berger B. , Brenner SE , Brent MR , Cherbas L. , Elgin SCR , Gingeras TR , Grossman R. , Hoskins RA , Kaufman TC , Kent W. , Kuroda MI , Orr-Weaver T. , Perrimon N. , Pirrotta V. , Posakony JW , Ren B. , Russell S. , Cherbas P. , Graveley BR , Lewis S. , Micklem G. , Oliver B. , Park PJ , Celniker SE , Henikoff S. , Karpen GH , Lai EC , MacAlpine DM , Stein LD , White KP , Kellis M. , Acevedo D. , Auburn R. , Barber G. , Bellen HJ , Bishop EP , Bryson TD , Chateigner A. , ​​Chen J. , Clawson H. , Comstock CLG , Contrino S . , DeNapoli LC , Ding Q. , Dobin A. , Domanus MH , Drenkow J. , Dudoit S. , Dumais J. , Eng T. , Fagegaltier D. , Gadel SE , Ghosh S. , Guillier F. , Hanley D. , Hannon GJ , Hansen KD , Heinz E. , Hinrichs AS , Hirst M. , Jha S. , Jiang L. , Jung YL , Kashevsky H. , Kennedy CD , Kephart ET , Langton L. , Lee O.-K. , Li S. , Li Z. , Lin W. , Linder-Basso D. , Lloyd P. , Lyne R. , Marchetti SE , Marra M. , Mattiuzzo NR , McKay S. , Meyer F. , Miller D. , Miller SW , Moore RA , Morrison CA , Prinz JA , Rooks M. , Moore R. , Rutherford KM , Ruzanov P. , Scheftner DA , Senderowicz L. , Shah PK , Shanower G. , Smith R. , Stinson EO , Suchy S. , Tenney AE , Tian F. , Venken KJT , Wang H. , White R. , Wilkening J. , Willingham AT , Zaleski C. , Zha Z. , Zhang D. , Zhao Y. , Zieba J. Identification of Functional Elements and Regulatory Circuits by Drosophila modENCODE   // Tudomány . - 2010. - december 22. ( 330. évf. , 6012. sz.). - P. 1787-1797 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tudomány.1198374 .

Irodalom