Burundi független állammá válása után az Egészségügyi Világszervezet (WHO) segítséget nyújtott az országnak az egészségügy területén. A segítségnyújtás kiterjedt az egészségügyi dolgozók képzésére, az egészségügyi szolgáltatások megszervezésére és az ápolók képzésére. Burundi diákok Franciaországban és a Kongói Demokratikus Köztársaságban tanultak orvosi szakot . A WHO segített a himlő , a tuberkulózis és a malária elleni küzdelemben is .
Burundi segítséget kapott a WHO-tól, az Egyesült Nemzetek Élelmezésügyi és Mezőgazdasági Szervezetétől és az UNICEF -től . Ez a segítség az anya és a gyermek egészségének javítását célozta.
Az elnök 1993-as meggyilkolása után Burundi lakossága mozgolódni kezdett. Körülbelül 683 000 ember menekült a szomszédos országokba, vidéki falvakba vagy rossz közegészségügyi feltételekkel rendelkező városokba.
2004-ben 100 000 főre körülbelül 5 orvos, 28 nővér és 1 gyógyszerész jutott. A teljes egészségügyi kiadást a GDP 3,7%-ára becsülték . A statisztikák szerint 2015-ben Burundiban fogyasztják a legalacsonyabb antibiotikumot a világ összes országa közül: 4,4 napi adag 1000 lakosonként [1] .
Az átlagos várható élettartam 2005-ben 50 év volt, 2000-ben 42 évre becsülték.
Az A csoportba tartozó agyhártyagyulladás kitörése Burundiban fordul elő, és több mint 2500 agyhártyagyulladásos esetet jelentettek. A cetselégy által terjesztett trypanosomiasis (alvási betegség) gyakori a Rurubu folyó völgyében A malária és a schistosomiasis gyakori betegségek a Ruzizi folyó közelében .
2003-ban a HIV/AIDS előfordulási aránya 6,00 volt 100 felnőttre. 2004-ben körülbelül 250 000 HIV-fertőzött ember élt Burundiban. Becslések szerint 2003-ban 25 000 ember halt meg AIDS-ben.
Az állati fehérje és zsír fogyasztása nincs összhangban az ajánlásokkal, Burundiban gyakoriak az alultápláltsággal összefüggő betegségek .
2010-ben a születési halálozási arány 970 halálozás volt 100 000 születésre vetítve. Összehasonlításképpen ez a szám 2008-ban 569,6, 1990-ben pedig 711,6 volt. Az 5 év alatti gyermekek halálozási aránya 1000 főre vetítve 168 halálozás. A halálesetek 26%-a csecsemő. Burundiban 4 szülész jut 1000 szülésre, és a terhes nők életre szóló kockázata 1/25 [2] .
A házas nők (15 és 49 év közöttiek) 9 százaléka használt fogamzásgátlást .
1999-ben az egy év alatti gyermekeket diftéria , szamárköhögés és tetanusz (74 százalék), valamint kanyaró (75 százalék) ellen oltották be. Alultápláltságról számoltak be az 5 év alatti gyermekek 38%-ánál.