SIMAP@home

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2014. július 1-jén áttekintett verziótól ; az ellenőrzések 5 szerkesztést igényelnek .
SIMAP
Típusú Elosztott számítástechnika
Operációs rendszer Többplatformos szoftver
Első kiadás 2006. április 26
Hardver platform x86
legújabb verzió • simap (Windows): 5.10
• simap (Windows x64): 5.12
• simap (Linux): 5.11
• hmmer (Windows): 5.09
• hmmer (Linux): 5.09
Állapot Befejezve
Weboldal boincsimap.org/boincsimap/

A SIMAP  a „ Harmosságmátrix of Proteins ” rövidítése, egy önkéntes számítástechnikai adatbázis a fehérjék hasonlóságáról , amely tudományos célokra szabadon hozzáférhető. A SIMAP a FASTA algoritmust használja a fehérjehasonlóság előrejelzésére, míg egy másik alkalmazás egy rejtett Markov-modellt használ fehérjedomének keresésére .

A SIMAP a Müncheni Műszaki Egyetem és a Neuerbergi Nemzeti Környezetvédelmi és Egészségügyi Kutatóközpont közös projektje .

2010 negyedik negyedévében a projekt a Bécsi Egyetemre költözött .

2011 óta SIMAP-adatokat használnak a STRING fehérje-fehérje interakciós adatbázisában (a 9.0-s verzió óta), a STRING korábbi verzióinál végzett BLAST adatok helyett [1] [2] .

A projekt általában minden hónap elején ad ki feladatokat.

A SIMAP projekt 2014 -ben zárult le . A fejlesztők bejelentették a SIMAP 2-t.

SIMAP 2

A projekt a hasonlóságot a Smith-Waterman algoritmus [3] segítségével számítja ki .


Jegyzetek

  1. ↑ STRING – Ismert és előre jelzett fehérje-fehérje kölcsönhatások . Letöltve: 2011. augusztus 5. Az eredetiből archiválva : 2010. július 23.
  2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. A STRING adatbázis 2011-ben: funkcionális interakciós hálózatok fehérjék, globálisan integrált és pontozott.
  3. ↑ Sorozat-illesztés számítása SIMAP 2.0-ban. Az eredetiből archiválva : 2015. január 11.

Irodalom

Linkek