A mikroszkópos festékek szerves színezékek ( bíborvörös stb.) és szervetlen anyagok ( ozmium-tetroxid stb.) csoportját alkotják, amelyek mikroszkopikus méretű készítmények festésére szolgálnak . Az egyes sejtszervecskékre jellemző anyagok színezékkel vagy keverékükkel való specifikus kémiai kölcsönhatása miatt egyedi sejtszerkezetek kiemelésére szolgálnak.
A természetkutatók a mikroszkóp feltalálása óta érdeklődnek a festékek iránt . Ma már nem lehet biztosan megmondani, hogy ki használt először festékeket mikropreparátumok festésére. Sok természettudós azonban észrevette, hogy a mikroszkóp okulárjának látóterébe eső élő tárgyak többsége gyakorlatilag nem színezett, a sejtszervecskék pedig alig különböztethetők meg a citoplazmában. Ezért a mikroszkóp megjelenésével a biológiai tárgyak színtelenségének leküzdésének két fajtája is megjelenik; az első egy kísérlet a probléma megoldására technikai eszközökkel - új megvilágítási módszerek kifejlesztése (ferde megvilágítás, lumineszcencia ), kontraszt (fáziskontrasztos módszerrel, mikroszkóppal sötét mezőben, színes sötét mezőben stb.) ; a második az, hogy színezékkel adjunk színt.
A színezékek mikroszkópos felhasználásával foglalkozó első klasszikus munkának P. Ehrlich cikkét tekintik , amely az agyi neuronok metilénkékkel történő szelektív festését írta le .
Jelenleg hatalmas számú festéket használnak a mikroszkóposok arzenáljában. Csak a Color Index 2. kiadásában több mint 3500 színezék szerepel. Külföldön a festékkutató biológusok fő útmutatója a Biological Dyes Commission által kiadott kézikönyv. A bizottságot több amerikai tudományos társaság hozta létre, és folyamatosan az ő részvételükkel dolgozik - új színezékeket tesztel, információkat terjeszt összetételükről és felhasználási módjukról.
A biológiában használt festékek a következő kritériumok szerint osztályozhatókː