Protein Data Bank

Protein Data Bank, PDB - fehérjék és nukleinsavak  háromdimenziós szerkezeteinek adatbankja . A röntgenkrisztallográfiával vagy NMR-spektroszkópiával , illetve egyre inkább a krioelektronmikroszkóppal nyert információkat a világ minden tájáról származó biológusok és biokémikusok adatbázisba viszik be , és ingyenesen elérhetők a tagszervezetek weboldalain (PDBe [1] , PDBj [2] , RCSB [3] ).

Az EKT az egyik legfontosabb forrás a szerkezetbiológia területén dolgozó tudósok számára . A legtöbb tudományos folyóirat és néhány kutatást finanszírozó alapítvány, például az amerikai NIH megköveteli a szerzőktől és a támogatások kedvezményezettjétől, hogy minden szerkezeti adatot benyújtsanak az EKT-hez. A Protein Data Bank elsősorban a biológiai molekulák szerkezetére vonatkozó elsődleges adatokat tartalmazza, míg több száz egyéb adatbank kategorizálja az elsődleges adatokat, vagy azonosítja a molekulaszerkezet és az evolúciós rokonság közötti mintákat. [négy]

Történelem

A Protein Data Bankot hétköznapi tudósok hozták létre. [4] 1971 -ben Walter  Hamilton a Brookhaven National Laboratory-ban létrehozott egy brookhaveni adatbankot. Hamilton 1973 -as halála után a PDB-t Tom Ketztle ( született  Tom Koeztle ) irányította. 1994 januárjában Joel Sussman lett a Protein Data Bank vezetője . 

1998 októberében [5] a Protein Data Bank átkerült a Strukturális Bioinformatikai Kutatói Együttműködéshez (RCSB) ; az információátadás 1999 júniusában befejeződött . Az új igazgató Helen M. Berman , a Rutgers Egyetem munkatársa .  [6] 2003- ban , a wwPDB ( angol Worldwide Protein Data Bank ) megalakulása után a Protein Data Bank nemzetközi szervezetté vált. Az RCSB mellett a wwPDB alapító tagjai a Protein Data Bank in Europe (PDBe) , a Protein Data Bank Japánban (PDBj) és a Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB) .  

Adatbázis

A Protein Data Bank hetente frissül ( szerdánként 0:00 UTC -kor). 2017. március 14-én az adatbázis a következőket tartalmazza : [7] :


Kutatási módszer		 Mókusok Nukleinsavak
Fehérjék és nukleinsavak komplexei		 Egyéb Teljes
röntgendiffrakció 106595 1820 5471 négy 113890
NMR 10296 1190 241 nyolc 11735
elektronmikroszkópia 1021 harminc 367 0 1418
Vegyes 99 3 2 egy 105
Egyéb 181 négy 6 13 204
Teljes: 118192 3047 6087 26 127352
A PDB-ben 103 514 struktúra tartalmaz fájlt szerkezeti tényezővel A 9057 -es szerkezetek NMR-fájllal rendelkeznek geometriai korlátozásokkal A 2826 szerkezetnek van egy NMR-fájlja, amely kísérletileg meghatározott kémiai eltolódásokat tartalmaz Az 1403 -as struktúrák 3DEM térképfájllal rendelkeznek

A szerkezetek túlnyomó részét röntgendiffrakciós módszerrel, mintegy 15%-át - fehérje-NMR-rel, és csak kis részét - krio-elektronmikroszkóppal kaptuk.

Egy ideig az EKT-ban szereplő struktúrák száma exponenciálisan nőtt, de 2007 óta a növekedés némileg alábbhagyott.

Minden, az EKT-ban közzétett szerkezet négyjegyű azonosítót kap (a latin ábécé számainak és betűinek kombinációja). Ez a kód nem szolgálhat azonosítóként a biomolekulák számára, mivel gyakran ugyanazon molekula különböző szerkezetei, például más környezetben, eltérő PDB azonosítókkal rendelkezhetnek.

Szoftver

A struktúrák számos számítógépes programmal (ingyenes és nyílt forráskódú licencelt és fizetős, nem nyílt forráskódú) és webböngésző - bővítményekkel is megtekinthetők . [nyolc]

Jegyzetek

  1. ↑ PDBe – Európai Protein Adatbank
  2. ↑ PDBj – Japanese Protein Data Bank
  3. ↑ Strukturális Bioinformatikai Kutatói Együttműködő Rutgers és UCSD SDSC
  4. ↑ 1 2 Berman, HM A Protein Data Bank: történelmi perspektíva  // ↑ Acta Crystallographica A. szakasz  : A krisztallográfia alapjai : folyóirat. - International Union of Crystallography , 2008. - január ( A64. kötet , 1. sz.). - 88-95 . o . - doi : 10.1107/S0108767307035623 .
  5. ↑ Berman, HM; et al. The Protein Data Bank  // Nucleic Acids Res  . : folyóirat. - 2000. - január ( 28. évf. , 1. sz.). - P. 235-242 . doi : 10.1093 / nar/28.1.235 . — PMID 10592235 .
  6. ↑ RCSB PDB hírlevélarchívum . RCSB Protein Data Bank. Az eredetiből archiválva : 2012. április 13.
  7. ↑ RCSB PDB – Holdings Report
  8. ↑ lásd en:Kategória:Molekuláris modellező szoftver

Linkek