LÁMPÁK

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2018. január 14-én felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 6 szerkesztést igényelnek .
LÁMPÁK
Típusú Molekuláris dinamika
Fejlesztő Sandia National Laboratories
Beírva C++
Operációs rendszer Cross platform
legújabb verzió Gördülő kioldás
Engedély GPL
Weboldal lampps.sandia.gov

A LAMMPS ( L arge -scale A  tomic / M olecular Massively Parallel Simulator ) a Sandia National Laboratories csoportja által írt ingyenes csomag a klasszikus molekuláris dinamikához . A csomag nagy számításokhoz használható (akár több tízmillió atom [1] ). A többprocesszoros rendszereken végzett munkához az MPI interfészt kell használni . A csomagot GPL licenc alatt terjesztik, és forráskódként, valamint Microsoft Windows és különféle Linux disztribúciók számára összeállított csomagokként is elérhető.

Jellemzők

Lehetőség van a LAMMPS párhuzamos ( MPI -t használó ) és egyprocesszoros módban futtatható verziójának fordítására is.

A LAMMPS támogatja a legtöbb kétrészecske- és sokrészecske-rövid hatótávolságú potenciált ( Lennard-Jones , Morse, Yukawa , EAM, AI-REBO potenciál).

Az Ewald és a PPPM (Particle-partticle particle-mesh) módszerek a Coulomb-kölcsönhatású rendszerek erőinek kiszámítására szolgálnak.

Az MD mellett a LAMMPS segítségével mezoszkópikus rendszerek és kolloid oldatok számításai is elvégezhetők. Ehhez a peridinamika, a DPD (disszipatív részecskedinamika), az SRD (sztochasztikus forgási dinamika) módszereit valósítják meg.

Szomszédok listáinak használata a rövid hatótávolságú erők számításánál.

A térbeli dekompozíció használata többprocesszoros rendszereken végzett számításokban.

Lehetőség van atomi konfigurációk írására szöveges vagy bináris fájlba. A számításhoz szükséges atomok kezdeti konfigurációja előállítható a programban, vagy kiolvasható egy bináris/szöveges fájlból.

Vannak beépített lehetőségek az atomkonfiguráció "menet közbeni" elemzésére: párkorrelációs függvény felépítése, koordinációs szám meghatározása, központi szimmetriaparaméter stb.

Beépített termosztátok, barosztátok, külső erők és potenciálfalak hozzáadásának módszerei.

Az AtomEye megjelenítő számára natív formátumba történő kimenet képessége.

GPU-k használata számításhoz ( CUDA technológia ). A GPU-k csak Lennard-Jones és Coulomb potenciálokhoz használhatók.

Alkalmazások

A LAMMPS csomag beépített benchmarkokkal rendelkezik, amelyek különösen a személyi számítógépek és alkatrészeik független tesztelésére és teljesítményének meghatározására használhatók. [2] , [3]

Jegyzetek

  1. A. V. Janilkin, P. A. Zsiljajev, A. Yu. Kuksin, G. E. Norman, V. V. Pisarev, V. V. Sztegilov. Supercomputers for Molecular Dynamics Simulation of Processes in Condensed Matters Archivált 2016. december 20. a Wayback Machine -nál // Számítási módszerek és programozás. 2010. V.11. pp.111-116
  2. Szergej Pakhomov. Molekuláris dinamikai alkalmazások LAMMPS és NAMD processzorok és PC -k tesztjeként Archiválva : 2018. március 21., a Wayback Machine - iXBT
  3. Szergej Pakhomov. Mérnöki és tudományos számítási alkalmazások PC-teljesítmény -ellenőrző eszközként archiválva : 2018. március 21., a Wayback Machine - iXBT

Lásd még

Linkek