Transz splicing

A transzsplicing az RNS-feldolgozás  egy speciális formája az eukariótákban , amelynek során két különböző elsődleges RNS - transzkriptum exonjai csatlakoznak egymáshoz. Míg a "normál" cisz-splicing egyetlen molekulát dolgoz fel , a transz splicing egyetlen RNS-molekulát hoz létre különböző, nem kapcsolódó mRNS -prekurzorokból . Egyes organizmusokban csak néhány mRNS megy át transz-illesztésen, míg másokban a legtöbb mRNS érése során [1] .

Mechanizmus

Tekintsük a transz-splicing mechanizmusát a trypanosoma Trypanosoma brucei példáján . Az éretlen mRNS-ek 5' végén ez a szervezet olyan szekvenciával rendelkezik, amely hiányzik az érett transzkriptumokból. Valójában ez a szekvencia az mRNS-molekula végén található intronok (az ilyen intronokat outronoknak nevezzük ). Az outron adenozint tartalmaz , amely a közönséges intronok elágazási pontját jelöli, és tőle jobbra a jobb oldali exon -intron határhoz hasonló szekvencia található. Az 5'-terminális outronok helyett az érett mRNS egy 39 nukleotid hosszúságú 5'-terminális fragmentumot tartalmaz, amelyet mini-exonnak vagy SL-szekvenciának neveznek (az angol  splicing leader szóból ). Ezt a fragmentumot a genomban szétszórtan körülbelül 200 régióból olvassuk ki . A mini-exonok és a mini-exont tartalmazó transzkriptum többi részének határán a bal exon-intron határnak nukleotid-összetételben megfelelő szekvencia található [2] .

A transzkriptum érése során az outron elágazási pontján található adenozin nukleofil támadást hajt végre 3'- hidroxilcsoportjával a mini-exon határa mentén, és a transzkriptum többi részét tartalmazza. Az első nukleofil támadás után megjelenő 3'-OH mini-exon megtámadja az exon és a lasszó közötti foszfodiészter kötést Ennek köszönhetően a mini-exon az eredeti mRNS többi exonjához kapcsolódik, az intron pedig Y alakú struktúra formájában eltávolítódik [3] .

A tripanoszómákban a transzillesztést kis nukleáris RNS -ek (snRNS-ek) közvetítik, amelyek szerkezetileg és funkcionálisan hasonlóak az U2 , U4 és U6 -hez . A splicinghez szükséges többi snRNS szerepét maga az intronszekvencia tölti be: másodlagos szerkezete a konzervált U1 és U5 doménekhez hasonló jellegzetes szárakat és hurkokat tartalmaz [3] .

A Caenorhabditis elegans fonálféregben a transz-splicing során egy 22 nukleotid hosszúságú exogén vezérszekvenciát varrnak a transzkriptum 5'-végére [3] .

A dinoflagellate Karlodinium micrumban a mitokondriális citokróm-oxidáz III. alegység génjének ( cox3 ) transzkriptum feldolgozása transz-illesztést foglal magában. A teljes hosszúságú cox3 mRNS két prekurzor transzkriptumból képződik: cox3H1-6 és cox37. A cox3 transz - illesztését más dinoflagellatákban is leírták [4] .

Elosztás

A transzsplicingot számos protistáknál találták meg , például a kinetoplasztid osztály tagjainál (különösen a tripanoszómáknál), amelyek különféle felületi antigének létrehozására és életciklusuk során a különböző morfológiai formák közötti váltáshoz használják . A protisták másik nagy csoportja, amelyekben transz-illesztés van, a dinoflagellaták. Ezzel az eljárással 22 nukleotidból álló vezető szekvenciát adnak a hírvivő RNS-ek 5' végéhez. Úgy tűnik, hogy a dinoflagellaták és tripanoszómák transzsplicing intenzív alkalmazása konvergens evolúció eredménye [5] . A transzsplicing a kinetoplasztiddal rokon euglenoidokban is megtalálható , bár ebben a csoportban sok taxon elvesztette ezt a képességét [6] . A többsejtű élőlények közül a transzillesztés a gyümölcslégy Drosophila melanogaster [7] , orsóférgek, köztük a C. elegans , laposférgek , bdelloid rotifers , cnidarians , egyes kétlábúak , copepodák, ctenoforok és zsákállatok esetében fordul elő . Transzillesztést nem találtak a legtöbb jól tanulmányozott élő szervezet csoportban, például gombákban , gerincesekben és a legtöbb ízeltlábúban [6] . Az algák és a magasabb rendű növények kloroplasztiszaiban is találtak transzsplicinget [1] [8] .

Funkciók

A transz splicing funkcionális jelentősége jelenleg nem ismert. Feltételezték, hogy a transzkriptumokhoz hozzáadott vezető szekvencia biztosítja az mRNS transzportját a sejtmagból a citoplazmába , vagy szükséges ezen mRNS -ek transzlációjához [3] . Lehetséges, hogy egyes onkogén hibrid transzkriptumok létrejöhetnek a transz splicing mechanizmusa révén [9] [10] .

Lehetséges, hogy a transz-splicing génterápiában használható a mutált gének mRNS-ének korrigálására [11] [12] .

Jegyzetek

  1. 1 2 Mironova, Padkina, Sambuk, 2017 , p. 139.
  2. Mironova, Padkina, Sambuk, 2017 , p. 139-140.
  3. 1 2 3 4 Mironova, Padkina, Sambuk, 2017 , p. 140.
  4. Jackson C. J., Gornik S. G., Waller R. F.  A Hematodinium sp. bazális dinoflagellate mitokondriális genomja és transzkriptuma . : karakter evolúció a dinoflagellaták származtatott, erősen mitokondriális genomjában  // Genombiológia és evolúció. - 2012. - Kt. 4, 1. szám - P. 59-72. doi : 10.1093 / gbe/evr122 . — PMID 22113794 .
  5. Wisecaver J. H., Hackett J. D.  Dinoflagellate genom evolution  // Annual review of microbiology. - 2011. - 20. évf. 65. - P. 369-387. - doi : 10.1146/annurev-micro-090110-102841 . — PMID 21682644 .
  6. 1 2 Douris V. , Telford MJ , Averof M. Evidence for Multiple Independent Origins of trans-Splicing in Metazoa  //  Molecular Biology and Evolution. - 2009. - november 25. ( 27. évf. , 3. sz.). - P. 684-693 . — ISSN 0737-4038 . - doi : 10.1093/molbev/msp286 .
  7. Gao JL , Fan YJ , Wang XY , Zhang Y. , Pu J. , Li L. , Shao W. , Zhan S. , Hao J. , Xu YZ Egy konzervált intronikus U1 snRNP-kötő szekvencia elősegíti a transz-illesztést Drosophilában .  (angol)  // Gének és fejlődés. - 2015. - április 1. ( 29. évf. , 7. sz.). - P. 760-771 . - doi : 10.1101/gad.258863.115 . — PMID 25838544 .
  8. Tadini L. , Ferrari R. , Lehniger MK , Mizzotti C. , Moratti F. , Resentini F. , Colombo M. , Costa A. , Masiero S. , Pesaresi P. Plasztid rps12 átiratok transz-illesztése, az AtPPR4 közvetítésével , elengedhetetlen az Arabidopsis thaliana embriómintázatához.  (angol)  // Planta. - 2018. - július ( 248. évf. , 1. sz.). - P. 257-265 . - doi : 10.1007/s00425-018-2896-8 . — PMID 29687222 .
  9. Li H. , Wang J. , Mor G. , Sklar J. A neoplasztikus génfúzió utánozza az RNS-ek transz-illesztését normál emberi sejtekben.  (angol)  // Tudomány (New York, NY). - 2008. - Vol. 321. sz. 5894 . - P. 1357-1361. - doi : 10.1126/tudomány.1156725 . — PMID 18772439 .
  10. Rickman DS , Pflueger D. , Moss B. , VanDoren VE , Chen CX , de la Taille A. , Kuefer R. , Tewari AK , Setlur SR , Demichelis F. , Rubin MA SLC45A3-ELK4 egy throblast-transzformáció és gyakori -specifikus fúziós transzkriptum prosztatarákban.  (angol)  // Rákkutatás. - 2009. - Vol. 69. sz. 7 . - P. 2734-2738. - doi : 10.1158/0008-5472.CAN-08-4926 . — PMID 19293179 .
  11. Iwasaki R. , Kiuchi H. , Ihara M. , Mori T. , Kawakami M. , Ueda H. A transzsplicing mint új módszer az antitest fúziós fehérjék gyors előállítására.  (angol)  // Biokémiai és biofizikai kutatási kommunikáció. - 2009. - Vol. 384. sz. 3 . - P. 316-321. - doi : 10.1016/j.bbrc.2009.04.122 . — PMID 19409879 .
  12. Liemberger B. , Piñón Hofbauer J. , Wally V. , Arzt C. , Hainzl S. , Kocher T. , Murauer EM , Bauer JW , Reichelt J. , Koller U. RNA Trans-Splicing Modulation via Antisense Molecule Interference.  (angol)  // International Journal Of Molecular Sciences. - 2018. - március 7. ( 19. évf. , 3. sz.). - doi : 10.3390/ijms19030762 . — PMID 29518954 .

Irodalom