Monofília ( más görög μόνος - "egy", és φυλή - "családi klán") - a taxon összes képviselőjének eredete egy közös őstől [1] , amikor ez a taxon tartalmazza a megfelelő közös ős összes leszármazottját . Ellentétben a parafíliával , amikor az utolsó közös ős leszármazottainak csak egy része tartozik egy adott taxonhoz, és a polifíliaamikor egy adott taxonhoz tartozó különböző csoportok eltérő eredetűek (két vagy több nem rokon csoport leszármazottai). A modern fogalmak szerint a biológiai szisztematikában monofiletikus csoportnak nevezik azt a csoportot, amely magában foglalja egy hipotetikus legközelebbi ős összes ismert leszármazottját, amely csak ennek a csoportnak a tagjaira jellemző, és senki másra. Néha az elfogadott definíció értelmében vett monofíliát holofíliának nevezik (lásd alább).
Ideális esetben az élőlények teljes rendszere kizárólag monofiletikus csoportokból álljon, mivel értelmes általánosítások csak ezekre a csoportokra vonatkoztatva fogalmazhatók meg, ésszerű extrapolációk csak ezek határain belül lehetségesek . Valójában sok csoportról kiderül, hogy nem monofiletikus ( parafiletikus vagy polifiletikus ). A szisztematikus tudósok folyamatosan foglalkoznak az élő szervezetek rendszerének felülvizsgálatával, hogy megtalálják a nem monofil csoportokat és feloszlatják azokat. Ha a polifiletikus csoportokat már a 20. század elején kezdték elfogadhatatlannak tekinteni, akkor a parafília problémája jóval később jött rá. A parafiletikus csoportokat sokáig összekeverték a monofiletikus csoportokkal, mivel a köztük lévő különbség nem tűnt szignifikánsnak egészen az 1970-es évek kladisztikus elemzésének elterjedéséig .
Parafiletikus csoportot úgy kaphatunk, hogy egy monofiletikus alcsoportot kizárunk egy monofiletikus csoportból. Például, ha a madarakat kizárjuk a hüllők monofiletikus csoportjából (az ábrán kék árnyalattal), és külön osztályba soroljuk, akkor ebben a formában a Reptilia csoport parafiletikusnak bizonyul, mivel nem tartalmazza az összes leszármazottat . a benne szereplő alcsoportok (teknősök, pikkelyes hüllők és krokodilok) legközelebbi közös őse. Ez azt jelenti, hogy a hüllők egy csoportja (madarak nélkül) nem jellemezhető pozitívan szinapomorfiákkal . A madár nélküli hüllők közös jellemzője a madarak jellegzetes vonásainak hiánya, ugyanakkor alapvető hasonlóságaik vannak a csoport egészének közös ősétől örökölt madarakkal. A parafiletikus csoportok kialakulásának maradékelve a gerinctelenek példáján még szembetűnőbb . Alapvetően a gerinctelen minden olyan állat, amely nem rendelkezik gerinccel. Nyilvánvaló, hogy az ilyen maradványdefiníciók tartalma ( a jellemző tulajdonságok hiánya alapján) rendkívül alacsony.
Egyes szisztematikai iskolákban (az ún. hagyományos taxonómia vagy evolúciós taxonómia ) a parafiletikus csoportokat a monofiletikusok egyik változatának tekintik. Különösen erre találták ki a "holofília" kifejezést. Az evolúciós taxonómusok szerint a monofíliát (a taxon egy közös őstől származik) holofíliára (amikor a taxon egy közös őst és annak összes leszármazottját tartalmaz) és parafíliára (amikor a taxon egy közös őst és néhány, de nem az összes leszármazottat tartalmaz) ). Az evolúciós taxonómia akadémiai környezetben elfoglalt pozícióinak gyengülése miatt azonban a „holofília” kifejezés gyakorlatilag kiesett a nemzetközi irodalomból. Ugyanakkor Oroszországban, ahol a kladisztikai elemzés terjedése lassú, még mindig meglehetősen széles körben használják ezt a kifejezést.