A segédpigmentek fotoszintetikus organizmusok fényelnyelő vegyületei, amelyek a klorofill a - val együtt működnek, és fénygyűjtő vagy fényvédő funkciót látnak el. Ide tartoznak a klorofill különböző formái, mint például a klorofill b a zöld algákban és a magasabb rendű növények fénygyűjtő antennáiban , vagy a c vagy d klorofill más algákban. Ezen kívül sok más kiegészítő pigment is létezik, mint például a karotinoidok vagy fikobiliproteinek , amelyek szintén elnyelik a fényt, és átadják annak energiáját a fotorendszer fő pigmentjének. Ezen járulékos pigmentek némelyike, különösen a karotinoidok, a felesleges fényenergia elnyelésére és eloszlatására szolgál, és antioxidánsok .
A fotorendszerekhez kapcsolódó klorofillok és pigmentek eltérő abszorpciós spektrummal rendelkeznek , mivel a különböző klorofillok spektrumait a helyi fehérjekörnyezetük módosítja, vagy a járulékos pigmentek jelentős szerkezeti különbségekkel rendelkeznek. Ennek eredményeként természetes körülmények között az összes pigment együttes abszorpciós spektruma szélesebb, mint mindegyikük abszorpciós spektruma külön-külön. Ez lehetővé teszi, hogy a növények és az algák nagyobb tartományban nyeljék el a látható és infravörös sugárzást. A legtöbb fotoszintetikus organizmus nem nyeli el a zöld fényt, ezért az erdőben a lombkorona alatt vagy a planktonban gazdag vízréteg alatt a zöld fény dominál. Ezt a spektrális hatást "zöld ablaknak" nevezik. Egyes organizmusok, például a cianobaktériumok és a vörös algák , phycobiliproteinnek nevezett kiegészítő pigmenteket tartalmaznak , amelyek lehetővé teszik számukra, hogy elnyeljék az élőhelyük mélyére behatoló zöld fényt.
A vízi ökoszisztémákban a spektrumra gyakorolt fő hatás a víz és a benne oldott szerves anyagok felszívódása. Ez határozza meg a fototróf szervezetek fő ökológiai réseit. A 400 és 1100 nm közötti hullámhosszú víz abszorpciós spektrumában hat váll (abszorpciós bomlás) legalább húsz különböző fototróf baktériumfajnak felel meg. Egy másik hatás annak köszönhető, hogy a víz általában hajlamos elnyelni az alacsony frekvenciájú fényt , míg a szerves anyagok a magas frekvenciájú fényt. Ez az oka annak, hogy a nyílt óceán kéknek tűnik, és gazdag sárga színű fototróf fajokban , mint például a Prochlorococcus , amely divinil-klorofill a-t és b -t tartalmaz . A Synechococcust a fikoeritrin színezi vörösre, és alkalmazkodik a part menti viszonyokhoz, míg a phycocyanin lehetővé teszi, hogy ezek a cianobaktériumok sötétebb vizekben is megszaporodjanak [1] .