A PSI Protein Classifier egy számítógépes program, amely lehetővé teszi a PSI-BLAST program egymást követő és független iterációinak eredményeinek összegzését . A program meghatározza, hogy a blastossal talált fehérjék korábban ismert családokhoz tartoznak -e, és a megmaradt fehérjéket csoportokra osztja. Lehetővé teszi (az iterációk számával) a homológ fehérjék különböző családjai közötti kapcsolat szintjének számszerűsítését .
A PSI Protein Classifier az NCBI webhelyről a PSI-BLAST program által generált fájlokat használja . Amikor elkezdi szűrni az aminosavszekvenciák adatbázisát a PSI-BLAST segítségével, meg kell adnia a lekérdezésként használt fehérjeszekvenciát FASTA formátumban, és hozzá kell rendelnie egy bináris nevet, kötőjellel elválasztva. Ebben az esetben a név első részének kell lennie annak a családnak a megjelölésének, amelyhez tartozik. A PSI-BLAST program eredményeit tartalmazó weboldalakat szekvenciálisan (minden iteráció után) el kell menteni a PSI-Blast mappába szöveges (.txt) fájlként a "Régi BLAST jelentésformátum használata" módban (ezek a fájlok). "blast-fájloknak" nevezik.
A PSI Protein Classifier a családlistával rendelkező fájlokat segédfájlként használja. Az ilyen fájlok jelenléte nem kötelező. Az ilyen típusú fájlok szöveges fájlok (.txt), és a FamilyName mappába kerülnek (ezeket a fájlokat "családi fájloknak" nevezik). Ezen fájlok első sora a család neve, előtte tetszőleges két szó, majd legalább egy további szó. A következő sorok az ebbe a családba tartozó fehérjék számát (GenPept regisztrációs szám) jelzik - soronként egyet. Fontos, hogy minden szám tartalmazza a fehérje változat jelzését, vagyis a szám utolsó számjegye előtt egy pont szerepel. A program a családok kész listáit is használhatja a CAZy adatbázisból , szöveges (.txt) fájlként, családfájlként mentve . Meg kell jegyezni, hogy a CAZy adatbázis lefedi a glikozil-hidrolázok családját és számos más enzimet, amelyek a szénhidrátokra és származékaikra hatnak.