| FastPCR | |
|---|---|
| Típusú | bioinformatika |
| Szerző | Ruslan Nikolaevich naptár |
| Fejlesztő | PrimerDigital Kft. |
| Operációs rendszer | Windows, Linux ( Wine ) |
| Hardver platform | PC |
| legújabb verzió | 6,8 (2022) |
| Olvasható fájlformátumok | szövegfájl [1] , Rich Text Format [1] és FASTA (formátum) [1] |
| Engedély | shareware |
| Weboldal | primerdigital.com/fastpc… |
A FastPCR egy univerzális szoftverkörnyezet PCR primerek és próbák kiválasztásához , in silico PCR -hez, oligonukleotid-analízishez, DNS-szekvencia-illesztéshez, ismételt DNS-szekvenciák kereséséhez és egyéb bioinformatikai feladatokhoz .
A FastPCR egy integrált környezet, amely átfogó eszközöket biztosít bármely PCR primer kiválasztásához : mind a standard PCR-hez, mind a hosszú PCR-fragmensekhez ( eng. Long-range PCR ), mind a szimultán és többlókuszos ( Multiplex PCR ) , mind a fordított PCR-hez ( Inverz PCR eng.) ) cirkuláris molekulákhoz, kvantitatív valós idejű PCR , Xtreme Chain Reaction (XCR), csoportspecifikus PCR kapcsolódó szekvenciákhoz ( eng. Csoportspecifikus PCR) (általános primerek az összes vizsgált szekvenciához), egyedi PCR ( eng. Egyedi PCR) (amelyben a feladat csak egy meghatározott szekvencia amplifikálása a kapcsolódó szekvenciák közül); primerek kiválasztása átfedő PCR-hez ( Overlap extension polymerase chain response (eng.) ), hogy több PCR-terméket egyetlen közös PCR-termékké egyesítsünk.
A program automatikusan felismeri a mikroszatellit lókuszt (SSR), és kiválasztja a primereket ehhez a régióhoz. Az aminosavszekvenciára primer szelekció is lehetséges. Egy eszközt ( polimeráz lánc asszociáció ) használnak arra, hogy rövid oligonukleotidokból hosszú DNS-fragmenseket állítsanak össze .
A szoftver standard és degenerált primer szekvenciákat is használ, beleértve a primer olvadási hőmérsékletének kiszámítását a legközelebbi szomszéd termodinamikai paraméterei alapján.
A PCR in silico lehetővé teszi a primerek vagy próbák komplementer szekvenciáinak keresését egy genomszekvencián vagy kromoszómákon, és előre jelezheti a valószínű PCR-termékeket, valamint kereshet nem specifikus primer- vagy próbakötőhelyeket. A virtuális PCR hasznos a próba vagy primer cél-DNS-hez való kötődési hőmérsékletének kiszámításához, valamint a PCR-ben az összekapcsolási hőmérséklet kiszámításához.
A kvantitatív PCR során a hosszú oligonukleotidok kiválaszthatók microarray és más hasonló molekuláris vizsgálatokhoz .
A PCR primereket másodlagos struktúrák jelenlétére elemezzük, beleértve a Hoogsteen G-quadruplex szerkezeteket , hurkokat, intramolekuláris és intermolekuláris dimereket a primerpárban.
A FastPCR képes hosszú szekvenciákkal, például kromoszómákkal, valamint egyedi nukleinsavak és fehérjeszekvenciák listáival dolgozni. A program lehetővé teszi a sorozat szerkesztését és elemzését.
A program különböző típusú ismétlődő sorozatokat észlel.
A program különféle bioinformatikai eszközöket tartalmaz a nukleotidszekvencia eltolódásának elemzésére , például GC, AT, purinok és pirimidinek, a szekvencia nyelvi összetettségének elemzésére; véletlenszerű DNS-szekvencia létrehozása, restrikciós hely keresése I-II-III típusú restrikciókhoz , valamint restrikciós hely keresése és mesterséges generálása a kódoló szekvenciában.
A program támogatja a szekvenciacsoportosítást és a szekvenciakeresést.