Biovezető
A Bioconductor egy hatalmas FLOSS projekt, amely számos önálló csomagot biztosít a bioinformatikai kutatásokhoz. Tartalmaz egy eszközkészletet a genomikai adatok elemzéséhez és megértéséhez , megjegyzésekkel ellátott chipnevek, biológiai szekvencia annotációk stb., valamint magát a kísérleti adatokat.
Az R programozási nyelvet használja , ennek köszönhetően támogatja a többplatformos ( Linux , legtöbb UNIX-szerű rendszer , Mac OS X , Windows ) használatát. Szabadon és nyíltan fejlesztik és terjesztik. A kiadványok évente kétszer jelennek meg. A jó nyílt forráskódú projektekre jellemző, aktív, ingyenes fejlesztői és tudósi közösséggel rendelkezik. A projekt leírását és változásait éves jelentés formájában adják ki [1] .
Jelenleg több mint 2000 csomagot tartalmaz.
Projekt céljai
A Bioconductor fő céljai:
- Nyílt hozzáférés biztosítása hatékony statisztikai és grafikus módszerek széles skálájához a genomikai adatok elemzéséhez.
- A biológiai metaadatok bevonásának elősegítése a genomikai adatok elemzésébe, pl. irodalmi adatok a PubMedtől , megjegyzésekkel ellátott adatok az Entreztől .
- Közös szoftverplatform biztosítása, amely lehetővé teszi a bővíthető, méretezhető és együttműködő programok gyors fejlesztését és telepítését.
- További tudományos betekintés a reprodukálható kutatás kiváló minőségű dokumentációjának létrehozása közben .
- Kutatók képzése a genomikai adatok elemzésének számítási és statisztikai módszerei terén.
Projekttörténet
A projekt 2001-ben indult a Dana Farber Cancer Institute -ban . [2]
A projekt jelentősége
Csomagok
A csomagok három fő csoportja a tényleges statisztikai és grafikai csomagok ( Software ), a kommentárcsomagok ( AnnotationData ) és a kísérleti adatok ( ExperimentData ).
A csoportban lévő csomagok száma zárójelben van feltüntetve.
Szoftver (936)
Vizsgálati tartomány (299)
- aCGH(12)
- CellBasedAssays (38)
- Chip Chip (7)
- CopyNumberVariation(43)
- CpGI-sziget (6)
- DNS-metiláció (38)
- ExonArray (6)
- Génexpresszió (131)
- Genetikai variabilitás (23)
- SNP-k (40)
- Átírás (47)
Biológiai kérdés (261)
- Alternatív toldás (7)
- Lefedettség (13)
- Differenciálkifejezés (164)
- Differenciál-metiláció (8)
- Differenciál csúcshívás (1)
- Differenciál illesztés (6)
- Funkcionális előrejelzés (1)
- Génszabályozás (21)
- GeneSet dúsítás (41)
- GeneTarget(1)
- GenomeAnnotation (10)
- Genomi variáció (6)
- Kapcsolódási egyensúlyhiány (1)
- Motívum megjegyzés (3)
- MotifDiscovery (4)
- Hálózatgazdagítás (13)
- Hálózati következtetés (17)
- Sorozategyeztetés (17)
- Szomatikus mutáció (4)
- VariantDetection (1)
Infrastruktúra (186)
- DataImport (82)
- Adatábrázolás (34)
- GUI (19)
- ThirdPartyClient (9)
ResearchField (193)
- Orvosbiológiai informatika (2)
- Sejtbiológia (20)
- Keminformatika (3)
- Funkcionális genomika (1)
- Genetika (96)
- Anyagcsere (12)
- Metagenomika (5)
- Proteomika (65)
- Rendszerbiológia (10)
Statisztikai módszer (261)
- bayesi (15)
- osztályozás (65)
- Klaszterezés (89)
- Határozatfa (7)
- Dimenziócsökkentés(2)
- Funkciókivonás (2)
- Grafikon és hálózat (69)
- HiddenMarkovModel (4)
- Neurális hálózat (1)
- Főkomponens (2)
- Regresszió (7)
- Strukturális egyenletmodellek (1)
- SupportVectorMachine(1)
- Túlélés (4)
- Időpálya (29)
Technológia (591)
Tömegspektrometria (44)
Microarray (328)
- Chip on Chip (1)
- MethylationArray (7)
- mRNS Microarray (3)
- Többcsatornás (3)
- Egy csatorna (68)
- Saját platformok (2)
- két csatornás (53)
- Mikrotitráló lemez vizsgálat (13)
- qPCR (9)
- ZSÁLYA (9)
Sorrend (212)
- ChIPSeq(40)
- DNS szekvencia (6)
- ExomeSeq (3)
- MethylSeq(10)
- Mikrobióma (3)
- miRNS (4)
- RIPSeq (1)
- RNASeq (76)
- Célzott újrasorrendezés (2)
- Teljes genom (3)
WorkflowStep (477)
- Igazítás (8)
- Annotáció (67)
- Kötegelt hatás (5)
- Kísérleti tervezés (2)
- Többszörös összehasonlítás (76)
- normalizálás (15)
utak (69)
- Előfeldolgozás (128)
- Minőségellenőrzés (95)
- Jelentésírás (25)
vizualizáció (218)
AnnotationData (895)
ChipManufacturer (374)
- AffymetrixChip (336)
- Agilent chip (15)
- Illumina chip (19)
- INDACCchip (1)
- Qiagen chip (1)
- RNG_MRCChip(2)
Chip neve (195)
- adme16code (1)
- ag(3)
- ath1121501(3)
- celegans (3)
- Drosgenome1 (3)
- drosophila2 (3)
- h10kcode(1)
- h20kcode(1)
- hcg110 (3)
- hgfocus (3)
- hgu133a (4)
- hgu133a2(4)
- hgu133b(3)
- hgu133plus2 (4)
- hgu95a(3)
- hgu95av2 (4)
- hgu95b (3)
- hgu95c (3)
- hgu95d (3)
- hgu95e (3)
- hguatlas13k (1)
- hgug4100a (1)
- hgug4101a (1)
- hgug4110b (1)
- hgug4111a (1)
- hgug4112a (1)
- hguqiagenv3 (1)
- hi16code(1)
- hs25cresogen(1)
- hu35ksuba (3)
- hu35ksubb (3)
- hu35ksubc (3)
- hu35ksubd(3)
- hu6800 (3)
- HuO22 (1)
- hwgcode(1)
- illuminaHumanv1 (1)
- illuminaHumanv2 (1)
- illuminaMousev1 (1)
- illuminaMousev1p1 (1)
- illuminaRatv1 (1)
- indac (1)
- m10kcode(1)
- m20kcode(1)
- mgu74a (3)
- mgu74av2 (3)
- mgu74b (3)
- mgu74bv2 (3)
- mgu74c (3)
- mgu74cv2 (3)
- mguatlas5k (1)
- mgug4121a (1)
- mgug4122a (1)
- mi16code(1)
- mm24 krezogén(1)
- moe430a (3)
- moe430b (3)
- egér4302 (4)
- egér430a2 (4)
- mpedbarray(1)
- mu11ksuba (3)
- mu11ksubb (3)
- Mu15v1 (1)
- mu19ksuba (2)
- mu19ksubb (2)
- mu19ksubc (2)
- Mu22v3 (1)
- mwgcode(1)
- Norvégia981 (1)
- OperonHumanV3 (1)
- PartheenMetaData (1)
- pedbarrayv10(1)
- pedbarrayv9 (1)
- r10kcode(1)
- rae230a (3)
- rae230b (3)
- rat2302(3)
- rgu34a (3)
- rgu34b(3)
- rgu34c(3)
- rgug4130a (1)
- ri16cod (1)
- rnu34(3)
- Roberts, 2005. megjegyzés (1)
- rtu34 (3)
- rwgcode(1)
- SHDZ (1)
- u133x3p (3)
- xenopuslaevis (2)
- élesztő2 (3)
- ygs98 (4)
- zebrahal (3)
CustomCDF (16)
CustomDBSchema (11)
- GeneCardsCustomSchema (8)
- Funkcionális megjegyzés (13)
Szervezet (532)
- Anopheles_gambiae (4)
- Apis_mellifera (3)
- Arabidopsis_thaliana (12)
- Bacillus_subtilis (2)
- Bos_taurus (11)
- Caenorhabditis_elegans (10)
- canis_familiaris (12)
- Danio_rerio (12)
- Drosophila_melanogaster (15)
- Escherichia_coli (12)
- Gallus_gallus (9)
- Gasterosteus_aculatus (2)
- Homo_sapiens (201)
- Hordeum_vulgare (2)
- Macaca_mulata (7)
- Mus_musculus (103)
- Oryza_sativa (1)
- Pan_troglodytes (6)
- Plasmodium_falciparum (4)
- Pseudomonas_aeruginosa (2)
- Rattus_norvegicus (65)
- Saccharomyces_cerevisiae (18)
- Saccharum_officinarum (2)
- Staphylococcus_aureus (2)
- Sus_scrofa (7)
- Taeniopygia_guttata (2)
- Vitis_vinifera (2)
- Xenopus_laevis (3)
- Xenopus_tropicalis (1)
- Zea_mays (2)
Csomag típusa (524)
- BSgenome (69)
- cdf (126)
- ChipDb (155)
- db0 (19)
- InparanoidDb (8)
- MeSHDb (3)
- OrganismDb (3)
- OrgDb (19)
- szonda (104)
- SNPlocs (1)
- txdb (17)
Sequence Annotation (3)
Kísérleti adatok (223)
rák (35)
- mell (2)
- kettőspont (2)
- vese (1)
- Leukémia (6)
- Tüdő (1)
- Petefészek (1)
- ChIPchipData(1)
- ChIPseqData(4)
- EcoliData (1)
- ExpressionData(4)
- hapmap (7)
- HighThroughputSequencingData(9)
- HIV [1]
- Tömegspektrometriai adatok (7)
- NormalTissue (3)
- RNAExpressionData (16)
- RNAseqData(19)
- Őssejtek (1)
- élesztő (10)
Kiadások
A kiadványok évente kétszer jelennek meg - tavasszal és ősszel. Minden új kiadáshoz szükség van az R disztribúció legújabb verziójára, mint függőségre .
| Változat
|
kiadás dátuma
|
Csomagok száma
(a "Szoftver" alatt)
|
Függőség
|
| 1.0
|
2001. május 1
|
tizenöt
|
R1.5
|
| 1.1
|
2002. november 19
|
húsz
|
R1.6
|
| 1.2
|
2003. május 29
|
harminc
|
R 1.7
|
| 1.3
|
2003. október 30
|
49
|
R1.8
|
| 1.4
|
2004. május 17
|
81
|
R 1.9
|
| 1.5
|
2004. október 25
|
100
|
R2.0
|
| 1.6
|
2005. május 18
|
123
|
R2.1
|
| 1.7
|
2005. október 14
|
141
|
R2.2
|
| 1.8
|
2006. április 27
|
172
|
R2.3
|
| 1.9
|
2006. október 4
|
188
|
R2.4
|
| 2.0
|
2007. április 26
|
214
|
R2.5
|
| 2.1
|
2007. október 8
|
233
|
R2.6
|
| 2.2
|
2008. május 1
|
260
|
R2.7
|
| 2.3
|
2008. október 22
|
294
|
R2.8
|
| 2.4
|
2009. április 21
|
320
|
R2.9
|
| 2.5
|
2009. október 28
|
352
|
R2.10
|
| 2.6
|
2010. április 23
|
389
|
R2.11
|
| 2.7
|
2010. október 18
|
418
|
R2.12
|
| 2.8
|
2011. április 14
|
466
|
R2.13
|
| 2.9
|
2011. november 1
|
517
|
R2.14
|
| 2.10
|
2012. november 2
|
554
|
R2.15
|
| 2.11
|
2012. október 3
|
610
|
R2.15
|
| 2.12
|
2013. április 4
|
671
|
R3.0
|
| 2.13
|
2013. október 15
|
749
|
R3.0
|
| 2.14
|
2014. április 14
|
824
|
R3.1
|
| 3.0
|
2014. október 14
|
934
|
R3.1
|
Használati példák
Lásd még
Jegyzetek
- ↑ A projekt éves jelentései a hivatalos weboldalon . Letöltve: 2015. február 7. Az eredetiből archiválva : 2015. február 7.. (határozatlan)
- ↑ R. úriember. [ http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf 2002. évi éves jelentés a Bioconductorról. Projekt, DFCI]. - 2008. május 29. Az eredetiből archiválva : 2015. szeptember 23.
Linkek
Hivatalos weboldal - http://www.bioconductor.org/