Aszkalap tervező

Az Ascalaph Designer  egy általános célú molekuláris modellező program. Grafikus környezetet biztosít Firefly , CP2K és MDynaMix [1] [2] kvantum- és klasszikus mechanikai konzolprogramokhoz, és rendelkezik molekuláris modellépítési, konformációs optimalizálási és molekuladinamikai képességekkel. A Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] kvantumkémiai módszerek széles skáláját kínálja.

Főbb jellemzők

• Molekuláris modell építése ( polimerek , nanostruktúrák, fehérjék , nukleinsavak )
• Kényszermezők ABER/OPLS
• Konformáció optimalizálás
• Molekuláris dinamika
• kvantumkémia
• Rugalmas SPC vízmodell [6]

Hatókör

• Nukleinsavak [7]
• Mókusok
• Lipid membránok modellezése [8]
• Polielektrolitok [9]
• Ionos folyadékok [10] [11]
• A folyadékok termodinamikai tulajdonságai [12]
• Molekuláris mechanikai erőterek fejlesztése [13]

Jegyzetek

1. ↑ APLjubarcev, A.Laaksonen. MDynaMix – Méretezhető, hordozható párhuzamos MD szimulációs csomag tetszőleges molekulakeverékekhez   // Computer Physics Communications : folyóirat. - 2000. - Vol. 128 . - P. 565-589 .
2. ↑ APLjubarcev, A.Laaksonen. Biomolekuláris rendszerek párhuzamos molekuláris dinamikai szimulációi // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems  (angol) . - Heidelberg: Springer Berlin , 1998. - 1. évf. 1541. - P. 296-303. — (Számítástechnikai előadásjegyzetek). — ISBN 978-3-540-65414-8 . - doi : 10.1007/BFb0095310 .
3. ↑ Számítógépes kémia , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Függelék AA2.3, 334. oldal, GAMESS
4. ↑ M. W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System  (angol)  // J. Comput. Chem. : folyóirat. - 1993. - 1. évf. 14 . - P. 1347-1363 . - doi : 10.1002/jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon és MW Schmidt, Előrelépések az elektronikus szerkezetelméletben: GAMESS egy évtizeddel később , Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim és GE Scusaria, Elsevier, Amszterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K és Rahman A. Az atommozgások molekuláris-dinamikai vizsgálata vízben  // Fizikai áttekintés B  : folyóirat  . - 1985. - 1. évf. 31 . - P. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev és L. Nordenskiöld. Hasonlóságok és különbségek a K + és a Na + és a kondenzált rendezett DNS kölcsönhatásában . A molekuláris dinamikai számítógépes szimulációs tanulmány  //  Nucleic Acids Research : folyóirat. - 2006. - Vol. 34 . - P. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin és A. P. Lyubartsev. A CHARMM erőtér módosítása DMPC lipid kettős réteghez  //  Journal of Computational Chemistry : folyóirat. - 2008. - Vol. 29 . - P. 2359-2369 .
9. ↑ A. Visnyakov és A. V. Neimark. Szulfonált polielektrolitok vízben, dimetil-metil-foszfonátban és keverékükben történő szolvatációjának sajátosságai: A molekuláris szimulációs tanulmány  (angol)  // Journal of Chemical Physics  : folyóirat. - 2008. - Vol. 128 . — P. 164902 .
10. ↑ G. Raabe és J. Köhler. Molekuláris szimulációból származó imidazolium alapú ionos folyadékok termodinamikai és szerkezeti tulajdonságai  (angol)  // Journal of Chemical Physics  : folyóirat. - 2008. - Vol. 128 . — P. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang és W. Wang. [bmim][BF 4 ] és acetonitril szobahőmérsékletű ionos folyadékkeverékének molekuláris dinamikai szimulációja finomított erőtér segítségével   // Phys . Chem. Chem. Phys. : folyóirat. - 2005. - 20. évf. 7 . - P. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuznyecova és B. Kvamme. Egy modell víz-szén-dioxid rendszer termodinamikai tulajdonságai és határfelületi feszültsége  (angol)  // Phys. Chem. Chem. Phys. : folyóirat. - 2002. - 20. évf. 4 . - P. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nyikitin és A. P. Ljubarcev. Egy új hathelyes acetonitril modell folyékony acetonitril és vizes keverékének szimulációjához  //  J. Comp. Chem. : folyóirat. - 2007. - Vol. 28 . - P. 2020-2026 .

Linkek

• Kezdőlap