28S rRNS

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2021. június 9-én felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 4 szerkesztést igényelnek .

A 28S riboszómális RNS az eukarióta citoplazmatikus riboszómák nagy alegységének strukturális riboszómális RNS-e (rRNS) , és így az összes eukarióta sejt egyik fő összetevője. Növényekben 25S, emlősökben 28S, innen ered a 25S-28S rRNS elnevezés [1] .

Az 5' oldalon lévő 5,8S rRNS -sel kombinálva a prokarióta 23S és a mitokondriális 16S riboszómális RNS eukarióta nukleáris homológja [2] [3] [4] .

Használata a filogeneziában

A 28S rRNS-t kódoló géneket 28S rDNS-nek nevezik. E gének szekvencia - összehasonlítását néha használják molekuláris analízisben filogenetikai fák megalkotására , például protozoonokban , [5] gombákban , [6] rovarokban , [7] tardigrádokban [ 8] és gerincesekben [9] [10] .

Összetétel

A 28S rRNS általában 4000-5000 nt hosszúságú [11] .

Egyes eukariótákban a 28S rRNS a riboszómában két részre hasad, ami [11] előfordulhat a riboszóma összeépülése előtt és után is. Ez utóbbira utal az egyik tanulmányban a bemetszés helyének felszínes elhelyezkedése [11] [12] . A jelenséget "rejtett törésnek" (hidden break) [11] nevezik .

Adatbázisok

Számos adatbázis biztosítja az LSU rRNS-szekvenciák összehangolását és megjegyzéseit összehasonlítás céljából:

Jegyzetek

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molekuláris sejtbiológia  / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. - Scientific American Books, 1995-01-01. - ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. ↑ Eperon, IC (1980-07-31). „Humán mitokondriális riboszomális RNS gének megkülönböztető szekvenciája”. természet _ _ ]. 286 (5772): 460-467. DOI : 10.1038/286460a0 . PMID  6157106 .
  3. ↑ Doris, Stephen M. (2015. október). „Univerzális és doménspecifikus szekvenciák a 23S–28S riboszomális RNS-ben, amelyet számítógépes filogenetika azonosított.” RNS . 21 (10): 1719-1730. DOI : 10.1261/rna.051144.115 .
  4. ↑ Lafontaine, DLJ (2001). "A riboszómák működése és szintézise". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514-520. DOI : 10.1038/35080045 . PMID  11433365 .
  5. ↑ Baroin, A. (1988-05-01). „Az egysejtű eukarióták részleges törzsfejlődése a 28S riboszomális RNS egy részének gyors szekvenálásán alapul”. Proceedings of the National Academy of Sciences ]. 85 (10): 3474-3478. DOI : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMID 3368456 .  
  6. ↑ James, Timothy Y. (2006). „A gombák korai evolúciójának rekonstrukciója hat génből álló filogenetikai rendszer segítségével”. természet . 443 (7113): 818-822. DOI : 10.1038/nature05110 . PMID  17051209 .
  7. ↑ Whiting, Michael F. (1997-03-01). „A Strepsiptera probléma: a holometabolus rovarrendek törzsfejlődése a 18S és 28S riboszómális DNS szekvenciákból és morfológiájából következtetve.” Szisztematikus biológia _ ]. 46 (1):1-68. DOI : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157 . PMID  11975347 .
  8. ↑ Jørgensen, Aslak (2010-03-01). „Az Arthrotardigrada (Tardigrada) molekuláris törzsfejlődése”. Molekuláris filogenetika és evolúció . 54 (3): 1006-1015. DOI : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . PMID  19822216 .
  9. ↑ Le, Hoc Lanh Vân (1993-03-01). "A 28S rRNS-alapú filogenetika a Gnathosztomákról: Az első lépések a konfliktusok és a morfológiai alapú kladogramokkal való egyezés elemzésében." Molekuláris filogenetika és evolúció . 2 (1): 31-51. DOI : 10.1006/mpev.1993.1005 . PMID  8081546 .
  10. ↑ Mallatt, Jon (1998. december). „A 28S és 18S rDNS szekvenciák támogatják a lámpások és a gyöngyhalak monofíliáját” . Molekuláris biológia és evolúció . 15 (12): 1706-1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID  9866205 .
  11. ↑ 1 2 3 4 Natsidis, Paschalis (2019. december). "A 28S riboszomális RNS-ek rejtett töréseinek számítástechnikai felfedezése eukariótákon keresztül, és ezek következményei az RNS integritásszámaira." tudományos jelentések . 9 (1): 19477. doi : 10.1038 /s41598-019-55573-1 .
  12. ↑ Ben-Shem, A. et al. Az eukarióta riboszóma szerkezete 3,0 Å felbontásnál. Tudomány. 334, 1524–1529 (2011).
  13. ↑ Riboszomális adatbázis projekt . RDP 11. kiadás, 5. frissítés (2016. szeptember 30.). Letöltve: 2016. december 31. Az eredetiből archiválva : 2020. augusztus 19.
  14. ↑ Olsen, GJ (1992-05-11). "A riboszómális adatbázis projekt". Nukleinsav kutatás . 20 (kiegészítő): 2199-2200. DOI : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN  0305-1048 . PMID  1598241 .
  15. ↑ Cole, James R. (2014-01-01). "Ribosomal Database Project: adatok és eszközök a nagy teljesítményű rRNS-elemzéshez." Nukleinsav kutatás . 42 (D1): D633-D642. doi : 10.1093/nar/ gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMID24288368 . _  
  16. ↑ Quast, C. (2013-01-01). "A SILVA riboszomális RNS génadatbázis projekt: továbbfejlesztett adatfeldolgozás és webalapú eszközök." Nukleinsav kutatás . 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/ gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMID 23193283 .