Szubsztrátum ( lat. szubsztrátum - alap, alom) - a biológiában az élőlények élőhelye és fejlődése . A szubsztrátumok rögzítési helyként szolgálnak egy állat, növény vagy más szervezet számára, és táptalajként is működhetnek .
A szubsztrátum egyaránt tartalmazhat élő és élettelen anyagokat, valamint állatokat. Egy szubsztrátumon élő organizmus viszont szubsztrátja lehet egy másik szervezetnek. Például egy szikla az algák , az algák pedig a rajta élő állatok szubsztrátja.