A Szent Sír-templom területén konfliktusok merülnek fel, mert helyiségei, beleértve az oltárokat és a szentélyeket, a következők tulajdonában vannak:
Mindegyik felekezet képviselőinek saját kápolnájuk van a templomegyüttesben, és az imaórákat elosztják közöttük. A terület felosztása a 16-19. századi időszakban ment végbe, és a kétértelműségek jelenléte miatt gyakran vezet vitákhoz, konfliktusokhoz.
A 18. és 19. századi orosz utazók leírták a lezajlott harcokat. A szentföldi orosz spirituális misszió képviselői , Porfirij Uszpenszkij és Antonin (Kapustin) archimandrita könyveikben részletesen leírják a vallomások közötti konfliktusokat.
Ezek a konfliktusok a korábbi mély doktrinális és politikai nézeteltérések következményei voltak, amelyek a korábban egyesült keresztény egyházat már a 11. században keleti és nyugati részekre szakították. A 11. században Jeruzsálemet meghódították a keresztesek , és véget ért a bizánci egyház monopóliumának évszázados korszaka a szent helyek felett. Rómából egy latin pátriárkát küldtek Jeruzsálembe, és a keleti keresztényeket eltávolították minden kulcspozícióból.
Hosszú ideig folytatódik az etióp és kopt papok közötti konfliktus, ami lehetetlenné teszi a tető megerősítését. Ezzel kapcsolatban a jeruzsálemi etióp egyház érseke, Mátyás (Mátyás) segítségkéréssel fordult az izraeli belügyminisztériumhoz.
1977 -ben egy görög diakónus egy szónoki emelvényt helyezett el azon a vonalon kívül, amely elválasztotta a templom örmény részét a görögtől. Kézi küzdelem kezdődött. 2008 -ban a virágvasárnap ünneplése alatt komoly verekedés tört ki a templom bejáratánál, a katolikus ferences szerzetesek megsérültek .
Az Oszmán Birodalomban a templomi rend védelmét török katonákra bízták. Jelenleg a rendet az izraeli rendőrség őrzi . 1109 óta a Szent Sír-templom kulcsait a Jaude arab-muszlim család őrzi, és a templom ajtajának ezekkel a kulcsokkal való kinyitásának és bezárásának joga egy másik muszlim családot, a Nuseiba-t illeti meg. Ezeket a jogokat és magukat a kulcsokat apáról fiúra öröklik.