A gyülekezeti rendszer a keresztény egyház irányításának megszervezésének egyik formája, amely az egyes helyi hívőközösségek (gyülekezet) világi vagy egyházi hatóságoktól való függetlenségének és teljes függetlenségének elvén alapul [1] [2] .
A gyülekezeti egyházkormányzati rendszert különféle protestáns felekezetek alkalmazzák. Oroszországban különösen a pünkösdiek és az evangélikus keresztény baptisták a legnagyobb felekezetek, amelyekben az egyházszervezet ilyen formája van .
A Krisztusnak a hívők gyülekezetében való jelenlétének gondolata alapján a püspöki és presbiteri (zsinati) kormányforma ellenzői minden helyi közösséget (gyülekezetet) függetlennek nyilvánítottak a hit kérdésében az állami vagy egyházi hatóságoktól. Magán a gyülekezeten belül kizárják a hierarchikus kapcsolatokat a lelkészek és az egyház többi tagja között – ezek csak az ellátott funkciókban térnek el [2] . Ez az egyházkormányzati forma is elismeri valamennyi felszentelt lelkész egyenjogúságát.
Minden gyülekezet autonóm, közvetlenül Jézus Krisztust tekinti fejének, és maga határozza meg az istentisztelet és a Hitvallás formáit , választ lelkészeket, lelkipásztort , elfogad és kizár tagokat, nem ismeri el a presbiteriánusok felsőbbrendűségét önmagával szemben .
Azonban minden egyes gyülekezeti közösség harmonizálja vallási meggyőződését és istentiszteleti formáit más közösségekkel. Az ókeresztény vallási élet újjáélesztését szorgalmazva a kongregacionalisták kezdetben teljesen elutasították az egyházi hierarchiát, bár később az egyházi hatalom egy bizonyos analógja is kialakult az egyházi élet egységesítésére. A kongregacionalisták reformátusoknak tekinthetők , akik ragaszkodtak a "Savoy Confession"-hoz (1658), amely a presbiteri "Westminster Confession" mintájára épült, de a presbiteriánus egyházi struktúrát kongregacionalistára cserélték [1] .