A zárt ökoszisztéma olyan ökoszisztéma , amely nem foglal magában semmilyen anyagcserét a külső környezettel.
A kifejezést leggyakrabban az ember alkotta ökoszisztémák leírására használják viszonylag kis léptékben. Az ilyen rendszerek tudományos érdeklődésre tartanak számot, és potenciálisan életfenntartó rendszerként szolgálhatnak űrrepülések során, űrállomásokon és űrtelepeken .
Zárt ökoszisztémákban az egyik fajtól származó hulladékot legalább egy másik fajnak kell ártalmatlanítania. Ezért, ha az emberi élet fenntartásának célját kívánjuk elérni, akkor az összes emberi hulladékot végül oxigénné , élelemmé és vízzé kell alakítani .
A zárt ökoszisztémának tartalmaznia kell legalább egy autotróf szervezetet . Bár a kemotrófok felhasználásában is van lehetőség, jelenleg szinte minden zárt ökoszisztéma fototrófokon, például zöld algákon alapul .