Az autoantigének a magasabbrendű állatok sejtjeiben, szerveiben és szöveteiben lévő anyagok molekulái, amelyeket bizonyos körülmények között idegennek ismernek fel.
Ide tartoznak a fehérjék, amelyek szintézise az immunrendszer érése után kezdődik (például a spermiumok, anyatej részét képezők) [1] , az immunrendszertől hisztohematikus gáttal elválasztott szervek makromolekulái. Ezek közé tartozik a hemato-encephalic , hemato-liquor, hemato-testicularis , hemato-glomeruláris , hemato-retina , hemato-oftalmikus, hemato-thymus .
Ezeknek az akadályoknak a permeabilitásának megsértése, vagy más olyan rendellenességek, amelyekben az immunrendszer a normál fehérjéket idegenként érzékeli. Ennek eredményeként megindul az autoimmun reakció kialakulása. Sokféle autoimmun betegség kialakulásához vezethetnek . Ide tartozik különösen a sclerosis multiplex , az autoimmun pajzsmirigy -gyulladás stb.