Arkansas a polgárháborúban az Amerikai Egyesült Államokban a Konföderáció támogatója volt.
Az állam az 1861. február 8-án megalakult Déli Államok Konföderációjához való csatlakozásának oka a gyapotültetvények tulajdonosainak azon vágya volt, hogy kiváljanak az Amerikai Államok Uniójából.
A háború legnagyobb csatája, a Pea Ridge-i csata az állam északnyugati részén zajlott 1862 tavaszán . A konföderációs csapatok megtámadták az Unió hadseregét, és kudarcot vallottak.
1862 decemberében a Konföderáció hadserege teljesen vereséget szenvedett Arkansas északkeleti részén a Prairie Grove-i csatában.
Az új állam fővárosát Little Rockban alapították az Unió hívei .
A háború alatt az állam lakossága jelentősen csökkent. Körülbelül ezer ember halt meg fajtól függetlenül a csatatéren.
A háború végén Arkansasban pusztítások uralkodtak, ezért újjáépítési irányt vettek.
A Ku Klux Klan ultralegális szervezet befolyása széles körben elterjedt.