A Zanzibári és Pembai Népköztársaság zászlaja három vízszintes vonalból álló zászló: kék (vagy világoskék) felső, fekete középső és zöld alsó zászló. A zászló színei a következőképpen magyarázhatók: kék (kék) a szigetvilágot mosó Indiai-óceán vize (Zanzibár és Pemba mellett több tucat kis sziget található a szigetcsoportban), fekete a szigetek lakossága, mivel a szigetek lakosságának többsége afrikai, a zöld a szigetek gazdag növényzete és a lakosság többsége által gyakorolt iszlám hit.
Javasolták, hogy a zászlót két fehér ötágú csillaggal egészítsék ki, amelyek az államot alkotó szigeteket jelképezik, de ezt nem hagyták jóvá.
Miután 1964 októberében a Zanzibári Népköztársaság és Pemba a Tanganyika Köztársasággal egyesült a Tanzániai Egyesült Köztársasággá , a zászló megváltozott: a felső kék (kék) sávhoz a Tanzánia Nemzeti Zászlót adták, közelebb a zászlórúd, amely a tanzániai szigetek tulajdonjogát és annak alárendeltségét hangsúlyozta. Ez a zászló ma is létezik.