A filogenetikus fákkal való munkavégzéshez szükséges programok listája

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2015. március 2-án felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 20 szerkesztést igényelnek .

Ez a lista a filogenetikai fák megjelenítésére szolgáló szoftverek és internetes források gyűjteménye .

Hálózati erőforrások

Név Leírás Engedély Technológia Weboldal
Archeopteryx (korábban ATV) Program filogenetikai fák megjelenítésére és szerkesztésére [1] Jáva [2]
Evol View Program filogenetikai fák megjelenítésére, annotációjára és kezelésére [2] [3]
ETE eszköztár Fa vizualizációs környezet [3] Ingyenes szoftver Piton [négy]
Hypergeny Nagy filogenetikai hiperbolikus fa néző Java és JavaScript [5]
InfoViz Tree Tools segédprogramok készlete, amely támogatja a hiperbolikus, tér- és jégcsapfákat javascript [6]
iTOL – interaktív életfa Fák megjegyzése különféle adattípusokkal és exportálás különféle grafikus formátumokba; szkriptek támogatásával kötegelt felületen [4] [7]
TreeVector méretezhető interaktív filogenetikai fákat hoz létre SVG vagy PNG formátumban [5] GPL Jáva [nyolc]
jsPhyloSVG nyílt forráskódú könyvtár bővíthető és egyéni fák megjelenítéséhez [6] JavaScript [9]
JStree könyvtár a fák megtekintéséhez és szerkesztéséhez MIT JavaScript és HTML5 vászon [tíz]
OneZoom az IFIG-et (Interactive Fractal Inspired Graphs) használja a filogenetikai fák megjelenítésére, amelyekre nagyíthatók a részletek a részletek növelése érdekében [7] MIT [tizenegy]
Phylodendron Különböző stílusú fák, ágak és kimeneti formátumok. Jáva [12]
PhyloExplorer egy eszköz, amely megkönnyíti a filogenetikai fagyűjtemények értékelését és kezelését. A gyökeres fák bemeneti gyűjteményével a PhyloExplorer lehetőséget biztosít a gyűjteményt leíró statisztikák beszerzésére, az érvénytelen taxonnevek kijavítására, a gyűjtemény taxonómiailag releváns részeinek kinyerésére egy dedikált lekérdezési nyelv segítségével, valamint a kapcsolódó fák azonosítására a TreeBASE adatbázisban [8]. [13]
Phyloviewer A Bioinformatikai Portálrendszeren alapuló internetes elemző környezet filogenomiai elemzéshez. szabadalmaztatott [9] Java és GWT [tizennégy]
PhyloWidget filogenetikai fák megtekintése, szerkesztése és publikálása, interfész adatbázisokkal [10] GPLv2 Java és JavaScript [tizenöt]
TRED segédprogram filogenetikai fák megjelenítéséhez és szerkesztéséhez. A fákat SVG-ben a Raphael segítségével állítják elő. Javascript kliens és Python (web2py) szerver [16]
Treedraw Filogenetikai fák bemutatása HTML5 vászon [17]
TreeViz Tree Viewer térképezési képességgel MIT Jáva [tizennyolc]
T-REX Webszerver fák feltárására, elemzésére és megjelenítésére (hierarchikus, körkörös és axiális nézetek), vízszintes génátvitel kimutatására és a HGT hálózat megjelenítésére [11] [19]

Programok

Név Leírás Engedély Programozási nyelv OS Weboldal
BayesTrees A program a mintafák megjelenítésére, elemzésére és manipulálására szolgál. ingyenes Monó összes [húsz]
BioNumerics Univerzális platform minden típusú biológiai adat elszámolására, tárolására és elemzésére, beleértve a fákat és az adatszekvenciák hipotéziseinek hálózatait. EULA ablakok [21]
Bio::Phylo Perl modulok gyűjteménye filogenetikai fák manipulálására és megjelenítésére, a BioPerl programcsomag része [12] . perl_5 Perl összes [22]
Dendroszkóp Program nagy filogenetikai fák és hálózatok megtekintésére [13] . ingyenes összes [23]
ETE Segédprogram filogenetikus fák képeinek megjelenítésére, PNG, PDF és SVG formátumban exportálható [3] . GPLv3 [14] Piton összes [24]
fügefa Modern fanézegető színezési és hajtogatási lehetőségekkel. ingyenes Jáva összes [25]
Nagyvonalú Komplett program szekvenciaelemzéshez, filogenetikához és molekuláris klónozáshoz modern fanézegetővel. egy reklám összes [26]
JEvTrace Néző a szekvenciák, törzsek és struktúrák csoportosítására. Interaktív evolúciókövetést [15] és egyéb elemzést [16] végez . shareware Jáva összes [27]
MultiDendrogramok Alkalmazás filogenetikai fák számítására és építésére [17] . nyisd ki Jáva összes [28]
NJplot Interaktív faépítő PDF-exportálással. ingyenes C összes [29]
TreeDyn Hatékony fa-manipulációs és annotációs program, amely lehetővé teszi meta-információk felvételét [18] . nyisd ki összes [harminc]
2. fagrafikon Faszerkesztő számos szerkesztési és formázási művelettel, beleértve a különféle filogenetikai elemzések kombinációját [19] . GPLv3 [20] Jáva összes [31]
fanézet A klasszikus, gyakran idézett [21] program a fák megjelenítésére [22] . ingyenes összes [32]
UGENE Grafikus interfész szekvenciákkal, megjegyzésekkel, többszörös igazításokkal, filogenetikai fákkal, szekvenálási adatokkal való munkához. GPLv2 [23] C++ összes [33]
VectorFriends Integrált szekvenciaelemző szoftver filogenetikai fák megtekintésére. egy reklám ablakok [34]

Jegyzetek

  1. ↑ Zmasek, CM és Eddy, SR TV: annotált filogenetikai fák megjelenítése és manipulálása  //  Bioinformatika: folyóirat. - 2001. - 20. évf. 17 , sz. 4 . - P. 383-384 . - doi : 10.1093/bioinformatika/17.4.383 . — PMID 11301314 .
  2. ↑ Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu és Wei-Hua Chen. EvolView, egy online eszköz a filogenetikai fák megjelenítéséhez, annotálásához és kezeléséhez  //  Nucleic Acids Research : folyóirat. - 2012. - július ( 40. évf. , W1. sz. ). - P.W569-W572 . - doi : 10.1093/nar/gks576 . — PMID 22695796 .
  3. ↑ 1 2 Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration  //  BMC Bioinformatics : folyóirat. - 2010. - 20. évf. 11 . — 24. o . - doi : 10.1186/1471-2105-11-24 . — PMID 20070885 . Archiválva az eredetiből 2015. január 7-én.
  4. ↑ Letunic, I and Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): online eszköz a filogenetikai fa megjelenítéséhez és annotációhoz  //  Bioinformatika : folyóirat. - 2007. - Vol. 23 , sz. 1 . - 127-128 . o . - doi : 10.1093/bioinformatika/btl529 . — PMID 17050570 .
  5. ↑ Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. TreeVector: skálázható, interaktív, filogenetikai fák a weben  // PLOS One  : Journal  . - 2010. - 20. évf. 5 . — P.e8934 . - doi : 10.1371/journal.pone.0008934 .
  6. ↑ Smits, SA és Ouverney, CC jsPhyloSVG: Javascript-könyvtár interaktív és vektor-alapú filogenetikai fák megjelenítéséhez a weben  // PLOS One  : folyóirat / Poon, Art FY  . - 2010. - 20. évf. 5 , sz. 8 . — P. e12267 . - doi : 10.1371/journal.pone.0012267 . — PMID 20805892 .
  7. ↑ Rosindell, J és Harmon, LJ OneZoom: Fractal Explorer for the Tree of Life  // PLoS Biology  : folyóirat  . - 2012. - Kt. 10 . - doi : 10.1371/journal.pbio.1001406 .
  8. ↑ Ranwez, V, W. H. et al. PhyloExplorer: webszerver filogenetikai fák ellenőrzéséhez, felfedezéséhez és lekérdezéséhez  //  BioMed Central : folyóirat. - 2009. - 1. évf. 9 . — 108. o . - doi : 10.1186/1471-2148-9-108 .
  9. ↑ Phyloviewer licenc
  10. ↑ Jordan, EG és Piel, WH PhyloWidget: web-alapú vizualizációk az élet fájához  //  Bioinformatika : folyóirat. - 2008. - Vol. 24 , sz. 14 . - P. 1641-1642 . - doi : 10.1093/bioinformatika/btn235 . — PMID 18487241 .
  11. ↑ Boc A., Diallo Alpha B., Makarenkov V. T-REX: webszerver filogenetikai fák és hálózatok következtetésére, validálására és megjelenítésére  //  Nucleic Acids Research : folyóirat. - 2012. - Kt. 40 (W1) , sz. Webszerver probléma . - P.W573-W579. . - doi : 10.1093/nar/gks485 . — PMID 22675075 .
  12. ↑ Vos Rutger A , Caravas Jason , Hartmann Klaas , Jensen Mark A , Miller Chase. BIO::Filo-filoinformatikai elemzés perl használatával  //  BMC Bioinformatics. - 2011. - 20. évf. 12 , sz. 1 . — 63. o . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-63 .
  13. ↑ Huson Daniel H , Richter Daniel C , Rausch Christian , Dezulian Tobias , Franz Markus , Rupp Regula. Dendroszkóp: Interaktív megjelenítő nagy filogenetikai fákhoz  (angol)  // BMC Bioinformatics. - 2007. - Vol. 8 , sz. 1 . — 460. o . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-8-460 .
  14. ↑ Az ETE egy ingyenes szoftver (GPL) . Letöltve: 2016. december 14. Az eredetiből archiválva : 2016. november 25.
  15. ↑ Evolúciós Nyom . Letöltve: 2017. október 3. Az eredetiből archiválva : 2018. augusztus 1..
  16. ↑ Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: a Java evolúciós nyomának finomítása és változatai  //  BioMed Central : folyóirat. - 2002. - 20. évf. 3 , sz. 12 . - doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0077 .
  17. ↑ Fernández, Alberto; Gomez, Sergio. A nem egyediség megoldása az agglomeratív hierarchikus klaszterezésben multidendrogramok segítségével  //  Journal of Classification : Journal. - 2008. - Vol. 25 , sz. 1 . - P. 43-65 . - doi : 10.1007/s00357-008-9004-x .  (nem elérhető link)
  18. ↑ Chevenet François , Brun Christine , Bañuls Anne-Laure , Jacq Bernard , Christen Richard. [1]  (angol)  // BMC Bioinformatics. - 2006. - 20. évf. 7 , sz. 1 . - 439. o . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-7-439 .
  19. ↑ Stöver Ben C , Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing bizonyítékok különböző filogenetikai elemzésekből  //  BMC Bioinformatics. - 2010. - 20. évf. 11 , sz. 1 . — 7. o . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-11-7 .
  20. ↑ TreeGraph licenc . Hozzáférés dátuma: 2015. január 29. Az eredetiből archiválva : 2015. március 5.
  21. ↑ Archivált másolat (a hivatkozás nem elérhető) . Hozzáférés dátuma: 2015. január 29. Az eredetiből archiválva : 2015. február 14. 
  22. ↑ Oldal, RDM.  Fa nézet : Egy alkalmazás filogenetikai fák személyi számítógépeken való megjelenítésére  // Számítógépes alkalmazások a Biosciencesben : folyóirat. - 1996. - 1. évf. 12 , sz. 4 . - P. 357-358 . - doi : 10.1093/bioinformatika/12.4.357 . — PMID 8902363 .
  23. ↑ Az UGENE letöltése . Hozzáférés dátuma: 2015. január 29. Az eredetiből archiválva : 2015. február 10.

Linkek