A Szeparatista Tanács (más néven Szeparatista Szövetség és Vezetők Tanácsa ) a Független Rendszerek Konföderációjának irányító testülete volt a klónok háborúja idején .
A Szeparatista Tanácsot Dooku gróf hozta létre közvetlenül a geonosisi csata előtt . Ő vezette a hadsereget a klónok háborúja alatt. A Coruscant elleni támadás és Dooku gróf halála után Darth Sidious megparancsolta Grievous tábornoknak , aki akkoriban az Utapau -n tartózkodott , hogy küldje a Szeparatista Tanács összes tagját Mustafarba , ahol azt mondta, Biztonságosan. A Mustafar hajója nem sokkal azelőtt indult el, hogy a Köztársaság ostrom alá vette volna Utapaut.
Grievous tábornok Obi-Wan Kenobi keze általi halála után a Tanács formálisan a FÁK feje lett, Nute Gunray fő képviselője pedig . A tanács Mustafaron telepedett le a Clegger Corp Mining Facility vállalat központjában , és Darth Sidious oda küldte új tanítványát , Darth Vadert , hogy vessen véget a szeparatista mozgalomnak. Gyakorlatilag az összes szeparatista vezetőt (Rogua Vodrata kivételével) és legközelebbi hadnagyaikat megölte Vader. Haláluk a klónok háborújának hivatalos végét jelentette. Legalább két hónapig nem jelentették be a Tanács tagjainak meggyilkolását. A tőlük érkező fenyegetés lehetővé tette a császár számára, hogy folytassa katonai terjeszkedését.
A Szeparatista Tanács volt a Konföderáció legmagasabb irányító testülete. Minden szeparatista vezetőnek azonos szavazati joga volt. Mind az államfő, mind a legfelsőbb főparancsnok halála esetén a Tanács egyik tagja volt a CNS élén.