A mikrokokkális nukleáz egy olyan enzim, amelynek fő tulajdonsága az, hogy képes megtörni a nukleinsavak elsődleges szerkezetét, különösen a DNS -t a nukleoszómák közötti területeken .
Más szavakkal, a mikrokokális nukleáz elválasztja egymástól a nukleoszómákat, elpusztítva az őket összekötő DNS-régiót, de nem befolyásolja a hisztonfehérjékhez közvetlenül kapcsolódó DNS-régiót .
A mikrokokkális nukleázkészítményeket a molekuláris biológiában használják kromoszómális DNS-molekulák tanulmányozására.