Manitoba története Kanada történelmének szerves része . A tartomány nevéhez fűződik az azonos nevű gleccsertó , amely a helyi kríi indiánok nyelvéről lefordítva azt jelenti: " manitou szellemút ".
A 17. században itt kezdtek behatolni az európai szőrmekereskedők ( Pierre-Esprit Radisson ). Az egyik első település 1684-ben York Factory volt (a franciák Fort-Bourbonnak hívták ) a Hudson-öböl nyugati partján. A Churchillt 4 évvel később alapították . 1783-ban francia telepesek megalapították Fort Rouge városát. Ezeknek a telepeseknek az indiánokkal való keveredése szülte meg a kanadai Métis-t ( Francomanitobe ).
1844-ben montreali apácák érkeztek a mai tartomány fővárosába, és létrehozták a Saint-Boniface Missiont . A Red River térségében a 19. század elejére megalakult a kanadai meszticek független köztársasága, akik bivalyra vadásztak. Kanada megalakulása után felmerültek a tervek, hogy Manitobát is bevonják összetételébe, de a kanadai meszticek követelték jogaik megőrzését. Lázadás tört ki a Vörös folyón Louis Riel vezetésével .
1870-ben Manitoba 5. tartományként csatlakozott Kanadához. Heves küzdelem bontakozott ki a régióban a francia kanadaiak és a kanadai angolok között.
1891-ben Ausztria-Magyarországról kezdtek érkezni a tartományba ukránok, akik befolyásos diaszpórát alkottak.
1919-ben a winnipegi általános sztrájkot a tartomány fővárosában tartották.