Fehérje mikrochip

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2017. december 21-én felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 19 szerkesztést igényelnek .

A fehérje mikrochip a molekuláris biológiában használt technológia. A fehérje mikrochip egy szilárd hordozó (bázis), amelyen több ezer különböző fehérje ( antigének , antitestek , enzimek stb.) van kovalensen rögzítve a mikrochip különböző pontjain. Minden egyes fehérje nagy koncentrációjú területet képez a mikrotömbön. Ez a technológia nagyon hasonlít a DNS microarray technológiához , csak a fehérjék működnek próbaként , nem pedig egyszálú DNS-molekulák.

A fehérje microarray típusai

Jelenleg háromféle fehérje-microarray-t alkalmaznak viszonylag széles körben: analitikai, funkcionális és fordított fázisú microarray-eket. [egy]

Analitikai mikrotömbök

Ezeket a mikrotömböket általában fehérjék összetett keverékének profilálására használják: az affinitás, a specificitás és a fehérje expresszió szintjének mérésére a keverékben. Ebben a technikában antitestek , aptamerek és antigének könyvtárait helyezik el szilárd szubsztrátokon, amelyek egy mikrochip alapját képezik. Ezután egy ilyen chipet egy fehérjekeverékbe merítenek, amelyhez profilozni kell. A 21. század 2000-es éveiben a legelterjedtebbek voltak az antitesteket használó fehérje microarray-k. [2] Az analitikai microarray-k felhasználhatók differenciális expresszió keresésére és a klinikai diagnosztikában. Példa erre az egészséges és a beteg szövetek összehasonlítása, valamint a szövetek reakciója a változó környezeti feltételekre [3] .

Funkcionális mikrochipek

Ez a típusú mikrochip abban különbözik az analitikai mikrochipektől, hogy a teljesen működőképes fehérjék vagy domének szilárd alapon helyezkednek el, nem pedig analitikai triádon (antitestek, aptamerek, antigének). Az ilyen mikrotömbök lehetővé teszik a teljes proteom biokémiai aktivitásának elemzését egyetlen kísérletben. Ezenkívül számos fehérje kölcsönhatás tanulmányozására használják más fehérjékkel, DNS-sel, RNS-sel, lipidekkel, kis molekulatömegű ligandumokkal [4] [5] .

Fordított fázisú mikrochipek (RPM)

Az ilyen típusú mikrochipek gyártása során a különböző szövetekből izolált sejtek lízisen mennek keresztül. A lizátumot speciális géppel - mikrochipet képezve - a nitrocellulóz membránra visszük fel, majd a kapott mikrochip minden egyes sejtjét a kérdéses fehérje elleni antitestekkel elemzik. Ez a típusú microarray lehetővé teszi a fehérjék, illetve azok konformációs változásainak kimutatását, amelyek csak bizonyos betegségek során jelentkeznek [6] .

Jegyzetek

  1. ↑ David A. Hall, Jason Ptacek, Michael Snyder. Protein Microarray technológia  // Az öregedés és fejlődés mechanizmusai. — 2007-1. - T. 128 , sz. 1 . – S. 161–167 . — ISSN 0047-6374 . - doi : 10.1016/j.mad.2006.11.021 . Az eredetiből archiválva: 2016. január 10.
  2. ↑ Paul Bertone, Michael Snyder. A funkcionális protein microarray technológia fejlődése  // A FEBS folyóirat. - 2005. november - T. 272 ​​, 1. sz. 21 . — S. 5400–5411 . — ISSN 1742-464X . - doi : 10.1111/j.1742-4658.2005.04970.x . Archiválva az eredetiből 2018. január 31-én.
  3. ↑ A. Sreekumar, M. K. Nyati, S. Varambally, T. R. Barrette, D. Ghosh. A rákos sejtek profilozása fehérje mikrotömbök segítségével: új, sugárzás által szabályozott fehérjék felfedezése  // Rákkutatás. — 2001-10-15. - T. 61 , sz. 20 . — S. 7585–7593 . — ISSN 0008-5472 . Archiválva az eredetiből 2018. január 31-én.
  4. ↑ H. Zhu, M. Bilgin, R. Bangham, D. Hall, A. Casamayor. A fehérjeaktivitás globális elemzése proteom chipek segítségével  // Science (New York, NY). — 2001-09-14. - T. 293 , sz. 5537 . – S. 2101–2105 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1062191 . Archiválva az eredetiből 2018. január 31-én.
  5. ↑ David A. Hall, Heng Zhu, Xiaowei Zhu, Thomas Royce, Mark Gerstein. A génexpresszió szabályozása egy metabolikus enzim által  // Science (New York, NY). — 2004-10-15. - T. 306 , sz. 5695 . – S. 482–484 . — ISSN 1095-9203 . - doi : 10.1126/tudomány.1096773 . Archiválva az eredetiből 2018. június 5-én.
  6. ↑ Runa Speer, Julia D. Wulfkuhle, Lance A. Liotta, Emanuel F. Petricoin. Reverse-phase protein microarrays for szövet-based analysis  // Current Opinion in Molecular Therapeutics. - 2005. június - T. 7 , sz. 3 . – S. 240–245 . — ISSN 1464-8431 . Archiválva az eredetiből 2018. június 5-én.