SMART (adatbázis)

OKOS
Tartalom
Leírás Bioinformatikai forrás fehérjedomének azonosításához.
szervezetek Összes
Kapcsolatok
Kutatóközpont Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium
Laboratórium EMBL
Eredeti kiadvány PMID 18978020
Elérhetőség
Weboldal smart.embl-heidelberg.de
Egyéb
Engedély Ingyenes az akadémikusok számára, de nem a kereskedelmi felhasználók számára
Változat 7
Kuráció Igen

A SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) egy olyan adatbázis, amelyet fehérje szekvenciákban lévő fehérjedomének azonosítására és elemzésére használnak [1] [2] . A SMART egy olyan algoritmust használ, amely a rejtett Markov-modellek többszörös igazításokon alapuló alkalmazásán alapul a fehérjeszekvenciákban lévő domének kimutatására . 2012 januárjában a SMART 1009 tartománymodellt tartalmazott [3] . A SMART adatokat a Conserved Domain Database ( CDD , Conserved Domain Database) létrehozásához használták fel, és az InterPro adatbázis részeként is bemutatásra kerülnek . [négy]

Az adatbázist a heidelbergi Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium szervezi .

Lásd még

Linkek

Jegyzetek

  1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, egyszerű moduláris architektúra kutatási eszköz: signaling domains azonosítása   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : Journal. - 1998. - május ( 95. évf. , 11. sz.). - P. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
  2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: friss frissítések és új fejlesztések  // Nucleic Acids Res  . : folyóirat. - 2009. - január ( 37. évf. , Adatbázis-kiadás sz.). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
  3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: a protein domain annotation resource legutóbbi frissítései  // Nucleic Acids Res  . : folyóirat. - 2012. - január ( 40. évf. , Adatbázis-kiadás sz.). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
  4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK et al. InterPro: integrált dokumentációs forrás fehérjecsaládokhoz, tartományokhoz és funkcionális helyekhez   // Rövid . Bioinformatika: folyóirat. - 2002. - Szeptember ( 3. köt. , 3. sz. ). - P. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .