Clustal

Az oldal jelenlegi verzióját még nem ellenőrizték tapasztalt közreműködők, és jelentősen eltérhet a 2019. július 2-án felülvizsgált verziótól ; az ellenőrzések 4 szerkesztést igényelnek .
Clustal Omega
Típusú Bioinformatika
Szerző Desmond G. Higgins [d]
Fejlesztő Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen és Andreas Wilm (Conway Institute, UCD )
Beírva C++
Operációs rendszer UNIX , Linux , Mac , Windows
legújabb verzió 1.2.2 (2016.07.1.)
Engedély GNU GPL 2
Weboldal clustal.org/omega/
ClustalW/ClustalX
Típusú Bioinformatika
Szerző Desmond G. Higgins [d]
Fejlesztő Gibson T. ( EMBL ), Thompson J. ( CNRS ), Higgins D. ( UCD )
Beírva C++
Operációs rendszer UNIX , Linux , Mac , Windows
legújabb verzió 2.1 (2010.11.17.)
Engedély GNU GPL 2
Weboldal clustertal.org

A Clustal ( Cluster al ignment  ) az egyik legszélesebb körben használt számítógépes program a nukleotid- és aminosav-szekvenciák többszöri egymáshoz igazítására [1] .

A Clustal páronkénti progresszív igazítási módszert használ .

A program három változatban jelenik meg:

Bár a ClustalW és a ClustalX nem voltak az első többszörös igazítási eszközök, széles körben használatosak lettek a személyi számítógépekhez való széles körű elérhetőségük és az intuitív felhasználói felületük miatt.

Clustal Omega

A Clustal minden modern verziója a Clustal Omegán ( ClustalΩ) alapul . A Clustal Omega új rendszert biztosított a nukleotidszekvenciák pontozására: először is a program a leginkább hasonló szekvenciákat igazítja egymáshoz, fokozatosan haladva a legkevésbé hasonló szekvenciák felé, ezáltal globális igazítást hoz létre. A globális igazítás végrehajtásához ebben a programban legalább három szekvenciával kell rendelkeznie, a páros igazításhoz használhatja az EMBOSS vagy LALIGN [5] parancsot .

Algoritmus

Először is, a ClustalΩ kiszámít egy hozzávetőleges távolságmátrixot a két módszer egyikével:

  • egy gyors módszer, amely megszámolja az aminosav-párok vagy rövid nukleotid-fragmensek (2-4 bázis) egyezését;
  • klasszikus algoritmus a szekvenciák páronkénti igazítására affin résbüntetésekkel.

Ezután a szomszédok összekapcsolásával felépül egy irányítófa, amelyre a globális igazítási hálózat épül. A fát a mid-point módszerrel gyökerezzük [6] .

Bár más, a konzisztencia-módszeren alapuló többszörös igazítási programok (Probcons, T-Coffee, Probalign és MAFFT) pontosságban felülmúlják a Clustal Omegát, több RAM-ot használnak, és lassabbak, mint a Clustal [7] .

Clustal 2 (ClustalW/ ClustalX)

A ClustalX a ClustalW grafikus felhasználói felületű verziója. Ebben a frissítésben nem voltak új funkciók, de a fent leírt régebbi verziók frissítésre és továbbfejlesztésre kerültek.

A ClustalX a következő függvényekhez használható [8] :

  • hajtson végre többszörös szekvencia-illesztést;
  • nézze meg az igazítási eredményeket;
  • szükség esetén végezzen javításokat.

A ClustalX, akárcsak a ClustalW, úgy van lefordítva, hogy minden operációs rendszeren elinduljon: Linux, Mac OS X, Windows (XP és Vista egyaránt). A korábbi verziók továbbra is letölthetők az oldalról.

Jegyzetek

  1. ↑ Frédéric Dardel, Francois Kepès. Bioinformatika: genomika és posztgenomika. Wiley. 2006.54.o
  2. ↑ Larkin MA, Blackshields G., Brown NP, Chenna R., McGettigan PA, McWilliam H., Valentin F., Wallace IM, Wilm A., Lopez R., Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG ClustalW és ClustalX 2. verzió  (neopr.)  // Bioinformatika. - 2007. - T. 23 , 21. sz . - S. 2947-2948 . - doi : 10.1093/bioinformatika/btm404 . — PMID 17846036 .
  3. ↑ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F., Jeanmougin F., Higgins DG A CLUSTAL_X windows interfész: rugalmas stratégiák többszörös szekvencia igazításhoz minőségelemző eszközök segítségével  //  Nucleic Acids Research : folyóirat. - 1997. - 1. évf. 25 , sz. 24 . - P. 4876-4882 . doi : 10.1093 / nar/25.24.4876 . — PMID 9396791 .
  4. ↑ Sievers F., Wilm A., Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K., Li W., Lopez R., McWilliam H., Remmert M., Söding J., Thompson JD, Higgins DG Fast, scalable generation of high -minőségű fehérje többszörös szekvencia illesztések Clustal Omega használatával  (angolul)  // Mol Syst Biol 7 : Journal. - 2011. - 20. évf. 7 , sz. 539 . - doi : 10.1038/msb.2011.75 .
  5. ↑ LALIGN . Letöltve: 2021. június 7. Az eredetiből archiválva : 2021. május 24.
  6. ↑ Grigory Mavropulo-Stolyarenko, Alekszandr Tulub, Vaszilij Stefanov. Bioinformatika. Tankönyv az akadémiai alapképzéshez . — Liter, 2021-04-01. — 253 p. - ISBN 978-5-04-028650-8 . Archiválva 2021. június 7-én a Wayback Machine -nél
  7. ↑ Fabiano Sviatopolk-Mirsky Pais, Patrícia de Cássia Ruy, Guilherme Oliveira, Roney Santos Coimbra. A többszörös szekvenciaillesztő programok hatékonyságának felmérése  // Algorithms for Molecular Biology : AMB. — 2014-03-06. - T. 9 . - S. 4 . — ISSN 1748-7188 . - doi : 10.1186/1748-7188-9-4 . Az eredetiből archiválva: 2014. május 20.
  8. ↑  Clustal X  _ . Evolúció és genomika . Letöltve: 2021. június 6. Az eredetiből archiválva : 2021. június 7.

Linkek